آموزش برنامه‌نویسی R و RStudio برای تحلیل داده‌های اپیدمیولوژیک - آخرین آپدیت

سرفصل ها و درس ها

مقدمه‌ای بر RStudio Introduction to RStudio

• خوش‌آمدگویی به دوره Welcome to the Course

• نکاتی درباره به‌روزرسانی‌های نرم‌افزار R Note on R Software Updates

• دانلود R و RStudio Download R and RStudio

• نصب و مدیریت پکیج‌های R Installing and Managing R Packages

• شروع کار با RStudio Getting Started with RStudio

شروع سریع: رسم نمودار و ایجاد جدول در R Quick Start: Create Graph and Table in R

• شروع با یک نمودار و جدول ساده در R Getting Started with a Simple Graph and Table in R

• خواندن داده‌های اکسل در R Reading Excel Data in R

• ایجاد یک Box Plot ساده در R Create a Simple Box Plot in R

• ایجاد جدول خلاصه توصیفی در R Create a Descriptive Summary Table in R

مدیریت داده‌ها در R | خواندن داده‌ها، نگه داشتن، حذف و فیلتر متغیرها (dplyr) Data Management in R | Read data, Keep, Drop, Filter Variables (dplyr)

• وارد کردن داده‌ها: فایل‌های Excel، CSV، Stata و SPSS در R Importing Your Data: Excel, CSV, Stata, and SPSS Files in R

• عملگرهای حسابی و رابطه‌ای در RStudio Arithmetic and Relational Operators in RStudio

• نگه داشتن متغیرها در RStudio با استفاده از dplyr Keep Variables in RStudio using dplyr

• حذف متغیرها در RStudio با استفاده از dplyr | پاک‌سازی و سازماندهی داده‌ها Drop Variables in RStudio using dplyr | Clean and Organize Data in R

• فیلتر کردن داده‌ها در RStudio | نگه داشتن یا حذف مقادیر با dplyr Filter Data in RStudio | Keep or Drop Values with dplyr

برچسب‌های مقادیر و متغیرها در RStudio | مدیریت داده‌ها Value and Variable Labels in RStudio | Data management

• تعریف برچسب مقادیر در RStudio | استفاده از mutate() برای شفافیت داده‌ها Define Value Labels in RStudio | Use mutate() for Data Clarity

• افزودن برچسب متغیرها در RStudio | بهبود شفافیت مجموعه‌داده Add Variable Labels in RStudio | Improve Dataset Clarity

تبدیل متغیرها در RStudio | مدیریت داده‌ها بخش ۳ Variable Transformation in RStudio | Data Management part -3

• ایجاد متغیر جدید در RStudio | محاسبه BMI با mutate() Create New Variable in RStudio | Calculate BMI with mutate()

• بازکدگذاری (Recode) متغیرها در RStudio | تبدیل آسان داده‌ها با dplyr Recode Variables in RStudio | Transform Data Easily with dplyr

تجسم داده‌ها در RStudio | ایجاد نمودارهای تحلیلی | ggplot Data Visualization in RStudio | Create Insightful Charts and Graphs | ggplot

• رسم هیستوگرام در RStudio | تجسم آسان توزیع داده‌ها Create Histograms in RStudio | Visualize Data Distribution Easily

• Box Plot در RStudio | تجسم آسان تک متغیر پیوسته Box Plot in RStudio | Visualize Single Continuous Variable Easily

• Box Plot در RStudio | مقایسه متغیر پیوسته بر اساس دسته‌بندی Box Plot in RStudio | Compare Continuous Variable by Category

• Box Plot در RStudio | مقایسه متغیر پیوسته بر اساس دو دسته‌بندی Box Plot in RStudio | Compare Continuous Variable by Two Categories

• ذخیره نمودارها به صورت JPEG در RStudio | خروجی نمودارها برای گزارش‌ها Save Plots as JPEG in RStudio | Export Charts for Reports

نمودارهای میله‌ای برای متغیرهای طبقه‌بندی شده در RStudio Bar Diagrams for Categorical Variables in RStudio

• رسم نمودارهای میله‌ای ساده در R با ggplot Creating Simple Bar Diagrams in R using ggplot

• افزودن برچسب محورها به نمودار میله‌ای در RStudio با ggplot Adding Axis Labels to a Bar Diagram in RStudio Using ggplot

• نمودارهای میله‌ای گروهی برای داده‌های طبقه‌بندی شده در R با ggplot Grouped Bar Diagrams for Categorical Data in R using ggplot

نمودارهای میله‌ای برای متغیرهای دوگانه (Binary) در RStudio Bar Diagram for Binary Variables in RStudio

• نمودار میله‌ای برای یک متغیر دوگانه گروه‌بندی شده توسط یک متغیر طبقه‌بندی شده Bar Diagram for One Binary Variable Grouped by One Categorical Variable

