آموزش بیوانفورماتیک: راهنمای RNA-seq بدون نیاز به کدگذاری!

سرفصل ها و درس ها

مقدمه و شروع Introduction and Getting Started

• من کی هستم؟ Who Am I?

• به دست آوردن داده های خام Obtaining the Raw Data

• دانلود داده ها در Galaxy Downloading the Data on Galaxy

کنترل کیفیت و همترازی ژنوم Quality Control and Genome Alignment

• یادداشت در مورد سخنرانی 5 Note on Lecture 5

• کنترل کیفیت توالی داده ها با استفاده از FastQC Quality Control of Sequencing Data using FastQC

• رسیدگی به مسائل گزارش MultiQC Dealing with MultiQC Report Issues

• به دست آوردن فایل های ژنوم مرجع مورد نیاز برای تراز Obtaining the Reference Genome Files Needed for Alignment

• تراز کردن توالی RNA با ژنوم مرجع خوانده می شود. Aligning the RNA Sequencing Reads to the Reference Genome.

دریافت فراوانی رونوشت با استفاده از تعداد ویژگی Getting Transcript Abundance uisng FeatureCounts

• استفاده از Infer Experiment برای تعیین تنظیمات ورودی FeatureCounts Using Infer Experiment to Determine FeatureCounts Input Settings

• استفاده از FeatureCounts برای ایجاد جدول شمارش بر اساس متولوژی های ژن و اگزون Using FeatureCounts to Create a Counts Table based on Gene and Exon methologies

انجام بیان دیفرانسیل و تجزیه و تحلیل هستی شناسی ژن Carrying out Differential Expression and Gene Ontology Analysis

• انجام بیان دیفرانسیل با استفاده از DESeq2 Carrying Out Differential Expression Using DESeq2

• Biomart به روز شده است Biomart has Updated

• نگاهی به نتایج مشروح‌شده DESeq2 و آماده‌سازی فایل‌ها برای GOseq Looking At The Annotated DESeq2 Results and Preparing Files For GOseq

• تجزیه و تحلیل نتایج GOseq Analyzing the GOseq Results

• آماده سازی فایل های مورد نیاز برای تجزیه و تحلیل Pathview Preparing the Needed Files For Pathview Analysis

• بحث در مورد نتایج KEGG Pathview Discussing the KEGG Pathview Results

اختیاری: استفاده از DEGUST به جای DESEQ2 Optional: Using DEGUST Instead of DESEQ2

• DEGUST Walkthrough DEGUST Walkthrough