آموزش آشنایی با بیوانفورماتیک - آخرین آپدیت

آشنایی با بیوانفورماتیک Introduction to Bioinformatics

• درباره بیوانفورماتیک About Bioinformatics

• معرفی مدرس: پروفسور سابی جان Meet Your Instructor - Prof. Saby John

• معرفی مدرس: پروفسور سیتا پارامسواران Meet Your Instructor - Prof. Seetha Parameswaran

• معرفی مدرس: دکتر ردی رانی وی Meet Your Instructor - Dr. Reddy Rani V

• تعریف بیوانفورماتیک Definition of Bioinformatics

• کاربردهای بیوانفورماتیک Application of Bioinformatics

• توابع کلیدی بیوانفورماتیک Key Functions of Bioinformatics

• طبقه‌بندی Classification

• اسمبلی (توالی‌یابی) Assembly

• توالی‌یابی مجدد Resequencing

• کمی‌سازی Quantification

• داده‌ها Data

• داده‌های بیوانفورماتیک Bioinformatics Data

• پایتون و بیوپایتون (BioPython) Python and BioPython

• دمو: پانداز و مت‌پلات‌لیب Demo: Pandas and Matplotlib

زیست‌شناسی برای بیوانفورماتیک Biology for Bioinformatics

• موجودات زنده (سلولی) در مقابل غیرزنده (ویروس، ویروئید، پریون) Living (Cellular) vs Non-Living (Virus, Viroid, Prion)

• ویروس‌ها Viruses

• طبقه‌بندی موجودات زنده Classification of Life

• تکامل Evolution

• ساختار سلول‌های باکتریایی، گیاهی و جانوری Structure of Bacterial, Plant, Animal Cells

• انواع سلول‌ها در انسان Types of Cells in Human

• سرطان Cancer

• کروموزوم‌های باکتریایی و یوکاریوتی Bacterial and Eukaryotic Chromosomes

• DNA و RNA: ساختار و عملکرد DNA, RNA - Structure and Function

• ساختار و عملکرد پروتئین Protein Structure and Function

زیست‌شناسی مولکولی برای بیوانفورماتیک Molecular Biology for Bioinformatics

• همانندسازی DNA DNA Replication

• جهش‌های DNA DNA Mutations

• توالی‌یابی اسیدهای نوکلئیک Nucleic Acid Sequencing

• ساختار و تنظیم ژن در پروکاریوت‌ها Gene Structure & Regulation in Prokaryotes

• ساختار و تنظیم ژن در یوکاریوت‌ها Gene Structure & Regulation in Eukaryotes

• ژن‌ها و ژنومیک Genes and Genomics

• مرور کلی دگما مرکزی The Central Dogma - Overview

• رونویسی (DNA به RNA) Transcription (DNA to RNA)

• ترجمه (RNA به پروتئین) Translation (RNA to Protein)

• کد ژنتیکی Genetic Code

زیرگروه‌بندی بیماران با استفاده از داده‌های RNA Seq Patient Subtyping Using RNA-Seq Data

• چرا زیرگروه‌بندی بیماران؟ Why Patient Subtyping

• بازیابی داده‌های RNA Seq از پایگاه داده NCBI GEO Retrieving RNA-Seq Data - NCBI GEO Database

• نرمال‌سازی داده‌های RNA Seq Normalisation of RNA-Seq Data

• روش‌های زیرگروه‌بندی بیماران Patient Subtyping Methods

• خوشه‌بندی سلسله‌مراتبی - بخش اول Hierarchical Clustering Part A

• خوشه‌بندی سلسله‌مراتبی - بخش دوم Hierarchical Clustering Part B

• الگوریتم لووین (Louvain) Louvain Algorithm

• منحنی‌های کاپلان-مایر Kaplan-Meier Curves

• نتیجه‌گیری و یافته‌ها Conclusion and Findings

• دمو: دانلود داده‌ها از NCBI Demo of Downloading Data from NCBI

• دمو: خوشه‌بندی سلسله‌مراتبی Demo of Hierarchical Clustering

• دمو: خوشه‌بندی لووین Demo of Louvain Clustering

طبقه‌بندی سلولی با استفاده از داده‌های scRNA Seq Cell Classification Using Single Cell RNA-Seq Data

• مقایسه مطالعه RNA Seq در مقابل scRNA Seq RNA-Seq vs scRNA-Seq Study

• طبقه‌بندی سلول‌ها Classification of Cells

• انتخاب ویژگی Feature Selection

• تحلیل مولفه‌های اصلی (PCA) Principal Component Analysis (PCA)

• بصری‌سازی داده‌های با ابعاد بالا Visualising High Dimension Data

• مبانی درخت تصمیم Decision Tree Fundamentals

• ارزیابی نتایج طبقه‌بندی Evaluating Classification Results

• دمو: کاهش ابعاد با استفاده از PCA Demo: Dimensionality Reduction using Principle Component Analysis

• دمو: پیاده‌سازی درخت تصمیم برای طبقه‌بندی نوع سلول Demo: Implementing Decision Tree for Cell Type Classification

• دمو: پیاده‌سازی ماتریس اغتشاش (Confusion Matrix) Demo: Implementing a Confusion Matrix