• نمودار میله‌ای برای یک متغیر دوگانه گروه‌بندی شده توسط دو متغیر طبقه‌بندی شده Bar Diagram for One Binary Variable Grouped by Two Categorical Variables

• نمودار میله‌ای برای چندین متغیر دوگانه در RStudio Bar Chart for Multiple Binary Variables in RStudio

تحلیل توصیفی و استنباطی در RStudio | خلاصه سازی و تفسیر داده‌ها Descriptive and Inferential Analysis in RStudio | Summarize and Interpret Data

• تحلیل تک‌متغیره در RStudio | خلاصه سازی بهینه تمام متغیرها Univariate Analysis in RStudio | Summarize All Variables Efficiently

• تحلیل دو متغیره در RStudio | خلاصه سازی داده‌ها بر اساس متغیر طبقه‌بندی شده Bivariate Analysis in RStudio | Summarize Data by Categorical Variable

• درصدها و میانگین/انحراف معیار در RStudio | خلاصه سازی داده‌های طبقه‌بندی شده و پیوسته Percentages & Mean/SD in RStudio | Summarize Categorical & Continuous Data

• افزودن p-value در RStudio | اجرای آزمون کای-اسکوئر و T-Test برای تحلیل Add P-values in RStudio | Perform Chi-Square & T-Test for Analysis

• خروجی جدول RStudio به MS Word | ذخیره جداول و خلاصه‌ها Export RStudio Table to MS Word | Save Tables and Summaries

تحلیل رگرسیون خطی در RStudio با استفاده از gtsummary | R و برنامه‌نویسی R Linear Regression Analysis in RStudio using gtsummary | R and R Programming

• رسم نمودارهای پراکندگی (Scatter Plots) در RStudio با ggplot2 برای دو متغیر پیوسته Creating Scatter Plots in RStudio using ggplot2 for Two Continuous Variables

• ضریب همبستگی بین دو متغیر پیوسته در RStudio Correlation Coefficient between Two Continuous Variables in RStudio

• رگرسیون خطی ساده بین دو متغیر پیوسته در RStudio Simple Linear Regression between Two Continuous Variables in RStudio

• نوع متغیر پاسخ در رگرسیون خطی Outcome Variable Type in Linear Regression

• رگرسیون خطی چندگانه در RStudio: استفاده از بیش از یک متغیر مستقل Multiple Linear Regression in RStudio: Using More Than One Independent Variable

• پیش‌بینی نتایج و محاسبه باقی‌ماندها در رگرسیون خطی Predicting Outcomes and Calculating Residuals in Linear Regression

• آزمون همسانی واریانس (Homoscedasticity) در رگرسیون خطی با RStudio Testing Homoscedasticity in Linear Regression using RStudio

• آزمون نرمال بودن باقی‌ماندها در رگرسیون خطی با RStudio Testing Normality of Residuals in Linear Regression using RStudio

• بررسی هم‌خطی (Multicollinearity) با استفاده از VIF در RStudio Checking Multicollinearity using Variance Inflation Factor (VIF) in RStudio

• ایجاد جداول آماده چاپ برای ضرایب رگرسیون تعدیل نشده در R Creating Publication-Ready Tables for Unadjusted Regression Coefficients in R

• ایجاد جداول آماده چاپ برای ضرایب رگرسیون تعدیل شده در R Creating Publication-Ready Tables for Adjusted Regression Coefficients in R

• نهایی: ایجاد جداول آماده چاپ برای رگرسیون تعدیل شده و نشده Final: Creating Publication-Ready Tables for Unadjusted and Adjusted Regression

رگرسیون لجستیک در RStudio | تحلیل اپیدمیولوژیک | gtsummary Logistic Regression in RStudio | Epidemiological Analysis | gtsummary

• رگرسیون لجستیک ساده در RStudio | تخمین نسبت شانس (Odds Ratio) Simple Logistic Regression in RStudio | Estimate Odds Ratios

• تفسیر نسبت شانس حاصل از رگرسیون لجستیک در RStudio Interpreting Odds Ratios from Logistic Regression in RStudio

• رگرسیون لجستیک چندگانه در RStudio | مدل‌سازی چندین پیش‌بین Multiple Logistic Regression in RStudio | Model Multiple Predictors

• نحوه تغییر دسته مرجع (Reference Category) در مدل‌های رگرسیون (RStudio) How to Change the Reference Category in Regression Models (RStudio)

• نسبت‌های شانس تعدیل نشده در RStudio | تحلیل متغیرهای منتخب Unadjusted Odds Ratios in RStudio | Analyze Selected Variables

• نسبت‌های شانس تعدیل شده در RStudio | رگرسیون لجستیک چندگانه Adjusted Odds Ratios in RStudio | Multiple Logistic Regression

