آموزش توالی‌یابی ژنوم (بیوانفورماتیک ۲) - آخرین آپدیت

هفته اول: مقدمه‌ای بر توالی‌یابی ژنوم Week 1: Introduction to Genome Sequencing

• ویدئوی معرفی جذاب دوره را ببینید! (Check Out Our Wacky Course Intro Video!)

• سفر میدانی! FIELD TRIP!

• توالی‌یابی ژنوم چیست؟ What Is Genome Sequencing?

• روزنامه‌های متلاشی شده Exploding Newspapers

• مسئله بازسازی رشته The String Reconstruction Problem

• بازسازی رشته به عنوان مسئله مسیر هامیلتونی String Reconstruction as a Hamiltonian Path Problem

• بازسازی رشته به عنوان مسئله مسیر اویلری String Reconstruction as an Eulerian Path Problem

• مسائل مشابه با سرنوشت‌های متفاوت Similar Problems with Different Fates

هفته دوم: کاربرد قضیه اویلر در بازسازی ژنوم‌ها Week 2: Applying Euler's Theorem to Assemble Genomes

• گراف‌های دو بروین (De Bruijn) De Bruijn Graphs

• قضیه اویلر Euler's Theorem

• بازسازی جفت-خوان‌ها (Read Pairs) Assembling Read-Pairs

• مواجهه گراف‌های دو بروین با واقعیت‌های سخت بازسازی De Bruijn Graphs Face Harsh Realities of Assembly

• بازگشت به کونیگسبرگ Returning to Konigsberg

هفته سوم: توالی‌یابی آنتی‌بیوتیک‌ها Week 3: Sequencing Antibiotics

• کشف آنتی‌بیوتیک‌ها The Discovery of Antibiotics

• باکتری‌ها چگونه آنتی‌بیوتیک می‌سازند؟ How Do Bacteria Make Antibiotics?

• توالی‌یابی آنتی‌بیوتیک‌ها از طریق تکه تکه کردن آن‌ها Sequencing Antibiotics by Shattering Them into Pieces

• الگوریتم Brute Force برای توالی‌یابی سیکلوپپتیدها A Brute Force Algorithm for Cyclopeptide Sequencing

• توالی‌یابی سیکلوپپتید با روش شاخه و کران (Branch and Bound) Cyclopeptide Sequencing with Branch and Bound

هفته چهارم: از طیف‌های ایده‌آل تا واقعی در توالی‌یابی آنتی‌بیوتیک‌ها Week 4: From Ideal to Real Spectra for Antibiotics Sequencing

• تطبیق توالی‌یابی برای طیف‌های دارای خطا Adapting Sequencing for Spectra with Errors

• از ۲۰ تا بیش از ۱۰۰ اسید آمینه From 20 to More than 100 Amino Acids

• نقش نجات‌بخش کانولوشن طیفی The Spectral Convolution Saves the Day

• حقیقت درباره طیف‌ها The Truth About Spectra

هفته پنجم: چالش کاربردی بیوانفورماتیک! Week 5: Bioinformatics Application Challenge!