آموزش توالی‌یابی کل ژنوم باکتری‌ها - ابزارها و کاربردها - آخرین آپدیت

پودمان ۱ Module 1

• سخنرانی خوش‌آمدگویی Welcome lecture

• اصول کلی تایپینگ باکتری‌ها General Principles of typing of bacteria

• نظارت بر مقاومت ضد میکروبی با استفاده از توالی‌یابی کل ژنوم Surveillance of Antimicrobial Resistance using whole genome sequencing

پودمان ۲ Module 2

• کاربرد ابزارهای ژنومیک: یک فناوری برای همه Application of Genomic tools- One technology takes it all

• مقدمه‌ای بر توالی‌یابی نسل جدید (NGS) Introduction to Next-Generation sequencing (NGS)

• اسمبلینگ de novo از خوانش‌های خام تا کانتیک‌ها: شرح و کاربرد ابزار اسمبلر De novo assembly- from raw reads to contigs: assembler tool description and application

پودمان ۳ Module 3

• شناسایی گونه‌ها: شرح و کاربردهای ابزار KmerFinder Species identification: KmerFinder tool description and applications

• تایپینگ MLST: شرح و کاربردهای ابزار MLST MLST Typing: MLST tool description and applications

• شناسایی ژن‌های مقاومت: شرح و کاربردهای ابزار Resfinder Resistance gene detection: Resfinder tool description and applications

پودمان ۴ Module 4

• شناسایی سروتایپ سالمونلا: شرح و کاربردهای ابزار SeqSero Salmonella Serotype identification: SeqSero tool description and applications

• شناسایی سروتایپ E. coli: شرح و کاربردهای ابزار serotype finder E. coli serotype identification: serotype finder tool description and applications

• شناسایی رپلیکون پلاسمید و تایپینگ پلاسمید Plasmid replicon identification and plasmid typing

• جستجوی عناصر متحرک: ابزاری تحت وب برای شناسایی عناصر ژنتیکی متحرک در توالی‌های اسمبل شده Mobile Element Finder: A web-based tool for detection of Mobile Genetic Elements in assembled sequences

پودمان ۵ Module 5

• ارتباط فیلوژنتیک: شرح و کاربردهای ابزار CSI Phylogeny Phylogenetic relatedness: CSI Phylogeny tool description and applications

• درخت Evergreen: پلتفرمی برای شناسایی طغیان‌های باکتریایی منشا غذایی Evergreen Tree: A platform for identification of foodborne bacterial outbreaks

• شناسایی چندمنظوره مارکرهای ژنتیکی: شرح و کاربردهای ابزار My Db finder Multipurpose detection of genetic markers- My Db finder tool description and applications

• آموزش عملی Tutorial

• نکات پایانی و چشم‌اندازها Final Remarks and perspectives