آموزش روش‌های بیوانفورماتیک برای ترانسکریپتومیکس - آخرین آپدیت

ماژول ۱: معرفی دوره و تحلیل بیان ژن در داده‌های RNA-seq Module 1: Course Introduction and Gene expression analysis of RNA-seq data

• معرفی دوره Course Introduction

• تحلیل بیان ژن در داده‌های RNA-seq Gene expression analysis of RNA-seq data

• گام ۱: دانلود و آماده‌سازی داده‌ها Step 1: Downloading and Preparing the Data

• گام ۲: تراز کردن (Alignment) خوانش‌های RNA-seq Step 2: Aligning the RNA-seq reads

• گام ۳: اسمبل کردن ژن‌ها و ترانسکریپت‌ها، بخش ۱ Step 3: Assembling the Genes and Transcripts, Part 1

• گام ۳: اسمبل کردن ژن‌ها و ترانسکریپت‌ها، بخش ۲ Step 3: Assembling the Genes and Transcripts, Part 2

• گام ۴: تعیین ژن‌های با بیان تفاضلی، بخش ۱ Step 4: Determining the Differentially Expressed Genes, Part 1

• گام ۴: تعیین ژن‌های با بیان تفاضلی، بخش ۲ Step 4: Determining the Differentially Expressed Genes, Part 2

• گام ۴: تعیین ژن‌های با بیان تفاضلی، بخش ۳ Step 4: Determining the Differentially Expressed Genes, Part 3

• گام ۴: تعیین ژن‌های با بیان تفاضلی، بخش ۴ Step 4: Determining the Differentially Expressed Genes, Part 4

• گام ۴: تعیین ژن‌های با بیان تفاضلی، بخش ۵ Step 4: Determining the Differentially Expressed Genes, Part 5

• گام ۵: بصری‌سازی داده‌ها، بخش ۱ Step 5: Visualizing the Data, Part 1

• گام ۵: بصری‌سازی داده‌ها، بخش ۲ Step 5: Visualizing the Data, Part 2

ماژول ۲: تحلیل اسپلاسینگ جایگزین در داده‌های RNA-seq Module 2: Alternative splicing analysis of RNA-seq data

• مقدمه‌ای بر تحلیل اسپلاسینگ جایگزین (AS)، بخش ۱ Introduction to alternative splicing (AS) analysis, Part 1

• مقدمه‌ای بر تحلیل اسپلاسینگ جایگزین (AS)، بخش ۲ Introduction to alternative splicing (AS) analysis, Part 2

• مقدمه‌ای بر تحلیل اسپلاسینگ جایگزین (AS)، بخش ۳ Introduction to alternative splicing (AS) analysis, Part 3

• گام ۱: آماده‌سازی داده‌های ورودی Step 1: Preparing the input data

• گام ۲: تحلیل در سطح ایزوفرم با Cuffdiff2 Step 2: Isoform-level analysis with Cuffdiff2

• گام ۳: تحلیل در سطح رویداد با rMATS، بخش ۱ Step 3: Event-level analysis with rMATS, Part 1

• گام ۳: تحلیل در سطح رویداد با rMATS، بخش ۲ Step 3: Event-level analysis with rMATS, Part 2

• گام ۳: تحلیل در سطح رویداد با rMATS، بخش ۳ Step 3: Event-level analysis with rMATS, Part 3

• گام ۴-الف: تحلیل در سطح اینترون با MntJULiP، بخش ۱ Step 4A: Intron-level analysis with MntJULiP, Part 1

• گام ۴-الف: تحلیل در سطح اینترون با MntJULiP، بخش ۲ Step 4A: Intron-level analysis with MntJULiP, Part 2

• گام ۴-الف: تحلیل در سطح اینترون با MntJULiP، بخش ۳ Step 4A: Intron-level analysis with MntJULiP, Part 3

• گام ۴-الف: تحلیل در سطح اینترون با MntJULiP، بخش ۴ Step 4A: Intron-level analysis with MntJULiP, Part 4

• گام ۴-ب: تحلیل در سطح اینترون با MntJULiP II Step 4B: Intron-level analysis with MntJULiP II

• گام ۵-الف: تحلیل حفظ اینترون با IRFinder، بخش ۱ Step 5A: Intron retention analysis with IRFinder, Part 1

• گام ۵-الف: تحلیل حفظ اینترون با IRFinder، بخش ۲ Step 5A: Intron retention analysis with IRFinder, Part 2

• گام ۵-الف: تحلیل حفظ اینترون با IRFinder، بخش ۳ Step 5A: Intron retention analysis with IRFinder, Part 3

• گام ۵-ب: تحلیل حفظ اینترون با IRFinder II، بخش ۱ Step 5B: Intron retention analysis with IRFinder II, Part 1

• گام ۵-ب: تحلیل حفظ اینترون با IRFinder II، بخش ۲ Step 5B: Intron retention analysis with IRFinder II, Part 2

• گام ۶-الف: بصری‌سازی AS با IGV و Jutils I، بخش ۱ Step 6A: AS visualization with IGV and Jutils I, Part 1

• گام ۶-الف: بصری‌سازی AS با IGV و Jutils I، بخش ۲ Step 6A: AS visualization with IGV and Jutils I, Part 2

• گام ۶-ب: بصری‌سازی AS با Jutils II، بخش ۱ Step 6B: AS visualization with Jutils II, Part 1

