آموزش علوم داده و زیست‌آمار با R و RStudio - آخرین آپدیت

سرفصل ها و درس ها

مقدمه‌ای بر RStudio | برنامه‌نویسی R Introduction to RStudio | R programming

• خوش‌آمدگویی و بررسی کلی دوره | برنامه‌نویسی R Welcome & Course Overview | R programming

• دانلود از Posit: نصب آسان R و RStudio Download from Posit: Install R and RStudio Easily

• باز کردن و اجرای RStudio Opening and Launching RStudio

• توضیح رابط کاربری RStudio RStudio Interface Explained

• نصب و مدیریت پکیج‌های R Installing and Managing R Packages

پیش‌نمایش سریع: R کاربردی – یادگیری از طریق اجرا Quick Preview: Practical R – Learn by Doing

• پیش‌نمایش سریع: یادگیری از طریق اجرا Quick Preview: Learn by Doing

• خواندن داده‌های اکسل در R Reading Excel Data in R

• ایجاد نمودارهای ساده در R | نمودار جعبه‌ای Create Simple Graphs in R | Box Plot

• ایجاد جداول خلاصه‌ساز سریع در R Create Quick Summary Tables in R

ضروریات برنامه‌نویسی R: مفاهیم اصلی و مبانی R Programming Essentials: Core Concepts and Basics

• عملگرهای ریاضی و منطقی در R Arithmetic and Logical Operators in R

• ساختارهای داده در R Data Structures in R

• فایل‌های مهم: کدهای R و مجموعه‌داده‌ها Important Files: R Code and Datasets

• به‌روزرسانی‌های R و سازگاری کدها R Updates & Code Compatibility

مدیریت داده‌ها بخش اول: خواندن داده‌های اکسل، تعیین برچسب متغیرها و مقادیر Data Management part (I) - Read excel data, set variable and value labels

• وارد کردن داده‌ها به RStudio از اکسل، Stata، SPSS و CSV Importing Data into RStudio from Excel, Stata, SPSS, and CSV

• وارد کردن داده‌ها از پوشه OneDrive Importing Data from OneDrive Folder

• وارد کردن داده‌ها از پوشه My Documents بدون نوشتن مسیر کامل فایل Importing Data from My Documents Folder without writing the full file path

• خواندن یک مجموعه داده جدید و درک کدبوک (Codebook) Reading a New Dataset and Understanding the Codebook

• انتخاب متغیرها در R Selecting the variables in R

• تنظیم برچسب مقادیر (Value Labels) در R Setting Value Labels in R

• اعمال برچسب متغیرها در RStudio با تابع apply_labels Applying Variable Labels in RStudio with apply_labels function

• استفاده از تابع Pipe (%>%) در R Using the Pipe (%>%) Function in R

• تبدیل داده‌ها به فرمت عددی در R Converting Data to Numeric in R

مدیریت داده‌ها بخش دوم: سازمان‌دهی متغیرها در R Data management part (II) - Organizing Variables in R

• نگهداری و حذف متغیرها در R Keeping and Dropping Variables in R

• ترتیب‌بندی متغیرها در R (بخش اول) Ordering Variables in R (Part 1)

• ترتیب‌بندی متغیرها در R (بخش دوم: تعداد زیاد متغیرها) Ordering Variables in R (Part 2: Large Number of Variables)

• نگهداری و حذف مقادیر یا موارد (Cases) در R Keeping and Dropping Values or Cases in R

• مرتب‌سازی داده‌ها به صورت صعودی و نزولی در R Sorting Data in Ascending and Descending Order in R

• تغییر نام متغیرها در R Renaming Variables in R

• استفاده از عملگر Pipe برای نگهداری، ترتیب‌بندی، فیلتر و تغییر نام در یک دستور Using the Pipe Operator to Keep, Order, Filter, and Rename in One Command

مدیریت داده‌ها بخش سوم: اعتبارسنجی ساختار داده‌ها و پاک‌سازی در RStudio Data management part (III) - Data Structure Validation & Cleaning in RStudio

• درک ساختار داده‌ها در R Understanding Data Structure in R

• بررسی مقادیر گم‌شده (Missing Values) در R Checking for Missing Values in R

• بررسی محدوده و زیرمجموعه‌سازی داده‌ها در R Range Checking and Subsetting Data in R

• شناسایی و مدیریت داده‌های پرت (Outliers) Detecting and Handling Outliers

مدیریت داده‌ها بخش چهارم: تبدیل متغیرها در R Data management part (IV) - Variable Transformation in R

