آموزش شناسایی جهش‌ها در DNA و پروتئین‌ها (بیوانفورماتیک ۶) - آخرین آپدیت

هفته اول: مقدمه‌ای بر نگاشت خوانش‌ها Week 1: Introduction to Read Mapping

• ویدئوی معرفی جذاب دوره را ببینید! (Check Out Our Wacky Course Intro Video!)

• چرا خوانش‌ها را نگاشت می‌کنیم؟ Why Do We Map Reads?

• استفاده از تری (Trie) Using the Trie

• از تری تا درخت پسوند From a Trie to a Suffix Tree

هفته دوم: تبدیل باروز ویلر Week 2: The Burrows-Wheeler Transform

• فشرده‌سازی رشته و تبدیل باروز ویلر String Compression and the Burrows-Wheeler Transform

• معکوس کردن باروز ویلر Inverting Burrows-Wheeler

• استفاده از باروز ویلر برای تطبیق الگو Using Burrows-Wheeler for Pattern Matching

هفته سوم: سرعت بخشیدن به نگاشت خوانش باروز ویلر Week 3: Speeding Up Burrows-Wheeler Read Mapping

• یافتن الگوهای تطبیق داده شده Finding the Matched Patterns

• تنظیم نقاط بازرسی (Checkpoints) Setting Up Checkpoints

• تطبیق غیردقیق Inexact Matching

• کاربردهای بیشتر نگاشت خوانش Further Applications of Read Mapping

هفته چهارم: مقدمه‌ای بر مدل‌های مارکوف پنهان Week 4: Introduction to Hidden Markov Models

• طبقه بندی فنوتیپ‌های HIV Classifying HIV Phenotypes

• قمار با یاکوزا Gambling with Yakuza

• از یک کازینوی متقلب تا مدل مارکوف پنهان From a Crooked Casino to a Hidden Markov Model

• مسئله رمزگشایی The Decoding Problem

• الگوریتم ویتربی The Viterbi Algorithm

هفته پنجم: مدل‌های HMM پروفایلی برای تراز توالی Week 5: Profile HMMs for Sequence Alignment

• مدل‌های HMM پروفایلی برای تراز توالی Profile HMMs for Sequence Alignment

• طبقه‌بندی پروتئین‌ها با HMM پروفایلی Classifying Proteins with Profile HMMs

• یادگیری ویتربی Viterbi Learning

• مسئله رمزگشایی نرم Soft Decoding Problem

• یادگیری باوم-ولش Baum-Welch Learning

هفته ششم: چالش کاربردی بیوانفورماتیک Week 6: Bioinformatics Application Challenge