آموزش آمار برای علم داده‌های ژنومیک - آخرین آپدیت

ماژول ۱ Module 1

• به دوره آمار برای علم داده‌های ژنومیک خوش آمدید Welcome to Statistics for Genomic Data Science

• آمار چیست؟ What is Statistics?

• یافتن آمارهای قابل اعتماد (4:44) Finding Statistics You Can Trust (4:44)

• دریافت کمک (3:44) Getting Help (3:44)

• داده چیست؟ (4:28) What is Data? (4:28)

• نمایش داده‌ها (5:23) Representing Data (5:23)

• مرور کلی ماژول ۱ (1:07) Module 1 Overview (1:07)

• پژوهش‌های بازتولیدپذیر (3:42) Reproducible Research (3:42)

• دستیابی به پژوهش بازتولیدپذیر (5:02) Achieving Reproducible Research (5:02)

• آر مارک‌داون (R Markdown) (6:26) R Markdown (6:26)

• سه جدول اصلی در ژنومیک (2:10) The Three Tables in Genomics (2:10)

• سه جدول اصلی در ژنومیک (در R) (3:46) The Three Tables in Genomics (in R) (3:46)

• طراحی آزمایش: تغییرپذیری، تکرار و توان (14:17) Experimental Design: Variability, Replication, and Power (14:17)

• طراحی آزمایش: عوامل مخدوش‌کننده و تصادفی‌سازی (9:26) Experimental Design: Confounding and Randomization (9:26)

• تحلیل اکتشافی (9:21) Exploratory Analysis (9:21)

• تحلیل اکتشافی در R بخش اول (7:22) Exploratory Analysis in R Part I (7:22)

• تحلیل اکتشافی در R بخش دوم (10:07) Exploratory Analysis in R Part II (10:07)

• تحلیل اکتشافی در R بخش سوم (7:26) Exploratory Analysis in R Part III (7:26)

• تبدیلات داده‌ها (7:31) Data Transforms (7:31)

• خوشه‌بندی (8:43) Clustering (8:43)

• خوشه‌بندی در R (9:09) Clustering in R (9:09)

ماژول ۲ Module 2

• مرور کلی ماژول ۲ (1:12) Module 2 Overview (1:12)

• کاهش ابعاد (12:13) Dimension Reduction (12:13)

• کاهش ابعاد (در R) (8:48) Dimension Reduction (in R) (8:48)

• پیش‌پردازش و نرمال‌سازی (11:26) Pre-processing and Normalization (11:26)

• نرمال‌سازی چندک در R (4:49) Quantile Normalization (in R) (4:49)

• مدل خطی (6:50) The Linear Model (6:50)

• مدل‌های خطی با متغیرهای کمکی دسته‌ای (4:08) Linear Models with Categorical Covariates (4:08)

• تعدیل برای متغیرهای کمکی (4:16) Adjusting for Covariates (4:16)

• رگرسیون خطی در R (13:03) Linear Regression in R (13:03)

• اجرای همزمان چندین رگرسیون (3:50) Many Regressions at Once (3:50)

• چندین رگرسیون در R (7:21) Many Regressions in R (7:21)

• اثرات دسته‌ای و عوامل مخدوش‌کننده (7:11) Batch Effects and Confounders (7:11)

• اثرات دسته‌ای در R: بخش الف (8:18) Batch Effects in R: Part A (8:18)

• اثرات دسته‌ای در R: بخش ب (3:50) Batch Effects in R: Part B (3:50)

ماژول ۳ Module 3

• مرور کلی ماژول ۳ (1:07) Module 3 Overview (1:07)

• رگرسیون لجستیک (7:03) Logistic Regression (7:03)

• رگرسیون برای داده‌های شمارشی (5:02) Regression for Counts (5:02)

• مدل‌های خطی تعمیم‌یافته (GLM) در R (9:28) GLMs in R (9:28)

• استنباط (4:18) Inference (4:18)

• فرضیات صفر و جایگزین (4:45) Null and Alternative Hypotheses (4:45)

• محاسبه آمارها (5:11) Calculating Statistics (5:11)

• مقایسه مدل‌ها (7:08) Comparing Models (7:08)

• محاسبه آمارها در R Calculating Statistics in R

• جایگشت (3:26) Permutation (3:26)

• جایگشت در R (3:33) Permutation in R (3:33)

• مقادیر P-value (6:04) P-values (6:04)

• آزمون‌های متعدد (8:25) Multiple Testing (8:25)

• مقادیر P و آزمون‌های متعدد در R: بخش الف (5:58) P-values and Multiple Testing in R: Part A (5:58)

• مقادیر P و آزمون‌های متعدد در R: بخش ب (4:23) P-values and Multiple Testing in R: Part B (4:23)

ماژول ۴ Module 4

• مرور کلی ماژول ۴ (1:21) Module 4 Overview (1:21)

• غنی‌سازی مجموعه ژنی (4:19) Gene Set Enrichment (4:19)

• بیشتر در مورد غنی‌سازی (3:59) More Enrichment (3:59)

• تحلیل مجموعه ژنی در R (7:43) Gene Set Analysis in R (7:43)

• فرآیند RNA-seq (3:59) The Process for RNA-seq (3:59)

• فرآیند ChIP-seq (5:25) The Process for Chip-Seq (5:25)

• فرآیند متیلاسیون DNA (5:03) The Process for DNA Methylation (5:03)

• فرآیند GWAS/WGS (6:12) The Process for GWAS/WGS (6:12)

• ترکیب انواع داده‌ها (eQTL) (6:04) Combining Data Types (eQTL) (6:04)

• تحلیل eQTL در R (10:36) eQTL in R (10:36)

• درجات آزادی پژوهشگر (5:49) Researcher Degrees of Freedom (5:49)

• استنباط در مقابل پیش‌بینی (8:52) Inference vs. Prediction (8:52)

• چه زمانی کمک بگیریم؟ (2:31) Knowing When to Get Help (2:31)

• جمع‌بندی آمار برای علم داده‌های ژنومیک (1:53) Statistics for Genomic Data Science Wrap-Up (1:53)