• ایجاد جداول رگرسیون لجستیک آماده چاپ در RStudio Create Publication-Ready Logistic Regression Tables in RStudio

• خروجی جداول رگرسیون لجستیک از RStudio | ذخیره برای گزارش‌ها Export Logistic Regression Tables from RStudio | Save for Reports

تحلیل داده‌های مطالعه کوهورت در R | پیامدهای دوگانه | تخمین نسبت ریسک Cohort Study Data Analysis in R | Binary Outcomes | Risk Ratio Estimation

• مروری بر طراحی مطالعه کوهورت و محاسبه حجم نمونه | نسبت ریسک Overview of Cohort Study Design and Sample Size Calculation | Risk Ratio

• وارد کردن و مدیریت داده‌ها برای مطالعات کوهورت در RStudio | پایگاه داده اکسل Data Import and Management for Cohort Studies in RStudio | Excel database

• ذخیره داده‌های مطالعه کوهورت در فرمت R Saving Cohort Study Data in R Format

• خلاصه توصیفی با استفاده از میانگین، انحراف معیار و درصدها Descriptive Summary using Mean, Standard Deviation, and Percentages

• رگرسیون Log Binomial ساده در RStudio | تخمین نسبت ریسک با gtsummary Simple Log-Binomial Regression in RStudio | Estimate Risk Ratios with gtsummary

• تفسیر نسبت‌های ریسک در مطالعات کوهورت Interpretation of Risk Ratios in Cohort Studies

• رگرسیون Log Binomial چندگانه | نسبت‌های ریسک تعدیل شده با gtsummary Multiple Log-Binomial Regression | Adjusted Risk Ratios with gtsummary

• رگرسیون پواسون اصلاح شده ساده | تخمین نسبت ریسک با gtsummary Simple Modified Poisson Regression | Estimate Risk Ratios with gtsummary

• رگرسیون پواسون اصلاح شده چندگانه — تخمین نسبت‌های ریسک تعدیل شده Multiple Modified Poisson Regression – Estimating Adjusted Risk Ratios

• جداول آماده چاپ برای نسبت‌های ریسک تعدیل نشده با رگرسیون پواسون Publication-Ready Tables for Unadjusted Risk Ratios using Poisson Regression

• جداول آماده چاپ برای نسبت‌های ریسک تعدیل شده با رگرسیون پواسون Publication-Ready Tables for Adjusted Risk Ratios using Poisson Regression

تحلیل مطالعه کوهورت برای پیامدهای شمارشی با رگرسیون پواسون در R | IRR Cohort Study Analysis for Count Outcomes using Poisson Regression in R | IRR

• وارد کردن داده‌ها برای رگرسیون پواسون (داده‌های شمارشی) در مطالعه کوهورت Data Import for Poisson Regression (Count Data) in a Cohort Study

• افزودن برچسب مقادیر برای داده‌های شمارشی کوهورت Adding Value Labels for Cohort Count Data

• افزودن برچسب متغیرها برای داده‌های شمارشی کوهورت (رگرسیون پواسون) Adding Variable Labels for Cohort Count Data (Poisson Regression)

• جدول خلاصه توصیفی برای داده‌های شمارشی کوهورت (رگرسیون پواسون) Descriptive Summary Table for Cohort Count Data (Poisson Regression)

• افزودن p-value به جداول خلاصه: تحلیل استنباطی برای داده‌های شمارشی کوهورت Adding P-values to Summary Tables: Inferential Analysis for Cohort Count Data

• رگرسیون پواسون ساده برای پیامدهای شمارشی: تخمین نسبت نرخ بروز (IRR) Simple Poisson Regression for Count Outcomes: Estimating Incidence Rate Ratios

• رگرسیون پواسون چندگانه برای مطالعات کوهورت: نسبت نرخ بروز تعدیل شده Multiple Poisson Regression for Cohort Studies: Adjusted Incidence Rate Ratios

• جدول آماده چاپ برای نتایج رگرسیون پواسون تعدیل نشده (IRR) Publication-Ready Table for Unadjusted Poisson Regression Results (IRR)

• جدول نهایی آماده چاپ برای رگرسیون پواسون تعدیل شده و نشده Publication-Ready Final Table for Unadjusted and Adjusted Poisson Regression

تحلیل داده‌های مطالعه مورد-شاهدی جفت‌شده در RStudio | رگرسیون لجستیک شرطی Matched Case–Control Study Data Analysis in RStudio | Conditional Logistic reg

• مروری بر طراحی مطالعه مورد-شاهدی جفت‌شده | محاسبه حجم نمونه Overview of Matched Case–Control Study Design | Sample size calculation

• مدیریت داده‌ها برای طراحی مطالعه مورد-شاهدی جفت‌شده در RStudio Data Management for Matched Case–Control Study Design in RStudio

