آموزش دینامیک مولکولی را از ابتدا یاد بگیرید

سرفصل ها و درس ها

معرفی دوره Introduction to the course

• معرفی دوره Introduction to the course

مقدمه ای بر دینامیک مولکولی Introduction to Molecular Dynamics

• دینامیک مولکولی چیست؟ What is Molecular Dynamics?

درست نیروی Force Field

• میدان نیرو چیست؟ What is force field?

نرم افزار دینامیک مولکولی Molecular Dynamics Software

• چرا GROMACS؟ Why GROMACS?

نصب اوبونتو در ویندوز Ubuntu Installation in Windows

• نصب اوبونتو در ویندوز Ubuntu Installation in Windows

نصب GROMACS GROMACS Installation

• چگونه GROMACS را روی سیستم عامل ویندوز نصب کنیم؟ How to install the GROMACS on windows OS?

فرمت فایل های GROMACS GROMACS files format

• فرمت های مختلف فایل های GROMACS چیست؟ What are the different GROMACS files format?

آماده سازی مولکول Molecule Preparation

• آماده سازی مولکول Molecule Preparation

به حداقل رساندن انرژی Energy Minimization

• به حداقل رساندن انرژی Energy Minimization

تعادل سیستم System Equilibration

• تعادل سیستم با استفاده از مجموعه NVT و NPT System Equilibration using NVT and NPT ensemble

دینامیک مولکولی Molecular Dynamics

• دینامیک مولکولی Molecular Dynamics

تحلیل مسیر Trajectory Analysis

• تحلیل مسیر Trajectory Analysis

اطلاعات تکمیلی Additional Information

• مراجع اضافی Additional References