آموزش مقایسه ژن‌ها، پروتئین‌ها و ژنوم‌ها (بیوانفورماتیک ۳) - آخرین آپدیت

سرفصل ها و درس ها

هفته اول: مقدمه‌ای بر هم‌ترازی توالی‌ها Week 1: Introduction to Sequence Alignment

• ویدئوی معرفی جذاب دوره را تماشا کنید! (Check Out Our Wacky Course Intro Video!)

• از مقایسه توالی تا بینش‌های بیولوژیکی From Sequence Comparison to Biological Insights

• بازی هم‌ترازی و مسئله طولانی‌ترین زیرتوالی مشترک The Alignment Game and the Longest Common Subsequence Problem

• مسئله توریست منهتن The Manhattan Tourist Problem

• مسئله خرد کردن پول The Change Problem

• برنامه‌نویسی پویا و اشاره‌گرهای بازگشتی Dynamic Programming and Backtracking Pointers

• از منهتن تا گراف هم‌ترازی From Manhattan to the Alignment Graph

هفته دوم: از یافتن طولانی‌ترین مسیر تا هم‌ترازی رشته‌های DNA Week 2: From Finding a Longest Path to Aligning DNA Strings

• از هم‌ترازی سراسری به هم‌ترازی محلی From Global to Local Alignment

هفته سوم: مباحث پیشرفته در هم‌ترازی توالی‌ها Week 3: Advanced Topics in Sequence Alignment

• جریمه درج و حذف در هم‌ترازی توالی Penalizing Insertions and Deletions in Sequence Alignment

• هم‌ترازی توالی با بهره‌وری حافظه Space-Efficient Sequence Alignment

• هم‌ترازی توالی‌های متعدد Multiple Sequence Alignment

هفته چهارم: بازآرایی ژنوم و شکنندگی Week 4: Genome Rearrangements and Fragility

• تبدیل انسان به موش (تحلیل ژنوم) Transforming Men Into Mice

• مرتب‌سازی بر اساس معکوس‌سازی‌ها Sorting by Reversals

• قضیه نقطه شکست Breakpoint Theorem

• بازآرایی‌ها در ژنوم‌های تومور Rearrangements in Tumor Genomes

• دو شکست 2-Breaks

هفته پنجم: کاربرد تحلیل بازآرایی ژنوم برای یافتن نقاط شکننده Week 5: Applying Genome Rearrangement Analysis to Find Genome Fragility

• گراف‌های نقطه شکست Breakpoint Graphs

• قضیه فاصله دو شکست 2-Break Distance Theorem

• نقاط داغ بازآرایی در ژنوم انسان Rearrangement Hotspots in the Human Genome

• ساخت بلوک‌های سینتنی Synteny Block Construction

هفته ششم: چالش کاربردی بیوانفورماتیک Week 6: Bioinformatics Application Challenge