• خلاصه سازی داده‌ها بر اساس وضعیت مورد-شاهدی در RStudio Summarizing Data by Case–Control Status in RStudio

• رگرسیون لجستیک شرطی ساده برای مطالعات مورد-شاهدی جفت‌شده در R Simple Conditional Logistic Regression for Matched Case–Control Studies in R

• رگرسیون لجستیک شرطی چندگانه برای مطالعات مورد-شاهدی جفت‌شده در R Multiple Conditional Logistic Regression for Matched Case–Control Studies in R

• ایجاد جداول آماده چاپ برای نسبت‌های شانس خام در RStudio Creating Publication-Ready Tables for Crude Odds Ratios in RStudio

• ایجاد جداول آماده چاپ برای نسبت‌های شانس خام و تعدیل شده در RStudio Creating Publication-Ready Tables for Crude and Adjusted Odds Ratios in RStudio

تحلیل بقا برای ارزیابی اثرات درمان در بیماران بستری با استفاده از R Survival Analysis for Assessing Treatment Effects in Hospital Patients using R

• داده‌های آزمایش بیمارستانی روی بیماران اسهالی — توصیف و وارد کردن در RStudio Hospital Trial Data on Diarrheal Patients – Description and Import in RStudio

• درک مفهوم رویداد (Event) و سانسورینگ (Censoring) در تحلیل بقا Understanding Event and Censoring in Survival Analysis

• برچسب‌گذاری داده‌ها و ذخیره مجموعه‌داده در فرمت R Data Labeling and Saving the Dataset in R Format

• منحنی‌های بقای کاپلان-مایر برای ارزیابی بصری اثرات درمان Kaplan–Meier Survival Curves to Visually Assess Treatment Effects

• تفسیر منحنی‌های بقای کاپلان-مایر Interpretation of Kaplan–Meier Survival Curves

• خلاصه توصیفی داده‌ها با استفاده از میانگین و درصدها در RStudio | p-value Descriptive Data Summary using Means and Percentages in RStudio | p-value

• رگرسیون کاکس ساده — تخمین اثر درمان با استفاده از نسبت مخاطره (Hazard Ratio) Simple Cox Regression – Estimating Treatment Effect using Hazard Ratios

• رگرسیون مخاطرات متناسب کاکس چندگانه برای اثر درمان Multiple Cox Proportional Hazards Regression for Treatment Effect

• ایجاد خودکار جداول نسبت مخاطره تعدیل نشده در RStudio Automatically Creating Unadjusted Hazard Ratio Tables in RStudio

• جداول خودکار برای نسبت‌های مخاطره تعدیل شده در تحلیل بقا Automated Tables for Adjusted Hazard Ratios in Survival Analysis

• نهایی: جداول خودکار برای نسبت‌های مخاطره تعدیل شده و نشده در R Final: Automated Tables for Unadjusted and Adjusted Hazard Ratios in R

تحلیل داده‌های مقطعی در R | مطالعه موردی DHS نیجریه | آماده‌سازی داده‌ها Cross-Sectional Data Analysis in R | Nigeria DHS Case Study | data preparation

• درک داده‌های DHS و کدبوک (DHS نیجریه) Understanding DHS Data and Codebook (Nigeria DHS)

• خواندن داده‌های DHS در R | فرمت Stata | فرمت SPSS Reading DHS Data in R | Stata format | SPSS format

• انتخاب متغیرهای مرتبط برای تحلیل Selecting Relevant Variables for Analysis

• تبدیل متغیرهای طبقه‌بندی شده به Factor Converting the categorical Variables to Factors

• مدیریت مقادیر حدی (9998, 98, flag) و جایگزینی با Missing یا NA Handling Extreme Values 9998 , 98, flag, replace by Missing , NA

• اصلاح مقادیر اعشاری و فرمت‌بندی داده‌ها (مثلاً تبدیل 2345 به 23.45) Adjusting Decimal Values and Data Formatting, like 2345 to 23.45

• ایجاد متغیرهای تغذیه‌ای | Stunting, Wasting, Underweight, ANC Creating Nutritional Variables | Stunting wasting underweight ANC

• انتخاب متغیرهای نهایی برای تحلیل | داده‌های پاک‌سازی شده Selecting Final Variables for Analysis | Clean data

• اصلاح برچسب مقادیر برای شفافیت | متغیرهای Factor Modifying Value Labels for Clarity | Factor variables

• تغییر نام متغیرها برای تفسیر بهتر Renaming Variables for Better Interpretation

• آماده‌سازی برچسب متغیرها برای تحلیل و ذخیره مجموعه‌داده نهایی Preparing Variable Labels for Analysis & Saving the Final Dataset

• ایجاد مجموعه‌داده جدید برای تحلیل کودکان Creating a New Dataset for Child Analysis