آموزش طراحی پرایمر برای پی‌سی‌آر: نکات و ترفندها - آخرین آپدیت

سرفصل ها و درس ها

Polymerase Chain Reaction

• مقدمه Introduction

• درس ۱. چرخه PCR Lecture 1. PCR Cycling

• درس ۲. برنامه تکثیر استاندارد + تکثیر نمایی Lecture 2. Standard Amplification Program + Exponential Amplification

• درس ۳. تفاوت اندازه بین محصولات تکثیر PCR اولیه Lecture 3. The size difference between the PCR amplification products of the 1st

• آزمون Quiz

معیارهای طراحی پرایمر PCR PCR Primer Design Criteria

• درس ۴. فهرست معیارهای طراحی پرایمر PCR + دو منبع Lecture 4. List of the PCR Primer Design Criteria + Two Resources

• درس ۵. طول پرایمر DNA Lecture 5. The DNA Primer Length

• درس ۶. دمای ذوب پرایمر (Tm) - معادله والاس، معادله مارمور و دوتی Lecture 6. Primer Melting Temperature (Tm)-Wallace equation, Marmmur & Doty equa

• درس ۷. نحوه محاسبه آنتالپی، آنتروپی و انرژی آزاد Lecture 7. How to Calculate Enthalpy, Entropy, and Free Energy

• درس ۸. Tm پرایمر - روش نزدیک‌ترین همسایه Lecture 8. Primer Tm-The Nearest Neighbor Method

• درس ۹. دمای اتصال (Ta) پرایمر DNA Lecture 9. Annealing Temperature (Ta) of the DNA Primer

• درس ۱۰. محتوای GC پرایمر DNA Lecture 10. GC-Content of the DNA Primer

• درس ۱۱. گیره GC در انتهای 3’ پرایمر DNA Lecture 11. GC Clamp at the 3’ End of the DNA Primer

• درس ۱۲. ساختار ثانویه پرایمر Lecture 12. Primer Secondary Structure

• درس ۱۳. ران‌ها و تکرارها در پرایمر Lecture 13. Runs & Repeats in the primer

• درس ۱۴. همولوژی متقاطع Lecture 14. Cross homology

• درس ۱۵. طول محصول پرایمر Lecture 15. Primer product length

• آزمون - ۲ Quiz- 2

• آزمون - ۳ Quiz- 3

ابزارها و روش‌ها (نحوه...) Tools and Methods (How to...)

• درس ۱۶. بازیابی توالی یک ژن از NCBI و تعیین موقعیت دقیق Lecture 16. Retrieve a Gene Sequence form NCBI, and Determine the Exact Location

• درس ۱۷. مقایسه رونویسی‌های mRNA مختلف و انتخاب یکی برای ارزیابی یک ژن lecture 17. Compare Different mRNA Transcripts and Select One to Evaluate a Gene

• درس ۱۸. درک تنظیمات Primer3 + امتیاز خود-مکمل بودن پرایمر Lecture 18. Understand Primer3 Setting + Primer Self-complementrity score

• درس ۱۹. محاسبه امتیاز خود-مکمل بودن پرایمر Lecture 19. Calculate Primer Self-Complementarity Score

• درس ۲۰. بررسی همولوژی متقاطع پرایمر با استفاده از BLAT Lecture 20. Check for Primer Cross Homology Using BLAT

• درس ۲۱. ارزیابی پرایمرها بر اساس دلتا G Lecture 21. Evaluate Primers Depending on Delta G

عیب‌یابی الکتروفورز ژل Gel Electrophoresis Troubleshooting

• درس ۲۲. شدت پایین همه یا برخی باندهای DNA Lecture 22. Low Intensity of All or Some DNA Bands

• درس ۲۳. باندهای DNA لکه‌دار Lecture 23. Smeared DNA Bands