آموزش ویروس‌ها چیستند و چگونه با آن‌ها کار می‌کنیم؟ - آخرین آپدیت

پودمان ۱: ویروس‌ها چیستند؟ Module 1 - What are viruses?

• مقدمه‌ای بر ماهیت ویروس‌ها و نحوه کار با آن‌ها Introduction to what are viruses and how do we work with them

• ویروس‌ها و تنوع ویروسی Viruses and virus diversity

• «دگم مرکزی زیست‌شناسی مولکولی» فرانسیس کریک و تغییرات ویروسی در آن Francis Crick’s “Central Dogma of Molecular Biology”, and virus modifications to it

• ویروس‌ها چیستند؟ ویریون (ذره ویروسی) What are viruses? The virion

• ویروس‌ها چیستند؟ ژنوم ویروسی What are viruses? The viral genome

• خلاصه بخش «ویروس‌ها چیستند؟» Summary of ‘what are viruses?’

پودمان ۲: ویروس‌ها چگونه تکثیر (و گسترش) می‌یابند؟ Module 2 - How do viruses replicate (and spread)?

• مروری بر فرآیند تکثیر Overview of replication

• چرخه تکثیر عمومی، بخش ۱: اتصال با واسطه گیرنده، ادغام و ورود Generic replication cycle, part 1 - receptor-mediated binding, fusion and entry

• مصاحبه: ورود با واسطه گیرنده برای ویروس آنفلوانزا Interview - Receptor-mediated entry for influenza

• مصاحبه: ورود با واسطه گیرنده برای SARS-CoV-2 Interview - Receptor-mediated entry for SARS-CoV-2

• چرخه تکثیر عمومی، بخش ۲: انتقال درون‌سلولی، کارخانه‌های ویروسی و پناهگاه‌ها Generic replication cycle, part 2 - intracellular transport, virus factories and shelter

• استراتژی‌های بیان و تکثیر dsDNA و ssDNA (گروه‌های I و II بالتیمور) dsDNA & ssDNA (Baltimore Group I & II) expression and replication strategies

• استراتژی‌های بیان و تکثیر – گروه IV بالتیمور (ssRNA رشته مثبت) Expression and replication strategies – Baltimore Group IV (positive-sense ssRNA)

• استراتژی‌های بیان و تکثیر ssRNA (گروه V بالتیمور) -ssRNA (Baltimore Group V) expression and replication strategies

• استراتژی‌های تکثیر رترو ویروس‌ها (گروه‌های VI و VII بالتیمور) Reversivirus (Baltimore Group VI retroviruses & VII hepadnaviruses) replication strategies

پودمان ۳: چگونه ویروس‌ها را تکثیر، مشاهده و اندازه‌گیری کنیم؟ Module 3 - How do we propagate, observe and measure viruses?

• مروری بر تکثیر و پاساژ ویروسی Overview of virus propagation and passage

• سنجش‌های عفونی: رقیق‌سازی، پلاک‌ها و TCID50 Infectivity assays: dilution, plaques and TCID50

• سنجش‌های سرولوژیک: آنتی‌ژن و آنتی‌بادی‌های ضد ویروسی Serological assays: antigen and anti-viral antibody

• تشخیص ژنوم ویروسی و/یا mRNA Viral genome and/or mRNA detection

• مصاحبه با گراهام تیلور/کوک درباره تشخیص‌های آزمایشگاهی کووید Interview with Graham Taylor/Cooke about COVID lab diagnostics

• میکروسکوپی – نوری و الکترونی، کلاسیک و مدرن Microscopy – light and electron, classical and modern

• تعیین ساختار ویروس: کریستالوگرافی و Cryo EM Determining virus structure: crystallography and Cryo-EM

• تشخیص مدرن ویروس‌ها: ویروچیپ‌ها و توالی‌یابی عمیق Modern virus detection: virochips and deep sequencing

پودمان ۴: ویروس‌ها چگونه تکامل می‌یابند؟ Module 4 - How do viruses evolve?

• جهش ویروسی: شبه‌گونه‌ها، فنوتیپ، جهش‌های غیرمترادف و سویه‌ها Virus mutation: quasispecies, phenotype, non-synonymous mutations, and variants

• جهش ویروسی: درج و حذف (Indels)، تکثیر، اکتساب و تکامل بیشتر Virus mutation: indels, amplification, acquisition, and further evolution

• جهش ویروسی: انتخاب، بازگشت، برازش و گلوگاه‌ها Virus mutation: selection, reversion, fitness, and bottlenecks

• بازگشت واکسن سابین پولیو ویروس – تهدیدی برای ریشه‌کنی و راهکارهای احتمالی Poliovirus Sabin vaccine reversion – threat to eradication and possible solutions

• تکامل ویروس‌های نوظهور (بازآرایی، نوترکیبی و سازگاری) The evolution of novel viruses (reassortment, recombination, and adaptation)

پودمان ۵: چگونه از «ژنتیک معکوس» و «ویروس‌های کایمریک» در تحقیقات، ژن‌درمانی و توسعه واکسن استفاده کنیم؟ Module 5 - How do we use ‘reverse genetics’ & ‘chimaeric viruses’ in research, gene therapy & vaccine development?

• محدودیت‌های ژنتیک سنتی ویروس‌ها The limitations of conventional virus genetics

• مزایای بازیابی ویروس‌ها از cDNA کلون شده چیست؟ What are the advantages of recovery of viruses from cloned cDNA?

• از «ژنتیک معکوس» چه می‌آموزیم؟ What can we learn from ‘reverse genetics’?

• چگونه می‌توانیم از ژنتیک معکوس و ویروس‌های کایمریک استفاده کنیم؟ How can we use reverse genetics and chimaeric viruses?

• چگونه مزایا و مخاطرات «ژنتیک معکوس» را متوازن کنیم؟ How do we balance the benefits & risks of ‘reverse genetics’?

• خلاصه دوره Course Summary