تحلیل ارتباط ژن-ژن در یک فنوتیپ Gene-Gene Association Analysis of a Phenotype

• مرور کلی پایگاه داده TCGA TCGA Database Overview

• درک ارتباطات ژن-ژن Understanding Gene-Gene Associations

• دانلود داده‌ها Data Downloading

• تکنیک‌های نرمال‌سازی داده‌ها Data Normalisation Techniques

• ساخت شبکه - بخش اول Network Construction – Part A

• ساخت شبکه - بخش دوم Network Construction – Part B

• بصری‌سازی با استفاده از Cytoscape Visualisation using Cytoscape

• درک تئوری گراف - بخش اول Understanding Graph Theory - Part A

• درک تئوری گراف - بخش دوم Understanding Graph Theory - Part B

• دمو: دانلود از TCGA Demo: TCGA Download

• دمو: پیاده‌سازی ساخت شبکه Demo: Implementing Network Construction

• دمو: کاوش در Cytoscape Demo: Cytoscape Exploration

آنولوژی ژنی و تحلیل غنی‌سازی مسیر Gene Ontology & Pathway Enrichment Analysis

• مقدمه‌ای بر غنی‌سازی ژنی و تحلیل مسیر Introduction to Gene Enrichment and Pathway Analysis

• لیست‌های ژنی و مجموعه‌های پس‌زمینه Gene Lists and Background Sets

• آشنایی با آنولوژی ژنی (Gene Ontology) Introduction to Gene Ontology

• روش‌های آماری در تحلیل غنی‌سازی Statistical Methods in Enrichment Analysis

• آزمون دقیق فیشر Fisher’s Exact Test

• آزمون کای-اسکوئر (Chi Square) Chi-Square Test

• آزمون مقایسه‌های چندگانه Multiple Comparisons Test

• ابزار DAVID برای غنی‌سازی ژنی DAVID - Gene Enrichment Tool

• شبکه تعامل مسیر Pathway Interaction Network

• دمو: روش‌های آماری برای تحلیل اهمیت ژن Demo: Statistical Methods for Gene Significance Analysis

• دمو: استفاده از STRING برای تحلیل PPIها Demo: Using STRING for Analyzing PPIs

مبانی پردازش زبان طبیعی (NLP) NLP Foundations

• مقدمه‌ای بر مبانی NLP Introduction to NLP Fundamentals

• کتابخانه‌های NLP (NLTK, spaCy) NLP Libraries (NLTK, spaCy)

• تکنیک‌های پیش‌پردازش متن Text Preprocessing Techniques

• بازشناسی موجودات نام‌گذاری شده (NER) Named Entity Recognition

• تطبیق الگو Pattern Matching

• سیستم‌های مبتنی بر قانون Rule Based System

• تحلیل متنی (Contextual Analysis) Contextual Analysis

• دمو: پردازش متن با استفاده از NLTK Demo: Text Processing using NLTK

• دمو: NER پزشکی با استفاده از NLTK Demo: Medical NER using NLTK

• دمو: تحلیل متن‌های پزشکی Demo: Medical Text Analysis

کشف دانش Knowledge Discovery

• مقدمه‌ای بر NLP پزشکی Introduction to Medical NLP

• ساختار داده‌های PubMed PubMed Data Structure

• آنولوژی‌های پزشکی Medical Ontologies

• ترنسفورمرها (Transformers) Transformers

• مدل‌های BERT و BioBERT BERT and BioBERT Models

• استخراج روابط Relationship Extraction

• روابط بیماری-سیمپتوم Disease-Symptom Relationships

• روابط دارو-بیماری Drug-Disease Relationships

• تشخیص بیماری‌های همزمان (Comorbidity) Comorbidity Detection

• دمو: استخراج رابطه دارو-بیماری با NLTK Demo: Drug-Disease Relationship Extraction Using NLTK

• دمو: استخراج رابطه بیماری-سیمپتوم با NLTK Demo: Disease Symptom Relationship Using NLTK

• دمو: تشخیص بیماری‌های همزمان با NLTK Demo: Comorbidity Detection Using NLTK

• دمو: استخراج روابط با استفاده از BioBERT Demo: Relationship Extraction Using BioBERT

تحلیل داده‌های DNA DNA Data Analysis

• تحلیل داده‌های DNA DNA Data Analysis

• درک داده‌های خام DNA Understanding Raw DNA Data

• وارد کردن و پاک‌سازی داده‌ها Data Import and Cleaning

• معیارهای فاصله ژنتیکی Genetic Distance Metrics

• الگوریتم‌های تطبیق DNA DNA Matching Algorithms

• ساخت سیستم پیش‌بینی روابط Building a Relationship Prediction System

• بصری‌سازی کروموزوم Chromosome Visualisation

• دمو: تولید داده‌های DNA مصنوعی و محاسبه معیارهای فاصله Demo: Generating Synthetic DNA Data and Calculating Distance Metrics

• دمو: الگوریتم‌های تطبیق DNA و تحلیل آماری Demo: DNA Matching Algorithms and Statistical Analysis

• دمو: پیش‌بینی روابط و ارزیابی مدل Demo: Relationship Prediction and Model Evaluation

• دمو: ایدئوگرام کروموزومی Demo: Chromosome Ideogram