• گام ۶-ب: بصری‌سازی AS با Jutils II، بخش ۲ Step 6B: AS visualization with Jutils II, Part 2

• گام ۶-ب: بصری‌سازی AS با Jutils II، بخش ۳ Step 6B: AS visualization with Jutils II, Part 3

• گام ۶-ب: بصری‌سازی AS با Jutils II، بخش ۴ Step 6B: AS visualization with Jutils II, Part 4

ماژول ۳: بازسازی ترانسکریپتوم با خوانش‌های بلند RNA Module 3: Transcriptome reconstruction with long RNA sequencing reads

• مقدمه‌ای بر ترانسکریپتومیکس با خوانش‌های بلند RNA Introduction to transcriptomics with long RNA sequencing reads

• آماده‌سازی داده‌های توالی ورودی Preparing the input sequence data

• تراز کردن خوانش‌های بلند RNA، بخش ۱ Aligning the long RNA sequencing reads, Part 1

• تراز کردن خوانش‌های بلند RNA، بخش ۲ Aligning the long RNA sequencing reads, Part 2

• ساخت مدل‌های ترانسکریپت با FLAIR (align) Building transcript models with FLAIR (align)

• ساخت مدل‌های ترانسکریپت با FLAIR Building transcript models with FLAIR

• ساخت مدل‌های ترانسکریپت با FLAIR (collapse)، بخش ۱ Building transcript models with FLAIR (collapse), Part 1

• ساخت مدل‌های ترانسکریپت با FLAIR (collapse)، بخش ۲ Building transcript models with FLAIR (collapse), Part 2

• ساخت مدل‌های ترانسکریپت با FLAIR (quantify) Building transcript models with FLAIR (quantify)

• ساخت مدل‌های ترانسکریپت با IsoQuant، بخش ۱ Building transcript models with IsoQuant, Part 1

• ساخت مدل‌های ترانسکریپت با IsoQuant، بخش ۲ Building transcript models with IsoQuant, Part 2

• ساخت مدل‌های ترانسکریپت با IsoQuant، بخش ۳ Building transcript models with IsoQuant, Part 3

• بصری‌سازی داده‌های ترانسکریپت با IGV، بخش ۱ Visualizing transcript data with the IGV, Part 1

• بصری‌سازی داده‌های ترانسکریپت با IGV، بخش ۲ Visualizing transcript data with the IGV, Part 2

ماژول ۴: تحلیل بیان تفاضلی و اسپلاسینگ تفاضلی با خوانش‌های بلند RNA Module 4: Differential expression and differential splicing analysis with long RNA sequencing reads

• مقدمه‌ای بر تحلیل بیان و اسپلاسینگ تفاضلی با توالی‌یابی RNA خوانش بلند Introduction to differential expression and splicing analysis with long read RNA sequencing

• آماده‌سازی داده‌ها (مرور کلی) Preparing the data - a review

• بیان تفاضلی ژن و ترانسکریپت (DESeq2)، بخش ۱ Differential gene and transcript expression (DESeq2), Part 1

• بیان تفاضلی ژن و ترانسکریپت (DESeq2)، بخش ۲ Differential gene and transcript expression (DESeq2), Part 2

• شناسایی اسپلاسینگ تفاضلی با ابزارهای خوانش کوتاه (FLAIR drimSeq و DESeq2)، بخش ۱ Differential splicing detection with short read tools (FLAIR drimSeq and DESeq2), Part 1

• شناسایی اسپلاسینگ تفاضلی با ابزارهای خوانش کوتاه (FLAIR drimSeq و DESeq2)، بخش ۲ Differential splicing detection with short read tools (FLAIR drimSeq and DESeq2), Part 2

• شناسایی اسپلاسینگ تفاضلی با ابزارهای خوانش کوتاه (FLAIR diffSplice)، بخش ۱ Differential splicing detection with short read tools (FLAIR diffSplice), Part 1

• شناسایی اسپلاسینگ تفاضلی با ابزارهای خوانش کوتاه (FLAIR diffSplice)، بخش ۲ Differential splicing detection with short read tools (FLAIR diffSplice), Part 2

• شناسایی اسپلاسینگ تفاضلی با ابزارهای خوانش کوتاه (FLAIR diffSplice)، بخش ۳ Differential splicing detection with short read tools (FLAIR diffSplice), Part 3

• شناسایی اسپلاسینگ تفاضلی با ابزارهای خوانش بلند (۱) (LIQA)، بخش ۱ Differential splicing detection with long read tools (1) (LIQA), Part 1

• شناسایی اسپلاسینگ تفاضلی با ابزارهای خوانش بلند (۱) (LIQA)، بخش ۲ Differential splicing detection with long read tools (1) (LIQA), Part 2

• شناسایی اسپلاسینگ تفاضلی با ابزارهای خوانش بلند (۲) (LIQA)، بخش ۱ Differential splicing detection with long read tools (2) (LIQA), Part 1

• شناسایی اسپلاسینگ تفاضلی با ابزارهای خوانش بلند (۲) (LIQA)، بخش ۲ Differential splicing detection with long read tools (2) (LIQA), Part 2

• شناسایی اسپلاسینگ تفاضلی با ابزارهای خوانش بلند (۲) (LIQA)، بخش ۳ Differential splicing detection with long read tools (2) (LIQA), Part 3

• جمع‌بندی و اختتام Closing