آموزش بیوانفورماتیک: راهنمای RNA-seq بدون نیاز به کدنویسی! - آخرین آپدیت

سرفصل ها و درس ها

مقدمه و شروع کار Introduction and Getting Started

• من کی هستم؟ Who Am I?

• تهیه داده‌های خام Obtaining the Raw Data

• دانلود داده‌ها در Galaxy Downloading the Data on Galaxy

کنترل کیفیت و هم‌ترازی ژنوم Quality Control and Genome Alignment

• نکاتی درباره درس ۵ Note on Lecture 5

• کنترل کیفیت داده‌های توالی‌یابی با استفاده از FastQC Quality Control of Sequencing Data using FastQC

• رفع مشکلات گزارش MultiQC Dealing with MultiQC Report Issues

• تهیه فایل‌های ژنوم مرجع مورد نیاز برای هم‌ترازی Obtaining the Reference Genome Files Needed for Alignment

• هم‌ترازی خوانش‌های توالی‌یابی RNA با ژنوم مرجع Aligning the RNA Sequencing Reads to the Reference Genome.

به دست آوردن فراوانی رونویس با استفاده از FeatureCounts Getting Transcript Abundance uisng FeatureCounts

• استفاده از Infer Experiment برای تعیین تنظیمات ورودی FeatureCounts Using Infer Experiment to Determine FeatureCounts Input Settings

• استفاده از FeatureCounts برای ایجاد جدول شمارش بر اساس روش‌های ژن و اگزون Using FeatureCounts to Create a Counts Table based on Gene and Exon methologies

انجام تجزیه و تحلیل بیان افتراقی و آنتولوژی ژن Carrying out Differential Expression and Gene Ontology Analysis

• انجام تجزیه و تحلیل بیان افتراقی با استفاده از DESeq2 Carrying Out Differential Expression Using DESeq2

• Biomart به‌روزرسانی شده است Biomart has Updated

• بررسی نتایج annotate شده DESeq2 و آماده‌سازی فایل‌ها برای GOseq Looking At The Annotated DESeq2 Results and Preparing Files For GOseq

• تجزیه و تحلیل نتایج GOseq Analyzing the GOseq Results

• آماده‌سازی فایل‌های مورد نیاز برای تجزیه و تحلیل Pathview Preparing the Needed Files For Pathview Analysis

• بحث درباره نتایج KEGG Pathview Discussing the KEGG Pathview Results

اختیاری: استفاده از DEGUST به جای DESEQ2 Optional: Using DEGUST Instead of DESEQ2

• راهنمای گام به گام DEGUST DEGUST Walkthrough