آموزش مهندسی مدارهای ژنتیکی: روش‌های انتزاع - آخرین آپدیت

انتزاع مبتنی بر واکنش Reaction-based Abstraction

• مرور کلی Overview

• حذف گره‌های نامرتبط Irrelevant Node Elimination

• تقریب زمان گذر تولید Production-Passage-Time Approximation

• معادله مایکلیس-منتن Michaelis-Menten Equation

• تبدیل تقریب آنزیمی Enzymatic Approximation Transformation

• مدل‌های سرکوب و فعال‌سازی Models for Repression and Activation

• استخراج کاهش سایت عمل‌کننده Operator Site Reduction Derivation

• تبدیل کاهش سایت عمل‌کننده Operator Site Reduction Transformation

• مرور کلی مدل ترمودینامیکی آماری Statistical Thermodynamical Model Overview

• مثال مدل ترمودینامیکی آماری Statistical Thermodynamical Model Example

• کاهش دیمریزه شدن Dimerization Reduction

• کاربرد در مدل فاژ لمبدا Application to the Phage Lambda Model

• تقویت استوکیومتری Stoichiometry Amplification

مدل‌های تکه‌ای Piecewise Models

• مرور کلی کدگذاری منطقی Logical Encoding Overview

• توابع هیل Hill Functions

• آستانه‌های بحرانی، بازه‌ها و دامنه‌های تنظیمی Critical Thresholds, Intervals, and Regulatory Domains

• مرور کلی معادلات دیفرانسیل خطی تکه‌ای Piecewise Linear Differential Equations Overview

• راهکارهای معادلات دیفرانسیل خطی تکه‌ای Piecewise Linear Differential Equations Solutions

• مرزهای سیاه، سفید و شفاف Black, White, and Transparent Boundaries

• شبکه‌های پتری هیبریدی برچسب‌دار Labeled Hybrid Petri Nets

• مرور کلی ماشین‌های حالت متناهی تصادفی Stochastic Finite State Machines Overview

• تجزیه واکنش Reaction Splitization

• فرمان‌های محافظت‌شده Guarded Commands

• تولید نرخ انتقال Transition Rate Generation

• شبیه‌سازی FSM تصادفی Stochastic FSM Simulation

تحلیل زنجیره مارکوف Markov Chain Analysis

• مقدمه‌ای بر زنجیره‌های مارکوف Markov Chains Introduction

• زنجیره‌های مارکوف گسسته زمان Discrete-Time Markov Chains

• توزیع‌های حالت پایدار Steady-State Distributions

• محاسبه توزیع‌های حالت پایدار: روش‌های مستقیم Computing Steady-State Distributions: Direct Methods

• محاسبه توزیع‌های حالت پایدار: روش‌های تکرار شونده Computing Steady-State Distributions: Iterative Methods

• زنجیره‌های مارکوف پیوسته زمان Continuous-Time Markov Chains

• زنجیره مارکوف تعبیه شده Embedded Markov Chain

• مثال فاژ لمبدا Phage Lambda Example

• راهکارهای گذرا Transient Solutions

• یکنواخت‌سازی Uniformization

• خطای برش Truncation Error

• الگوریتم و مثال تحلیل گذرا Transient Analysis Algorithm and Example

انتزاع مبتنی بر حالت State-based Abstraction

• مرور کلی گردش کار انتزاع Overview of Abstraction Workflow

• مثال سوئیچ تغییر وضعیت ژنتیکی Genetic Toggle Switch Example

• انتزاع مبتنی بر حالت State-Based Abstraction

• محاسبات نرخ انتقال Transition Rate Calculations

• ویژگی‌ها Properties

• تحلیل زنجیره مارکوف Markov Chain Analysis

• مثال‌ها Examples

• مرور کلی مدل‌های منطقی کیفی Qualitative Logical Models Overview

مطالعه موردی بررسی مدل تصادفی حالت نامحدود Infinite-state Stochastic Model Checking Case Study

• شکست‌های مدار ژنتیکی Genetic Circuit Failures

• تولیدکننده خودکار مدل Automatic Model Generator

• خطرات عملکردی Function Hazards

• رسیدگی به خطرات مدارهای ژنتیکی Addressing Genetic Circuits Hazards

• منطق تصادفی پیوسته Continuous Stochastic Logic

• پیش‌بینی محاسباتی احتمال گلیچ (اختلال) Computational Prediction of Glitch Likelihood

• پیش‌بینی‌پذیری مدل Model Predictability

• ارزیابی آزمایشگاهی Laboratory Evaluation

• بررسی مدل تصادفی حالت نامحدود Infinite-State Stochastic Model Checking

• نتایج STAMINA STAMINA Results