آموزش بیوانفورماتیک: تئوری و روش‌ها - آخرین آپدیت

سرفصل ها و درس ها

导论与历史

• 课程介绍

• 什么是生物信息学

• 生物信息学历史

• 中国大陆的生物信息学

序列比对

• 序列比对中的基本概念

• 利用动态规划进行全局比对

• 从全局比对到局部比对

• 考虑仿射空位罚分的序列比对，以及如何计算Needleman-Wunsch算法的时间复杂度

• 关于同源、相似性、相似性矩阵和点阵图

• M.S. Waterman教授访谈

• 学生课堂报告（一）

• 学生课堂报告（二）

序列数据库搜索

• 序列数据库

• BLAST算法初探

• 学生课堂报告

马尔可夫模型

• 从状态到马尔可夫链

• 隐马尔可夫模型

• 用隐马尔可夫模型建立预测模型

• 学生课堂报告（一）

• 学生课堂报告（二）

• 学生课堂报告（三）

• 学生实践

新一代测序NGS：重测序的回帖和变异鉴定

• 新一代测序

• 序列回帖和变异鉴定

• 序列回帖和变异鉴定的分析演示

• 关于回帖、变异鉴定

• 关于基因型鉴定

• Ion Torrent PGM测序介绍

• 3730 Sanger测序介绍

变异的功能预测

• 问题概述

• 记录变异的数据库

• 基于保守性和规则的预测方法：SIFT和PolyPhen

• 基于机器学习分类器的预测方法：SAPRED

• 支持向量机简介

• 学生课堂报告

期中考试

新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq

• 转录组介绍

• RNA测序数据回帖与组装

• RNA-seq数据分析

• Maynard Olson教授访谈

• 学生课堂报告（一）

• 学生课堂报告（二）

• 学生课堂报告（三）

• 学生课堂报告（四）

• 学生实践

非编码RNA的预测及分析

• 从信息到知识

• 数据挖掘: 长非编码RNA的鉴定

• 数据挖掘: 差异表达与聚类分析

• 变量选择与聚类分析

• Illumina HiSeq & MiSeq测序仪介绍

本体论、分子通路鉴定

• 本体论和基因本体论

• KEGG分子通路数据库

• GO注释

• 分子通路鉴定

• 应用：药物成瘾共同分子通路的鉴定

• 数据库系统简介

• KOBAS演示

• 学生演示KOBAS

生物信息数据库及软件资源

• 生物信息资源概览

• 美国国家生物信息中心(NCBI)资源

• 欧洲生物信息中心(EBI)资源

• UCSC基因组浏览器

• 其他主要生物信息资源

• 学生介绍CBI资源

研究案例 I -- 新基因起源

• 新基因鉴定及演化分析: 概念与实例

• 新基因鉴定及演化分析: 大脑演化的驱动力

• 从非编码RNA起源的从头起源新基因

• 一个与成瘾相关的人类特异的从头起源的新基因

• 学生课堂报告

研究案例II- DNA甲基化酶的演化功能分析

• 从干实验到湿实验——一个演化问题 第1部分

• 从干实验到湿实验——一个演化问题 第2部分

• 裴钢教授关于研究背景的介绍

• 裴钢教授访谈

• 学生课堂报告

期末考试