لطفا جهت اطلاع از آخرین دوره ها و اخبار سایت در
کانال تلگرام
عضو شوید.
آموزش بیوانفورماتیک گیاهی
- آخرین آپدیت
دانلود Plant Bioinformatics
نکته:
ممکن هست محتوای این صفحه بروز نباشد ولی دانلود دوره آخرین آپدیت می باشد.
نمونه ویدیوها:
توضیحات دوره:
۱۵ سال گذشته دوران هیجانانگیزی در زیستشناسی گیاهی بوده است. صدها ژنوم گیاهی توالییابی شدهاند، تکنولوژی RNA-seq امکان پروفایلینگ بیان در سطح ترانسکریپتوم را فراهم کرده و گسترش روشهای مبتنی بر «-seq» اجازه داده است تا تعاملات پروتئین-پروتئین و پروتئین-DNA به صورت ارزان و با بازدهی بالا تعیین شوند. این مجموعهدادهها به ما اجازه میدهند تا تنها با چند کلیک، فرضیات علمی ایجاد کنیم. برای مثال، دانستن مکان و زمان بیان یک ژن میتواند به ما کمک کند تا فضای جستجوی فنوتیپی را محدود کنیم؛ بهویژه زمانی که در شرایط رشد «نرمال»، فنوتیپی در یک جهشیافته ژنی مشاهده نمیکنیم. تحلیلهای همبیانی (Coexpression) و شبکههای ارتباطی میتوانند ژنهای کاندید با کیفیت بالایی را که در یک فرآیند بیولوژیکی خاص نقش دارند، معرفی کنند. همچنین استفاده از تحلیل غنیسازی هستیشناسی ژن (Gene Ontology) و ابزارهای بصریسازی مسیرها به ما کمک میکند تا آزمایشهای اومیکس خود را درک کرده و به این سؤال پاسخ دهیم که «کدام فرآیندها یا مسیرها در جهشیافته مورد نظر ما دچار اختلال شدهاند؟»
ساختار دوره: هر یک از ۶ ماژول عملی ۶ هفتهای شامل یک مقدمه ۲ دقیقهای، یک مینی-لکچر تئوری ۲۰ دقیقهای، یک آزمایشگاه عملی ۱.۵ ساعته، یک بحث اختیاری ۲۰ دقیقهای در مورد مشکلات آزمایشگاهی و یک خلاصه ۲ دقیقهای است.
ابزارهای پوشش داده شده [بهروزرسانی شده در ژوئن ۲۰۲۵]:
ماژول ۱: پایگاههای داده ژنومیک / درختهای ژنی پیشمحاسبه شده / ابزارهای پروتئینی. Araport, TAIR, Gramene, EnsemblPlants Compara, PLAZA, SUBA5, Cell eFP Browser, 1001 Genomes Browser, PlantConnectome
ماژول ۲: ابزارهای تحلیل بیان. eFP Browser / eFP-Seq Browser, Araport, ARDB, TravaDB, NCBI Genome Data Viewer برای بررسی دادههای RNA-seq در گونههای گیاهی مختلف، پایگاه داده MPSS برای RNAهای کوچک، SCEA و Ecker Lab Seed-to-Seed scAtlas
ماژول ۳: ابزارهای همبیانی. ATTED II, Expression Angler, AraNet, AtCAST2
ماژول ۴: تحلیل پروموتر. Cistome, MEME, ePlant
ماژول ۵: تحلیل غنیسازی GO و بصریسازی مسیرها. AgriGO, AmiGO, Classification SuperViewer, TAIR, g:profiler, AraCyc, MapMan (اختیاری: Plant Reactome)
ماژول ۶: اکتشاف شبکه. Arabidopsis Interactions Viewer 2, ePlant, TF2Network, Virtual Plant, GeneMANIA
سرفصل ها و درس ها
پایگاههای داده ژنومیک گیاهی و سایتهای مفید برای اطلاعات پروتئینها
Plant Genomic Databases, and useful sites for info about proteins
مقدمه
Introduction
مینی-لکچر
Mini-lecture
بحث آزمایشگاهی
Lab Discussion
خلاصه
Summary
تحلیل بیان ژن
Expression Analysis
مقدمه
Introduction
مینی-لکچر
Mini-lecture
بحث آزمایشگاهی
Lab Discussion
خلاصه
Summary
ابزارهای همبیانی
Coexpression Tools
مقدمه
Introduction
مینی-لکچر
Mini-lecture
بحث آزمایشگاهی
Lab Discussion
خلاصه
Summary
کوییز بخش اول
Sectional Quiz 1
تحلیل پروموتر
Promoter Analysis
مقدمه
Introduction
مینی-لکچر
Mini-lecture
بحث آزمایشگاهی
Lab Discussion
خلاصه
Summary
طبقهبندی عملکردی و بصریسازی مسیرها
Functional Classification and Pathway Vizualization
مقدمه
Introduction
مینی-لکچر
Mini-lecture
بحث آزمایشگاهی
Lab Discussion
خلاصه
Summary
اکتشاف شبکه (PPIs, PDIs, GRNs)
Network Exploration (PPIs, PDIs, GRNs)
مقدمه
Introduction
مینی-لکچر
Mini-lecture
بحث آزمایشگاهی
Lab Discussion
خلاصه
Summary
کوییز بخش دوم و پروژه نهایی
Sectional Quiz 2 and Final Assignment
نمایش نظرات