• تولید متغیرهای جدید Generating New Variables

• کدگذاری مجدد متغیرهای طبقه‌ای به دسته‌ای جدید Recoding Categorical Variables to a New Category

• کدگذاری مجدد متغیرهای عددی به طبقه‌ای Recoding Numeric Variables to Categorical

• اعمال تبدیل لگاریتمی (Log Transformation) Applying Log Transformation

• ایجاد متغیرهای Dummy Creating Dummy Variables

• مرور: تبدیل متغیرها با استفاده از عملگر Pipe در R Recap: Variable Transformation Using the Pipe Operator in R

تمرین: وظایف ضروری مدیریت داده‌ها در R Practice: Essential Data Management Tasks in R

• جلسه مرور | خواندن داده‌ها، تعیین برچسب مقادیر و تبدیل متغیرها Recap Session | Reading Data, Assigning Value Labels, and Transforming Variables

• نحوه ذخیره داده‌ها در R – صرفه‌جویی در زمان پس از مدیریت داده‌ها How to Save Your Data in R – Save Time After Data Management

• خلاصه کوتاه داده‌های پاک‌سازی شده در R با استفاده از gtsummary Short Summary of Cleaned Data in R Using gtsummary

• تمرین: مدیریت عملی داده‌ها در R Exercise: Hands-On Data Management in R

بصری‌سازی داده‌ها با ggplot – هیستوگرام‌ها Data Visualization Using ggplot – Histograms

• ایجاد هیستوگرام‌ها در ggplot Creating Histograms in ggplot

• هیستوگرام همراه با منحنی نرمال در ggplot Histogram with Normal Curve in ggplot

• خروجی گرفتن از هیستوگرام‌ها به صورت فایل JPEG در R Exporting Histograms as JPEG Files in R

بصری‌سازی داده‌ها با ggplot – نمودار جعبه‌ای (Boxplot) در R Data Visualization Using ggplot – Boxplot in R | r programming

• نمودار جعبه‌ای برای یک متغیر پیوسته در RStudio Boxplot for One Continuous Variable in RStudio

• درک نمودارهای جعبه‌ای: نوع متغیر هدف Understanding Box Plots: Type of Target Variable

• افزودن برچسب به نمودارهای جعبه‌ای در ggplot Adding Labels to Boxplots in ggplot

• سفارشی‌سازی پس‌زمینه نمودار جعبه‌ای در ggplot Customizing Boxplot Background in ggplot

• نمودار جعبه‌ای یک متغیر پیوسته بر اساس یک متغیر طبقه‌ای Boxplot of a Continuous Variable by a Categorical Variable

• نمودار جعبه‌ای یک متغیر پیوسته بر اساس دو متغیر طبقه‌ای Boxplot of a Continuous Variable by Two Categorical Variables

• اعمال پالت‌های رنگی الهام‌گرفته از طبیعت در نمودارهای جعبه‌ای ggplot Applying Nature-Inspired Color Palettes to Boxplots in ggplot

• خروجی گرفتن از نمودارهای جعبه‌ای در یک پوشه Exporting Boxplots to a Folder

بصری‌سازی داده‌ها با ggplot – نمودار ویولنی (Violin Plot) در R Data Visualization Using ggplot – Violin Plot in R

• نمودار ویولنی در R برای یک متغیر واحد Violin Plot in R for a Single Variable

• نمودار ویولنی بر اساس یک متغیر گروه‌بندی Violin Plot by a Grouping Variable

• نمودار ویولنی بر اساس دو متغیر گروه‌بندی Violin Plot by Two Grouping Variables

• خروجی گرفتن از نمودارهای ویولنی به صورت فایل تصویری Exporting Violin Plots as Image Files

• نمودار جعبه‌ای و ویولنی در یک صفحه واحد Box Plot and Violin Plot in a single page

بصری‌سازی داده‌ها با ggplot – نمودارهای نقطه‌ای و پراکندگی Data Visualization Using ggplot – Point & Scatter Plots

• نمودار نقطه‌ای: یک متغیر پیوسته و یک یا دو متغیر طبقه‌ای در ggplot Point Plot: One Continuous and One or two Categorical Variable in ggplot

• نمودار پراکندگی: دو متغیر پیوسته بر اساس یک متغیر طبقه‌ای Scatter Plot: Two Continuous Variables by a Categorical Variable

بصری‌سازی داده‌ها با ggplot – نقشه حرارتی (Heatmap) در R Data Visualization Using ggplot – Heatmap in R

