آموزش تحلیل شبکه در زیست‌شناسی سیستم‌ها - آخرین آپدیت

مرور کلی دوره و مقدمات Course Overview and Introductions

• اصول طراحی سیستم‌های پیچیده Design Principles of Complex Systems

• مقدمه‌ای بر زیست‌شناسی سلولی Introduction to Cell Biology

• مقدمه‌ای بر زیست‌شناسی مولکولی Introduction to Molecular Biology

مدل‌های تکامل شبکه و توپولوژیکی Topological and Network Evolution Models

• شبکه‌های دنیای کوچک و بدون مقیاس Small-World and Scale-Free Networks

• واگرایی تکثیر و موتیف‌های شبکه Duplication-Divergence and Network Motifs

• موتیف‌های بزرگ و مدل‌های پیچیده تکامل شبکه Large Size Motifs and Complex Models of Network Evolution

• ویژگی‌های شبکه‌های بیولوژیکی Network Properties of Biological Networks

انواع شبکه‌های بیولوژیکی Types of Biological Networks

• انواع شبکه‌های بیولوژیکی Types of Biological Networks

• تبدیل ژن به شبکه و بصری‌سازی شبکه Genes2Networks and Network Visualization

• ایجاد شبکه‌های ارتباطی عملکردی Sets2Networks - Creating Functional Association Networks

• تحلیل لیست‌های ژنی با شبکه‌های ارتباطی عملکردی Genes2FANs - Analyzing Gene Lists with Functional Association Networks

پردازش داده‌ها و شناسایی ژن‌های با بیان تفاضلی Data Processing and Identifying Differentially Expressed Genes

• نرمال‌سازی داده‌ها Data Normalization

• متد جهت مشخصه - بخش اول Characteristic Direction Method - Part 1

• متد جهت مشخصه - بخش دوم Characteristic Direction Method - Part 2

• متد جهت مشخصه - بخش سوم Characteristic Direction Method - Part 3

• متد جهت مشخصه - بخش چهارم Characteristic Direction Method - Part 4

غنی‌سازی مجموعه ژنی و تحلیل‌های شبکه Gene Set Enrichment and Network Analyses

• تحلیل غنی‌سازی و ابزار Enrichr Enrichment Analysis and Enrichr

• افزونه GEO2Enrichr برای استخراج و غنی‌سازی مجموعه ژنی GEO2Enrichr: A Google Chrome Extension for Gene Set Extraction and Enrichment

• تحلیل غنی‌سازی مجموعه ژنی (GSEA) - مقدمات Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) - Preliminaries

• تحلیل غنی‌سازی مجموعه ژنی (GSEA) - بخش دوم Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) - Part 2

• تحلیل غنی‌سازی زاویه اصلی (PAEA) Principal Angle Enrichment Analysis (PAEA)

• ابزار Network2Canvas و تحلیل غنی‌سازی با N2C Network2Canvas (N2C) and Enrichment Analysis with N2C

• استنتاج مسیرها از ژن‌های با بیان تفاضلی Expression2Kinases: Inferring Pathways from Differentially Expressed Genes

• ابزار DrugPairSeeker و CMAP جدید DrugPairSeeker and the New CMAP

• طبقه‌بندی بیماران/تومورها از TCGA Classifying Patients/Tumors from TCGA

پردازش و تحلیل داده‌های توالی‌یابی عمیق Deep Sequencing Data Processing and Analysis

• تحلیل RNA-seq - مقدمات RNA-seq Analysis - Preliminaries

• تحلیل RNA-seq با استفاده از TopHat و Cufflinks RNA-seq Analysis - Using TopHat and Cufflinks

• تحلیل RNA-seq - مبانی زبان R RNA-seq Analysis - R Basics

• تحلیل RNA-seq - ابزار CummeRbund RNA-seq Analysis - CummeRbund

• ابزار STAR: یک ترازکننده فوق سریع RNA-seq STAR: An Ultra-fast RNA-seq Aligner

• تحلیل ChIP-seq - بخش اول ChIP-seq Analysis - Part 1

• تحلیل ChIP-seq - بخش دوم ChIP-seq Analysis - Part 2

تحلیل مؤلفه‌های اصلی، نقشه‌های خودسازمان‌ده، خوشه‌بندی مبتنی بر شبکه و خوشه‌بندی سلسله‌مراتبی Principal Component Analysis, Self-Organizing Maps, Network-Based Clustering and Hierarchical Clustering

• تحلیل مؤلفه‌های اصلی (PCA) - بخش اول Principal Component Analysis (PCA) - Part 1

• تحلیل مؤلفه‌های اصلی (PCA) - بخش دوم Principal Component Analysis (PCA) - Part 2

• رسم نمودارهای PCA در نرم‌افزار MATLAB Principal Component Analyis (PCA) Plotting in MATLAB

• رسم Clustergram در MATLAB Clustergram in MATLAB

• نقشه‌های خودسازمان‌ده (SOM) Self-Organizing Maps

• خوشه‌بندی مبتنی بر شبکه Network-Based Clustering

منابع یکپارچه‌سازی داده‌ها Resources for Data Integration

• داده‌های بزرگ در زیست‌شناسی و یکپارچه‌سازی داده‌ها Big Data in Biology and Data Integration

• منابع یکپارچه‌سازی داده‌ها - بخش اول Resources for Data Integration - Part 1

• منابع یکپارچه‌سازی داده‌ها - بخش دوم Resources for Data Integration - Part 2

• منابع یکپارچه‌سازی داده‌ها - بخش سوم Resources for Data Integration - Part 3

• منابع یکپارچه‌سازی داده‌ها - بخش چهارم Resources for Data Integration - Part 4

جمع‌سپاری: ریز-وظایف و کلان-وظایف Crowdsourcing: Microtasks and Megatasks

• جمع‌سپاری در بیوانفورماتیک Crowdsourcing in Bioinformatics

• وظایف جمع‌سپاری برای این دوره Crowdsourcing Tasks for this Course

امتحان نهایی Final Exam