آموزش تسلط بر آنالیز داده‌های متاژنومیک و میکروبیوم با استفاده از لینوکس - آخرین آپدیت

سرفصل ها و درس ها

معرفی دوره Course Introduction

• معرفی کلی دوره Introduction of Course

مقدمه‌ای بر متاژنومیک و میکروبیوم Introduction to Metagenomics and Microbiome

• متاژنومیک چیست؟ What is metagenomics?

• انواع متاژنومیک: 16S rRNA در مقابل Shotgun Types: 16S rRNA vs Shotgun metagenomics

• پروژه‌های اصلی میکروبیوم Major Microbiome Projects

ضروریات لینوکس برای بیوانفورماتیک Linux Essentials for Bioinformatics

• آشنایی با لینوکس Introduction to Linux

• راه‌اندازی محیط در ویندوز Environment Setup On Windows

• کار با سیستم فایل لینوکس Navigating The Linux File System

• دستورات پایه لینوکس برای بیوانفورماتیک Basic Linux Commands For Bioinformatics

• کار با فایل‌های متنی و پردازش داده‌ها در لینوکس برای بیوانفورماتیک Working With Text Files And Data Processing In Linux For Bioinformatics

• فشرده‌سازی و آرشیو فایل‌ها در بیوانفورماتیک File Compression And Archiving In Bioinformatics

• نصب ابزارهای بیوانفورماتیک Installing Bioinformatics Tools

• راهنمای نصب Anaconda و Miniconda Anaconda and Miniconda Setup Guide

تحلیل داده‌های میکروبیوم با استفاده از QIIME 2 Microbiome Data Analysis Using QIIME 2

• راه‌اندازی QIIME2 و دریافت داده‌ها Setting up QIIME2 and Data Acquisition

• دمالتی‌پلکسینگ و کنترل کیفیت Demultiplexing and Quality Control

• تحلیل تنوع آلفا و بتا Alpha and beta diversity analysis

• طبقه‌بندی تاکسونومیک Taxonomic Classification

• تست فراوانی تفکیکی Differential abundance testing

• تحلیل جامع میکروبیوم با QIIME2 Microbiome Analysis with QIIME2

تحلیل داده‌های متاژنومیک با استفاده از Kraken2، Bracken و Krona Metagenomics Data Analysis Using Kraken2, Bracken and Krona

• انتخاب ابزارها برای تحلیل داده‌های متاژنومیک Selection of Tools for Metagenomics Data Analysis

• دانلود پایگاه داده‌های متاژنومیک و داده‌های خام Downloading Metagenomics Database and Raw Data

• پیش‌پردازش توالی‌های خام Preprocessing of Raw Reads

• استفاده از Kraken2 و Bracken برای طبقه‌بندی تاکسونومیک و تخمین فراوانی Using Kraken2 and Bracken for Taxonomic classification and Abundance Estimation

• بصری‌سازی میکروب‌های شناسایی شده با استفاده از Krona Visualization of Microbes Identified Using Krona

• طبقه‌بندی متاژنومیک Shotgun با Kraken2، Bracken و Krona Shotgun Metagenomics Classification with Kraken2, Bracken & Krona

پروژه نهایی و جامع Final Project & Capstone

• تحلیل و تفسیر یک مجموعه‌ داده متاژنومیک واقعی Analyze and Interpret a Real-World Metagenomic Dataset