آموزش دوره جامع و عملی تحلیل RNA-Seq: از فایل‌های FASTQ تا شناسایی ژن‌های DEGs - آخرین آپدیت

سرفصل ها و درس ها

معرفی دوره Course Introduction

• معرفی دوره Introduction of Course

لینوکس پایه برای بیوانفورماتیک Basic Linux For Bioinformatics

• آشنایی با لینوکس Introduction to Linux

• راه‌اندازی محیط در ویندوز Environment Setup On Windows

• دستورات پایه لینوکس برای بیوانفورماتیک Basic Linux Commands For Bioinformatics

• ناوبری در سیستم فایل لینوکس Navigating The Linux File System

• کار با فایل‌های متنی و پردازش داده‌ها در لینوکس برای بیوانفورماتیک Working With Text Files And Data Processing In Linux For Bioinformatics

• فشرده‌سازی و آرشیو فایل‌ها در بیوانفورماتیک File Compression And Archiving In Bioinformatics

مبانی RNA-Seq Foundations of RNA-Seq

• مقدمه‌ای بر RNA-Seq Introduction To RNA-Seq

• RNA-Seq و اهمیت آن در تحقیقات ترانسکریپتومیک RNA-Seq and its significance in transcriptomics research

کسب داده‌ها و پیش‌پردازش Data Acquisition & Preprocessing

• استخراج داده‌های RNA-Seq Retrieving RNA-Seq Data

• پیش‌پردازش داده‌های RNA-Seq Preprocessing Of RNA-Seq Data

• دریافت داده‌های خام RNA-Seq از پایگاه داده‌های عمومی Retrieve raw RNA-Seq data from a public database

تراز کردن با ژنوم مرجع Mapping to the Reference Genome

• اندکس‌گذاری و تراز کردن با ژنوم مرجع Indexing And Alignment To Reference Genome

• اندکس کردن ژنوم مرجع با ابزارهایی مانند Bwa/Hisat2/STAR Index the reference genome using a tool like Bwa/Hisat2/STAR.

کمی‌سازی و نرمال‌سازی Quantification & Normalization

• کمی‌سازی فایل‌های BAM Quantifications Of Bam Files

• کمی‌سازی سطوح بیان ژن از فایل‌های BAM Quantify the gene expression levels from the BAM files

زبان R و RStudio R and R Studio

• معرفی زبان R Introduction of R

• راه‌اندازی R و RStudio برای بیوانفورماتیک Setting Up R And R Studio For Bioinformatics

• نصب پکیج‌ها در R Package Installation In R

تحلیل‌های پایین‌دستی Downstream Analyses

• تحلیل بیان افتراقی با استفاده از R Differential Expression Analysis Using R

• تحلیل غنی‌سازی مجموعه ژنی در R Gene Set Enrichment Analysis In R

• تحلیل جامع بیان افتراقی و غنی‌سازی Differential Expression and Enrichment Analysis

پروژه نهایی و کوییز Final Project & Quiz

• کوییز نهایی Final Quiz

• پروژه پایانی: طراحی خط لوله خط فرمان برای پیش‌پردازش داده‌های RNA-Seq Capstone Project: Command Line Pipeline for RNA-Seq Data Preprocessing