آموزش ابزارهای خط فرمان برای علوم داده‌های ژنومیک - آخرین آپدیت

دستورات پایه یونیکس Basic Unix Commands

• دستورات پایه یونیکس ۱: نمایش محتوا Basic Unix Commands 1: Content Representation

• دستورات پایه یونیکس ۲: فایل‌ها، دایرکتوری‌ها و مسیرها Basic Unix Commands 2: Files, Directories, Paths

• دستورات پایه یونیکس ۳: نام‌گذاری فایل‌ها Basic Unix Commands 3: File Naming

• دستورات پایه یونیکس ۴: ایجاد محتوا Basic Unix Commands 4: Content Creation

• دستورات پایه یونیکس ۵: دسترسی به محتوا (بخش اول) Basic Unix Commands 5: Accessing Content I

• دستورات پایه یونیکس ۶: دسترسی به محتوا (بخش دوم) Basic Unix Commands 6: Accessing Content II

• دستورات پایه یونیکس ۷: تغییر مسیر محتوا (Redirecting) Basic Unix Commands 7: Redirecting Content

• دستورات پایه یونیکس ۸: کوئری گرفتن از محتوا Basic Unix Commands 8: Querying Content

• دستورات پایه یونیکس ۹: مقایسه محتوا Basic Unix Commands 9: Comparing Content

• دستورات پایه یونیکس ۱۰: آرشیو کردن محتوا Basic Unix Commands 10: Archiving Content

• دستورات پایه یونیکس ۱۱: تمرینات عملی (بخش اول) Basic Unix Commands 11: Practical Exercises I

• دستورات پایه یونیکس ۱۲: تمرینات عملی (بخش دوم) Basic Unix Commands 12: Practical Exercises II

هفته دوم Week Two

• توالی‌ها و ویژگی‌های ژنومیک ۱: مقدمه‌ای بر زیست‌شناسی مولکولی Sequences and Genomic Features 1: Molecular Bio Primer

• توالی‌ها و ویژگی‌های ژنومیک ۲: نمایش و تولید توالی Sequences and Genomic Features 2: Sequence Representation and Generation

• توالی‌ها و ویژگی‌های ژنومیک ۳: حاشیه‌نویسی (Annotation) Sequences and Genomic Features 3: Annotation

• توالی‌ها و ویژگی‌های ژنومیک ۴.۱: تراز کردن توالی‌ها ۱ Sequences and Genomic Features 4.1: Alignment I

• توالی‌ها و ویژگی‌های ژنومیک ۴.۲: تراز کردن توالی‌ها ۲ Sequences and Genomic Features 4.2: Alignment II

• توالی‌ها و ویژگی‌های ژنومیک ۵: بازسازی توالی‌ها و ویژگی‌ها Sequences and Genomic Features 5: Recreating Sequences & Features

• توالی‌ها و ویژگی‌های ژنومیک ۶: بازیابی ویژگی‌های ژنومیک Sequences and Genomic Features 6: Genomic Feature Retrieval

• توالی‌ها و ویژگی‌های ژنومیک ۷: ابزار SAMtools بخش اول Sequences and Genomic Features 7: SAMtools I

• توالی‌ها و ویژگی‌های ژنومیک ۸: ابزار SAMtools بخش دوم Sequences and Genomic Features 8: SAMtools II

• توالی‌ها و ویژگی‌های ژنومیک ۹: ابزار BEDtools بخش اول Sequences and Genomic Features 9: BEDtools I

• توالی‌ها و ویژگی‌های ژنومیک ۱۰: ابزار BEDtools بخش دوم Sequences and Genomic Features 10: BEDtools II

هفته سوم Week Three

• ترازبندی و تغییرات توالی ۱: نمای کلی Alignment & Sequence Variation 1: Overview

• ترازبندی و تغییرات توالی ۲: ابزارهای تراز و شناسایی تغییرات (Variant) Alignment & Sequence Variation 2: Alignment & Variant Detection Tools

• ترازبندی و تغییرات توالی ۳: فرمت VCF Alignment & Sequence Variation 3: VCF

• ترازبندی و تغییرات توالی ۴: ابزار Bowtie Alignment & Sequence Variation 4: Bowtie

• ترازبندی و تغییرات توالی ۵: ابزار BWA Alignment & Sequence Variation 5: BWA

• ترازبندی و تغییرات توالی ۶: ابزار SAMtools (mpileup) Alignment & Sequence Variation 6: SAMtools (mpileup)

• ترازبندی و تغییرات توالی ۷: ابزار BCFtools Alignment & Sequence Variation 7: BCFtools

• ترازبندی و تغییرات توالی ۸: فراخوانی تغییرات (Variant Calling) Alignment & Sequence Variation 8: Variant Calling

هفته چهارم Week Four

• ابزارهای ترانسکریپتومیکس ۱: نمای کلی Tools for Transcriptomics 1: Overview

• ابزارهای ترانسکریپتومیکس ۲: توالی‌یابی RNA (RNA-seq) Tools for Transcriptomics 2: RNA-seq

• ابزارهای ترانسکریپتومیکس ۳.۱: ابزار Tophat بخش اول Tools for Transcriptomics 3.1: Tophat I

• ابزارهای ترانسکریپتومیکس ۳.۲: ابزار Tophat بخش دوم Tools for Transcriptomics 3.2: Tophat II

• ابزارهای ترانسکریپتومیکس ۴: ابزار Cufflinks Tools for Transcriptomics 4: Cufflinks

• ابزارهای ترانسکریپتومیکس ۵: ابزار Cuffdiff Tools for Transcriptomics 5: Cuffdiff

• ابزارهای ترانسکریپتومیکس ۶.۱: نمایشگر یکپارچه ژنومیک (IGV) بخش اول Tools for Transcriptomics 6.1: Integrated Genomics Viewer I

• ابزارهای ترانسکریپتومیکس ۶.۲: نمایشگر یکپارچه ژنومیک (IGV) بخش دوم Tools for Transcriptomics 6.2: Integrated Genomics Viewer II