آموزش تجزیه و تحلیل داده های پروتئومیکس De-Novo برای تحقیقات بیوانفورماتیک

سرفصل ها و درس ها

معرفی Introduction

• معرفی Introduction

• مروری بر پروتئومیکس و بیوانفورماتیک Overview of Proteomics and Bioinformatics

• اهمیت و کاربردهای پروتئومیکس در بیوانفورماتیک Importance and Applications of Proteomics in Bioinformatics

• چالش ها و محدودیت ها در تجزیه و تحلیل داده های پروتئومیکس Challenges and Limitations in Proteomics Data Analysis

بازیابی اطلاعات پروتئومیکس Proteomics Data Retrieval

• مقدمه ای بر پایگاه های داده پروتئومیکس Introduction to Proteomics Databases

• تکنیک های بازیابی داده ft. BLAST Data Retrieval Techniques ft. BLAST

• خانواده های ژنی و خانواده های پروتئینی چیست؟ What are Gene families and Protein Families

• مدیریت چالش‌های بازیابی داده‌ها در مقیاس بزرگ Handling Large-Scale Data Retrieval Challenges

پیش بینی دامنه ها و موتیف های پروتئینی Protein Domains and Motifs Prediction

• شناخت دامنه ها و موتیف های پروتئینی Understanding Protein Domains and Motifs

• روش های پیش بینی دامنه پروتئین Protein Domain Prediction Methods

• تجزیه و تحلیل دامنه های حفاظت شده Analysis of Conserved Domains

• تجزیه و تحلیل نقوش حفاظت شده Analysis of Conserved Motifs

داده های فیلوژنتیک و پروتئومیکس Phylogenetics and Proteomics Data

• مبانی فیلوژنتیک Basics of Phylogenetics

• داده های پروتئومیکس برای فیلوژنتیک Proteomics Data for Phylogenetics

• تراز توالی Sequence Alignment

• ساخت درخت فیلوژنتیک Phylogenetic Tree Construction

• الگوریتم های فیلوژنتیک Phylogenetic Algorithms

• تجسم درخت و حاشیه نویسی Tree Visualization and Annotation

• بینش های تکاملی از داده های پروتئومیکس و تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک Evolutionary Insights from Proteomics Data and Phylogenetic Analysis

پروتئومیکس شبکه (تداخلات پروتئین پروتئین) Network Proteomics (Protein Protein Interactions)

• مقدمه ای بر شبکه های تعامل پروتئینی Introduction to Protein Interaction Networks

• تکنیک پیش‌بینی PPI محاسباتی (STRING) Computational PPI Prediction Technique (STRING)

پیش بینی ساختار سه بعدی پروتئین Protein 3D Structure Prediction

• اصول پیش بینی ساختار پروتئین Principles of Protein Structure Prediction

• روش مدل سازی همسانی پیش بینی ساختار پروتئین Homology Modeling Method of Protein Structure Prediction

• روش Ab Initio پیش بینی ساختار پروتئین Ab Initio Method of Protein Structure Prediction

• ارزیابی مدل و ارزیابی کیفیت Model Evaluation and Quality Assessment

• طرح راماچاندران Ramachandran plot

• کاربردهای ساختارهای پیش بینی شده در کشف و طراحی دارو Applications of Predicted Structures in Drug Discovery and Design

خواص پروتئین، توابع و محلی سازی Protein Properties, Functions and Localization

• پیش بینی خواص فیزیکوشیمیایی پروتئین Protein Physiochemical Properties Prediction

• تجزیه و تحلیل عملکرد پروتئین Protein Function Analysis

• تجزیه و تحلیل محلی سازی پروتئین Protein Localization Analysis

• Softberry Weblink Softberry Weblink

پروتئومیکس و تحقیقات بیماری Proteomics and Disease Research

• نقش پروتئومیکس در کشف نشانگرهای زیستی بیماری Role of Proteomics in Disease Biomarker Discovery

• پروتئومیکس بالینی: کاربردهای تشخیصی و پیش آگهی Clinical Proteomics: Diagnostic and Prognostic Applications

• ادغام Omics: Genomics، Transcriptomics، Proteomics Omics Integration: Genomics, Transcriptomics, Proteomics

• رویکردهای زیست‌شناسی سیستمی به درک بیماری Systems Biology Approaches to Disease Understanding

• پروژه نهایی Final Project