آموزش بیوانفورماتیک گیاهی - آخرین آپدیت

دانلود Plant Bioinformatics

نکته: ممکن هست محتوای این صفحه بروز نباشد ولی دانلود دوره آخرین آپدیت می باشد.
نمونه ویدیوها:
توضیحات دوره: ۱۵ سال گذشته دوران هیجان‌انگیزی در زیست‌شناسی گیاهی بوده است. صدها ژنوم گیاهی توالی‌یابی شده‌اند، تکنولوژی RNA-seq امکان پروفایلینگ بیان در سطح ترانسکریپتوم را فراهم کرده و گسترش روش‌های مبتنی بر «-seq» اجازه داده است تا تعاملات پروتئین-پروتئین و پروتئین-DNA به صورت ارزان و با بازدهی بالا تعیین شوند. این مجموعه‌داده‌ها به ما اجازه می‌دهند تا تنها با چند کلیک، فرضیات علمی ایجاد کنیم. برای مثال، دانستن مکان و زمان بیان یک ژن می‌تواند به ما کمک کند تا فضای جستجوی فنوتیپی را محدود کنیم؛ به‌ویژه زمانی که در شرایط رشد «نرمال»، فنوتیپی در یک جهش‌یافته ژنی مشاهده نمی‌کنیم. تحلیل‌های هم‌بیانی (Coexpression) و شبکه‌های ارتباطی می‌توانند ژن‌های کاندید با کیفیت بالایی را که در یک فرآیند بیولوژیکی خاص نقش دارند، معرفی کنند. همچنین استفاده از تحلیل غنی‌سازی هستی‌شناسی ژن (Gene Ontology) و ابزارهای بصری‌سازی مسیرها به ما کمک می‌کند تا آزمایش‌های اومیکس خود را درک کرده و به این سؤال پاسخ دهیم که «کدام فرآیندها یا مسیرها در جهش‌یافته مورد نظر ما دچار اختلال شده‌اند؟» ساختار دوره: هر یک از ۶ ماژول عملی ۶ هفته‌ای شامل یک مقدمه ۲ دقیقه‌ای، یک مینی-لکچر تئوری ۲۰ دقیقه‌ای، یک آزمایشگاه عملی ۱.۵ ساعته، یک بحث اختیاری ۲۰ دقیقه‌ای در مورد مشکلات آزمایشگاهی و یک خلاصه ۲ دقیقه‌ای است. ابزارهای پوشش داده شده [به‌روزرسانی شده در ژوئن ۲۰۲۵]: ماژول ۱: پایگاه‌های داده ژنومیک / درخت‌های ژنی پیش‌محاسبه شده / ابزارهای پروتئینی. Araport, TAIR, Gramene, EnsemblPlants Compara, PLAZA, SUBA5, Cell eFP Browser, 1001 Genomes Browser, PlantConnectome ماژول ۲: ابزارهای تحلیل بیان. eFP Browser / eFP-Seq Browser, Araport, ARDB, TravaDB, NCBI Genome Data Viewer برای بررسی داده‌های RNA-seq در گونه‌های گیاهی مختلف، پایگاه داده MPSS برای RNAهای کوچک، SCEA و Ecker Lab Seed-to-Seed scAtlas ماژول ۳: ابزارهای هم‌بیانی. ATTED II, Expression Angler, AraNet, AtCAST2 ماژول ۴: تحلیل پروموتر. Cistome, MEME, ePlant ماژول ۵: تحلیل غنی‌سازی GO و بصری‌سازی مسیرها. AgriGO, AmiGO, Classification SuperViewer, TAIR, g:profiler, AraCyc, MapMan (اختیاری: Plant Reactome) ماژول ۶: اکتشاف شبکه. Arabidopsis Interactions Viewer 2, ePlant, TF2Network, Virtual Plant, GeneMANIA

سرفصل ها و درس ها

پایگاه‌های داده ژنومیک گیاهی و سایت‌های مفید برای اطلاعات پروتئین‌ها Plant Genomic Databases, and useful sites for info about proteins

  • مقدمه Introduction

  • مینی-لکچر Mini-lecture

  • بحث آزمایشگاهی Lab Discussion

  • خلاصه Summary

تحلیل بیان ژن Expression Analysis

  • مقدمه Introduction

  • مینی-لکچر Mini-lecture

  • بحث آزمایشگاهی Lab Discussion

  • خلاصه Summary

ابزارهای هم‌بیانی Coexpression Tools

  • مقدمه Introduction

  • مینی-لکچر Mini-lecture

  • بحث آزمایشگاهی Lab Discussion

  • خلاصه Summary

کوییز بخش اول Sectional Quiz 1

تحلیل پروموتر Promoter Analysis

  • مقدمه Introduction

  • مینی-لکچر Mini-lecture

  • بحث آزمایشگاهی Lab Discussion

  • خلاصه Summary

طبقه‌بندی عملکردی و بصری‌سازی مسیرها Functional Classification and Pathway Vizualization

  • مقدمه Introduction

  • مینی-لکچر Mini-lecture

  • بحث آزمایشگاهی Lab Discussion

  • خلاصه Summary

اکتشاف شبکه (PPIs, PDIs, GRNs) Network Exploration (PPIs, PDIs, GRNs)

  • مقدمه Introduction

  • مینی-لکچر Mini-lecture

  • بحث آزمایشگاهی Lab Discussion

  • خلاصه Summary

کوییز بخش دوم و پروژه نهایی Sectional Quiz 2 and Final Assignment

نمایش نظرات

آموزش بیوانفورماتیک گیاهی
جزییات دوره
13h 54m
24
(آخرین آپدیت)
12,782
4.8 از 5
دارد
دارد
دارد
جهت دریافت آخرین اخبار و آپدیت ها در کانال تلگرام عضو شوید.

Google Chrome Browser

Internet Download Manager

Pot Player

Winrar