• نقشه حرارتی برای متغیرهای پیوسته Heatmap for Continuous Variables

• نقشه حرارتی برای متغیرهای دوتایی با استفاده از همبستگی Tetrachoric Heatmap for Binary Variables Using Tetrachoric Correlation

• نقشه حرارتی برای متغیرهای دوتایی وابسته و مستقل Heatmap for Dependent and Independent Binary Variables

بصری‌سازی داده‌ها با ggplot – نمودارهای دایره‌ای و ستونی Data Visualization Using ggplot – Pie Charts and Bar Diagrams

• ایجاد نمودارهای دایره‌ای در ggplot Creating Pie Charts in ggplot

• نمودار ستونی برای یک متغیر طبقه‌ای واحد Bar Diagram for a Single Categorical Variable

• نمودار ستونی برای دو متغیر طبقه‌ای Bar Diagram for Two Categorical Variables

بصری‌سازی متغیرهای دوتایی با نمودارهای ستونی در RStudio | ggplot Visualizing Binary Variables Using Bar Diagrams in R-Studio | ggplot

• ایجاد نمودارهای ستونی ساده برای متغیرهای دوتایی Creating Simple Bar Diagrams for Binary Variables

• فرمت‌بندی نمودارهای ستونی برای متغیرهای دوتایی | برچسب‌گذاری Formatting Bar Diagrams for Binary Variables | Labelling

• نمودار ستونی یک متغیر دوتایی بر اساس دو متغیر طبقه‌ای Bar Diagram of One Binary Variable by Two Categorical Variables

• نمودارهای ستونی برای چندین متغیر دوتایی بر اساس یک متغیر طبقه‌ای Bar Diagrams for Multiple Binary Variables by a categorical variable

• خروجی گرفتن از نمودارهای ستونی و ذخیره گراف‌ها به صورت JPEG Exporting Bar Diagrams and Saving Graphs as JPEG Files

تحلیل مکانی GIS در RStudio (فقط نقشه) GIS Spatial Analysis in RStudio (Only Map)

• پکیج‌های GIS در RStudio و وارد کردن Shapefile Packages for GIS in RStudio and import gis shapefile

• نقشه GIS مرگ‌ومیر بیماری کلیوی در ایالات متحده به تفکیک ایالتی GIS Map for U.S. Kidney Disease Mortality by State | GIS MAP in RStudio

• نقشه‌برداری GIS در RStudio: نقشه جهانی سوءتغذیه به تفکیک کشور GIS Mapping in RStudio: Global Malnutrition Map by Country

برنامه‌نویسی R | تحلیل توصیفی در RStudio (gtsummary) R programming | Descriptive Analysis in RStudio (gtsummary)

• مرور کلی آمار توصیفی | gtsummary در RStudio Overview of Descriptive Statistics | gtsummary in RStudio

• خواندن یک مجموعه داده جدید | تحلیل داده‌ها در RStudio Read A new dataset | data analysis in R - Studio

• تعداد و درصد یک متغیر طبقه‌ای واحد | پکیج gtsummary Frequency and Percentage of a Single Categorical Variable | gtsummary package

• افزودن برچسب متغیرها برای تحلیل توصیفی | gtsummary در RStudio Adding Variable Labels for descriptive analysis | gtsummary in RStudio

• فرمت‌بندی جداول توصیفی با استفاده از gtsummary در R Formatting Descriptive Tables Using gtsummary in R

• تحلیل توصیفی برای چندین متغیر طبقه‌ای در R gtsummary Descriptive Analysis for Multiple Categorical Variables in R-gtsummary

• میانه، IQR، میانگین و انحراف معیار برای متغیرهای پیوسته در RStudio Median, IQR, Mean and Standard Deviation for Continuous Variables in RStudio

• تحلیل توصیفی تک‌متغیره برای تمامی متغیرهای پیوسته و طبقه‌ای Univariate Descriptive Analysis for all Continuous and Categorical Variables

تحلیل دو متغیره و آمار استنباطی با استفاده از gtsummary در R Bivariate Analysis and Inferential Statistics Using gtsummary in R

• جدول متقاطع بین دو متغیر طبقه‌ای - روش اول: tbl_cross Cross Tabulation between two categorical variables -Method 1: tbl_cross

• جدول متقاطع بین دو متغیر طبقه‌ای - روش دوم: تحلیل گروه‌بندی شده Cross Tabulation between two categorical variables - Method 2: Grouped Analysis

