لطفا جهت اطلاع از آخرین دوره ها و اخبار سایت در
کانال تلگرام
عضو شوید.
آموزش آشنایی با بازتولیدپذیری در انفورماتیک سرطان
- آخرین آپدیت
دانلود Introduction to Reproducibility in Cancer Informatics
نکته:
ممکن هست محتوای این صفحه بروز نباشد ولی دانلود دوره آخرین آپدیت می باشد.
نمونه ویدیوها:
توضیحات دوره:
این دوره برای دانشجویان علوم زیستپزشکی و پژوهشگرانی طراحی شده است که از ابزارهای انفورماتیکی در تحقیقات خود استفاده میکنند اما آموزشهای لازم در زمینه ابزارها و متدهای بازتولیدپذیری (Reproducibility) را ندیدهاند.
این دوره برای افرادی نوشته شده است که:
- آشنایی نسبی با زبان R یا Python داشته و اسکریپتهای سادهای نوشتهاند.
- آموزش رسمی در زمینه متدهای محاسباتی ندیدهاند.
- آشنایی محدود یا هیچ آشنایی با GitHub، Docker یا ابزارهای مدیریت پکیج ندارند.
**انگیزه و ضرورت**
تحلیلهای داده معمولاً بدون تماس مستقیم با پژوهشگران اصلی و صرف زمان و تلاش زیاد، بازتولیدپذیر نیستند (BeaulieuJones et al, 2017). بازتولیدپذیری در انفورماتیک سرطان (مانند سایر زمینهها) با وجود اینکه بنیادیترین بخش روش علمی است، هنوز بهطور مناسب رصد یا تشویق نمیشود. با این حال، بسیاری از پژوهشگران تلاش میکنند تا کارهای خود را بازتولیدپذیر کنند اما اغلب مهارت یا آموزش لازم برای اجرای موثر آن را ندارند.
تجهیز پژوهشگران به مهارتهای ایجاد تحلیلهای بازتولیدپذیر، کارایی همه افراد درگیر در پروژه را افزایش میدهد. تحلیلهای بازتولیدپذیر با احتمال بیشتری توسط دیگران درک، بهکارگیری و تکرار میشوند. این امر با کمک به پژوهشگران برای اجتناب از بنبستهای «مثبت کاذب»، روند پیشرفت علمی را تسریع میکند. همچنین، شفافیت متدهای متنباز در روشهای بازتولیدپذیر باعث صرفهجویی در زمان پژوهشگران میشود تا مجبور نباشند هر بار «چرخ را از اول اختراع کنند» و متدهایی را بنویسند که پیشتر توسط همه در آن حوزه اجرا شده است.
**برنامه آموزشی**
این دوره مفاهیم بازتولیدپذیری (Reproducibility) و تکرارپذیری (Replicability) را در زمینه انفورماتیک سرطان معرفی میکند و با استفاده از تمرینهای عملی، نحوه افزایش بازتولیدپذیری تحلیلهای داده را به صورت کاربردی نمایش میدهد. همچنین ابزارهای مرتبط با بازتولیدپذیری از جمله نوتبوکهای تحلیلی، مدیریت پکیجها، Git و GitHub معرفی میشوند.
این دوره شامل تمرینهای عملی برای بهکارگیری مفاهیم کدنویسی بازتولیدپذیر است. از شرکتکنندگان خواسته میشود تا همزمان با پیشروی در مطالب دوره، این فعالیتها را تکمیل کنند تا بازتولیدپذیری تحلیلهای خود را ارتقا دهند.
**هدف این دوره:**
تجهیز یادگیرندگان به مهارتهای بازتولیدپذیری که بتوانند آنها را در اسکریپتها و پروژههای تحلیلی فعلی خود به کار ببرند. این دوره رویکرد «ورود تدریجی» را برگزیده است؛ به این معنا که گامهای عملی و افزایشی را برای افزایش بازتولیدپذیری تحلیلها ارائه میدهد.
**آنچه هدف این دوره نیست:**
هدف این دوره آشنایی یادگیرندگان با ابزارهای بازتولیدپذیری است، اما لزوماً نماینده «برترین و نهاییترین» استانداردهای استفاده از این ابزارها نیست. به عبارت دیگر، این دوره یک نقطه شروع فراهم میکند، نه نقطه پایان. نسخه پیشرفته این دوره، گام بعدی به سوی «عملکردهای بهتر» و تکامل یافتهتر است.
**نحوه استفاده از دوره**
این دوره با در نظر گرفتن متخصصانی طراحی شده است که مشغله زیادی دارند و ممکن است بر اساس برنامه زمانی خود، دوره را متوقف کرده و سپس از جایی که رها کردهاند ادامه دهند.
در هر تمرین، شما این امکان را دارید که یا با فایلهای نمونه (که در هر فصل ویرایش کردهاید) پیش بروید، یا فایلهای تازه هر فصل را دانلود کنید که مطابق با بخش مربوطه دوره ویرایش شدهاند. به این ترتیب، اگر تصمیم گرفتید فصلی را رد کنید یا متوجه شدید فایلهای قبلی شما دیگر منطقی نیستند، در هر تمرین یک نقطه شروع تازه خواهید داشت.
سرفصل ها و درس ها
مقدمهای بر این دوره
Introduction to this Course
سازماندهی پروژه شما
Organizing your project
استفاده از نوتبوکها
Using notebooks
متنباز کردن پروژه با GitHub
Making your project open source with GitHub
Chris Croft
نمایش نظرات