آموزش روش‌های تجربی در زیست‌شناسی سیستم‌ها - آخرین آپدیت

مقدمه Introduction

• جلسه 1: محدوده و نمای کلی Lecture 1 -Scope and Overview

• جلسه 2: سیستم‌های مدل بیولوژیکی Lecture 2 - Biological Model Systems

• جلسه 3: اختلالات تجربی Lecture 3 - Experimental Perturbations

• جلسه 4: اندازه‌گیری اسیدهای نوکلئیک Lecture 4 - Measuring Nucleic Acids

• جلسه 5: اندازه‌گیری پروتئین و حالت‌های پروتئینی Lecture 5 - Measuring Protein and Protein States

توالی‌یابی عمیق mRNA Deep mRNA Sequencing

• جلسه 1: تاریخچه توالی‌یابی Lecture 1 - History of Sequencing

• جلسه 2: توالی‌یابی نسل دوم و سوم Lecture 2 - 2nd and 3rd Generation Sequencing

• جلسه 3: توالی‌یابی mRNA مبتنی بر ایلومینا Lecture 3 - Illumina-Based mRNA Sequencing

• جلسه 4: ویدیو عملی آزمایشگاهی Lecture 4 - Lab-Based Video

• جلسه 5: تحلیل داده‌های توالی‌یابی mRNA Lecture 5 - mRNA Sequencing Data Analysis

پروتئومیکس مبتنی بر طیف‌سنجی جرمی Mass Spectrometry-Based Proteomics

• جلسه 1: مبانی طیف‌سنجی جرمی 1 Lecture 1 - Basics of Mass Spectrometry 1

• جلسه 2: مبانی طیف‌سنجی جرمی 2 Lecture 2 - Basics of Mass Spectrometry 2

• جلسه 3: کمی‌سازی در پروتئومیکس Lecture 3 - Quantification in Proteomics

• جلسه 4: ویدیو عملی آزمایشگاهی - پروتئومیکس روز اول Lecture 4 - Lab-Based Video - Proteomics Day 1

• جلسه 5: ویدیو عملی آزمایشگاهی - پروتئومیکس روز دوم Lecture 5 - Lab-Based Video - Proteomics Day 2

• جلسه 6: ویدیو عملی آزمایشگاهی - تحلیل Lecture 6 - Lab-Based Video - Analysis

امتحان میان‌ترم Midterm Exam

فلوسایتومتری و ماس‌سایتومتری برای سطوح پروتئین تک‌سلولی و سرنوشت سلول Flow and Mass Cytometry for Single Cell Protein Levels and Cell Fate

• جلسه 1: فلوسایتومتری 1 Lecture 1 - Flow Cytometry 1

• جلسه 2: فلوسایتومتری 2 Lecture 2 - Flow Cytometry 2

• جلسه 3: ماس‌سایتومتری Lecture 3 - Mass Cytometry

• جلسه 4: تحلیل داده‌های سایتومتری Lecture 4 - Cytometry Data Analysis

• جلسه 5: ویدیو عملی آزمایشگاهی - اکتساب داده‌های فلوسایتومتری Lecture 5 - Lab-Based Video - Flow Cytometry - Acquisition

• جلسه 6: ویدیو عملی آزمایشگاهی - تحلیل فلوسایتومتری Lecture 6 - Lab-Based Video - Flow Cytometry - Analysis

• جلسه 7: ویدیو عملی آزمایشگاهی - ماس‌سایتومتری Lecture 7 - Lab-Based Video - Mass Cytometry

تصویربرداری از سلول زنده برای دینامیک پروتئین تک‌سلولی Live-cell Imaging for Single Cell Protein Dynamics

• جلسه 1: میکروسکوپی فلورسانس Lecture 1 - Fluorescence Microscopy

• جلسه 2: انواع تصویربرداری Lecture 2 - Types of Imaging

• جلسه 3: بصری‌سازی مولکول‌ها در سلول‌های زنده: ابزارهای فلورسانس Lecture 3 - Visualizing Molecules in Living Cells: Fluorescent Tools

• جلسه 4: کمی‌سازی Lecture 4 - Quantification

• جلسه 5: ویدیو عملی آزمایشگاهی Lecture 5 - Lab-Based Video

یکپارچه‌سازی و تفسیر مجموعه‌داده‌ها با مدل‌های شبکه و مدل‌های دینامیکی Integrating and Interpreting Datasets with Network Models and Dynamical Models

• جلسه 1: داده‌های اومیکس و تحلیل مدل‌های شبکه Lecture 1 - Omics data and Network Model Analyses

• جلسه 2: داده‌های سری زمانی تک‌سلولی و تحلیل مدل‌های دینامیکی Lecture 2 - Single Cell Time Course Data and Dynamical Model Analyses

• جلسه 3: مطالعه موردی مدل دینامیکی Lecture 3 - Dynamical Model Case Study

امتحان نهایی Final Exam