• محاسبه میانه، IQR، میانگین و انحراف معیار به تفکیک گروه Calculating median, IQR, Mean and Standard Deviation by Group

• ایجاد جداول دو متغیره آماده چاپ همراه با P-Value در R Creating Publication-Ready Bivariate Tables with P-Values in R

رگرسیون خطی در RStudio با gtsummary | مدل‌سازی آماری Linear Regression in RStudio Using gtsummary | Statistical Modeling

• مرور کلی رگرسیون خطی | مدل‌سازی آماری Overview of Linear Regression | Statistical Modeling

• نمودار پراکندگی و همبستگی Scatter Plot and Correlation

• شروع تحلیل رگرسیون خطی در R | gtsummary در RStudio Starting Linear Regression Analysis in R | gtsummary in RStudio

• تخمین R-Square R-Square Estimation

• رگرسیون خطی پس از حذف داده‌های گم‌شده | gtsummary در RStudio Linear Regression After Removing Missing Data | gtsummary in RStudio

• عیب‌یابی رگرسیون: تست همسانی واریانس (Homoscedasticity) در R Regression Diagnostics: Testing for Homoscedasticity in R

• عیب‌یابی رگرسیون: تست نرمال بودن در R Regression Diagnostics: Testing for Normality in R

• عیب‌یابی رگرسیون: شناسایی هم‌خطی چندگانه با VIF در R Regression Diagnostics: Detecting Multicollinearity with VIF in R

• داده‌های پرت و نقاط تاثیرگذار (فاصله کوک و Leverage) Outliers and Influential Points (Cook’s Distance & Leverage)

• ایجاد جداول رگرسیون آماده چاپ Creating Publication-Ready Regression Tables

رگرسیون لجستیک در R با gtsummary برای تخمین نسبت شانس (OR) Logistic Regression in R Using gtsummary to estimate the Odds Ratio (OR)

• مرور کلی رگرسیون لجستیک در R با gtsummary | مدل‌سازی آماری Overview of Logistic Regression in R Using gtsummary | Statistical Modeling

• آماده‌سازی داده‌ها برای تحلیل رگرسیون لجستیک در RStudio Data Preparation for Logistic Regression Analysis in R-Studio

• تعیین دسته مرجع (Reference Category) در رگرسیون لجستیک Defining the Reference Category in Logistic Regression

• تعیین برچسب متغیرها برای تحلیل رگرسیون لجستیک Defining Variable Labels for Logistic Regression Analysis

• انتخاب متغیرها بر اساس هدف پژوهش | حذف مقادیر گم‌شده Selecting Variables Based on the Research Objective | drop missing value

• رگرسیون لجستیک با یک متغیر وابسته و یک متغیر مستقل Logistic Regression with One Dependent/outcome and One Independent Variable

• جداول آماده چاپ برای نسبت‌های شانس تعدیل‌نشده | مجموعه مدل‌های ساده Publication-Ready Tables for Unadjusted Odds Ratios | set of simple models

• جداول آماده چاپ برای نسبت‌های شانس تعدیل‌شده (رگرسیون لجستیک چندگانه) Publication-Ready Tables for Adjusted Odds Ratios (Multiple Logistic Regression)

• ایجاد جداول رگرسیون لجستیک آماده چاپ در R Creating Publication-Ready Logistic Regression Tables in R

رگرسیون Log-Binomial برای تخمین نسبت ریسک (RR) با gtsummary Log-Binomial Regression to Estimate Risk Ratios (RR) Using gtsummary

• مرور کلی رگرسیون Log-Binomial در R | مدل‌سازی آماری Overview of Log-Binomial Regression in R | Statistical Modeling

• رگرسیون Log-Binomial ساده برای تخمین نسبت‌های ریسک تعدیل‌نشده Simple Log-Binomial Regression to Estimate Unadjusted Risk Ratios

• رگرسیون Log-Binomial چندگانه برای تخمین نسبت‌های ریسک تعدیل‌شده Multiple Log-Binomial Regression to Estimate Adjusted Risk Ratios

• ایجاد جداول آماده چاپ برای نسبت‌های ریسک در R Creating Publication-Ready Tables for Risk Ratios in R

رگرسیون پوآسون در R: تخمین نسبت نرخ بروز (IRR) Poisson Regression in R: Estimating Incidence Rate Ratios (IRR)

• مرور کلی رگرسیون پوآسون Overview of Poisson Regression

• رگرسیون پوآسون ساده در R | تنها یک متغیر مستقل Simple Poisson Regression in R | Only one independent variable

• آماده‌سازی داده‌ها برای رگرسیون پوآسون در R | افزودن برچسب متغیرها Preparing Data for Poisson Regression in R | Adding Variable Labels

• رگرسیون پوآسون تعدیل‌نشده در R با تمام متغیرهای مستقل مرتبط Unadjusted Poisson Regression in R with all relevant Independent Variables

• رگرسیون پوآسون چندگانه در R | نسبت‌های نرخ بروز تعدیل‌شده (IRR) Multiple Poisson Regression in R | Adjusted Incidence Rate Ratios (IRR)

• رگرسیون پوآسون در R | آماده‌سازی جدول آماده چاپ Poisson Regression in R | Prepare Publication-Ready Table

تحلیل داده‌های طولی در RStudio | نمایش گرافیکی Longitudinal Data Analysis in RStudio | Graphical Representation

• خروجی گرفتن از داده‌های طولی و بارگذاری کتابخانه‌های لازم در RStudio Exporting Longitudinal Data and Loading Necessary Libraries in RStudio

• ایجاد نمودار خطی در برابر متغیر زمان در RStudio Creating a Line Graph Against Time Variable in RStudio

• ایجاد نمودار خطی در برابر متغیر زمان بر اساس یک متغیر طبقه‌ای در RStudio Creating a Line Graph Against Time Variable by a Categorical Variable in RStudio

تحلیل داده‌های طولی با GEE در R (خروجی دوتایی) Longitudinal Data Analysis with GEE in R (Binary outcome)

• معادلات تخمین تعمیم‌یافته (GEE) ساده در R Simple Generalized Estimating Equations (GEE) in R

• معادلات تخمین تعمیم‌یافته (GEE) چندگانه Multiple Generalized Estimating Equations (GEE)

• افزودن برچسب متغیرها در جدول یافته‌ها Adding Variable Labels in the Findings Table

• جدول آماده چاپ برای GEE تعدیل‌نشده در RStudio Publication-Ready Table for Unadjusted GEE in RStudio

• جداول آماده چاپ برای GEE تعدیل‌نشده و تعدیل‌شده در RStudio Publication-Ready Tables for Unadjusted and Adjusted GEE in RStudio

تحلیل رگرسیون لجستیک با اثرات ترکیبی در RStudio | مدل Mixed Effect Mixed-Effects Logistic Regression Analysis in RStudio | mixed effect model in R

• تحلیل رگرسیون لجستیک ساده با اثرات ترکیبی در RStudio Simple Mixed-Effects Logistic Regression Analysis in RStudio

• فرمت جدولی تحلیل رگرسیون لجستیک با اثرات ترکیبی در RStudio Table format of Mixed-Effects Logistic Regression Analysis in RStudio

• تحلیل رگرسیون لجستیک چندگانه با اثرات ترکیبی در RStudio Multiple Mixed-Effects Logistic Regression Analysis in RStudio

تحلیل بقا در R: کاپلان-مایر، رگرسیون کاکس و جداول HR | gtsummary Survival Analysis in R: Kaplan–Meier, Cox Regression & HR Tables | gtsummary

• مقدمه‌ای بر تحلیل بقا در R | توصیف داده‌ها و وارد کردن در RStudio Introduction to Survival Analysis in R | data description and import in RStudio

• برچسب‌گذاری داده‌ها برای تحلیل بقا بر اساس کدبوک Data Labeling for Survival Analysis based on the CodeBook

• ایجاد منحنی‌های بقای کاپلان-مایر در RStudio Creating Kaplan–Meier Survival Curves in RStudio

• رگرسیون کاکس ساده | تنها یک متغیر مستقل با gtsummary | نسبت خطر (HR) Simple Cox Regression | only one independent variables-gtsummary | Hazard Ratio

• رگرسیون کاکس چندگانه | بیش از یک متغیر مستقل | نسبت خطر (HR) Multiple Cox Regression | More than one independent variables | Hazard Ratio

• جدول آماده چاپ برای نسبت‌های خطر تعدیل‌نشده (HR) | gtsummary Publication-Ready Table for Unadjusted hazard ratios (HR) | gtsummary

• جدول آماده چاپ برای نسبت‌های خطر تعدیل‌شده (aHR) | gtsummary Publication-Ready Table for Adjusted hazard ratios (aHR) | gtsummary

• جدول ترکیبی آماده چاپ: HR تعدیل‌نشده در مقابل تعدیل‌شده | ذخیره به صورت MS Word Publication-Ready Combined Table: Unadjusted vs Adjusted HR | Save as MS-Word