آموزش بیوانفورماتیک: مقدمه و روش‌ها - آخرین آپدیت

سرفصل ها و درس ها

مقدمه و تاریخچه بیوانفورماتیک Introduction and History of Bioinformatics

• بیوانفورماتیک چیست What is Bioinformatics

• تاریخچه بیوانفورماتیک History of Bioinformatics

• بیوانفورماتیک در چین Bioinformatics in Mainland China

• درباره این دوره About This Course

تراز توالی (Sequence Alignment) Sequence Alignment

• مفاهیم ضروری Essential Concepts

• تراز جهانی با استفاده از برنامه‌نویسی پویا Global Alignment by Dynamic Programming

• از تراز جهانی به تراز محلی From Global to Local

• تراز با جریمه شکاف آفین و محاسبه پیچیدگی زمانی الگوریتم نیدلمن-ونش Alignment with Affine Gap Penalty and Calculation of Time Complexity of The Needleman-Wunsch Algorithm

• مصاحبه با ام. اس. واترمَن Interview with M. S. Waterman Waterman

• تکمیلی در مورد همولوژی و شباهت، ماتریس شباهت و ماتریس نقطه‌ای Supplement on Homology & Similarity, Similarity Matrix and Dot Matrix (English Subtitles)

• ارائه دانشجویی Student Presentation (English Subtitles)

جستجو در پایگاه داده‌های توالی Sequence Database Search

• پایگاه داده‌های توالی Sequence Databases

• الگوریتم BLAST: مقدماتی BLAST Algorithm: A Primer

• ارائه دانشجویی Student Presentation (English Subtitles)

مدل مارکوف Markov Model

• از حالت‌ها تا زنجیره مارکوف From States to Markov Chain

• مدل مارکوف پنهان (HMM) Hidden Markov Model

• پیش‌بینی با مدل مارکوف پنهان Predict with Hidden Markov Model

• ارائه دانشجویی Student Presentation

توالی‌یابی نسل جدید (NGS): نگاشت خوانش‌ها و شناسایی واریانت‌های ژنتیکی Next Generation Sequencing (NGS): Mapping of Reads From Resequencing and Calling of Genetic Variants

• از توالی‌یابی سنتی تا NGS From Sequencing to NGS

• نگاشت خوانش‌ها و فراخوانی واریانت‌ها Reads Mapping and Variants Calling

• آزمایشگاه کامپیوتر: نگاشت خوانش‌ها و شناسایی واریانت Computer Lab: Reads mapping and variant calling (English Subtitles)

• تکمیلی در مورد نگاشت خوانش‌ها و شناسایی واریانت Supplement on reads mapping and variant calling (English Subtitles)

• تکمیلی در مورد ژنوتیپینگ Supplement on genotyping (English Subtitles)

• مروری سریع بر دستگاه توالی‌یاب Ion Torrent PGM A quick tour to sequencer 1 - Ion Torrent PGM (English Subtitles)

• مروری سریع بر دستگاه توالی‌یاب 3730 Sanger A quick tour to sequencer 2 - 3730 Sanger sequencing (English Subtitles)

• ارائه دانشجویی Student presentation (English Subtitles)

پیش‌بینی عملکردی واریانت‌های ژنتیکی Functional Prediction of Genetic Variants

• بررسی کلی مسئله Overview of the Problem

• پایگاه داده‌های واریانت Variant Databases

• روش‌های مبتنی بر حفاظت و قانون: SIFT و PolyPhen Conservation-Based and Rule-Based Methods: SIFT & PolyPhen

• روش‌های مبتنی بر طبقه‌بندی: SAPRED Classifier-Based Methods: SAPRED

• مقدمه‌ای بر ماشین بردار پشتیبان (SVM) Introduction to Support Vector Machine(SVM) (English Subtitles)

• ارائه دانشجویی Student presentation (English Subtitles)

امتحان میان‌ترم Mid-term Exam

توالی‌یابی نسل جدید: تحلیل ترانسکریپتوم و RNA-Seq Next Generation Sequencing: Transcriptome Analysis, and RNA-Seq

• ترانسکریپتوم: نگاهی کلی Transcriptome: An Overview

• توالی‌یابی RNA: نگاشت و اسمبل کردن RNA-Seq: Mapping & Assembling

• آزمایشگاه کامپیوتر: تحلیل داده‌های RNA-Seq Computer Lab: RNA-seq Data Analysis RNA-seq (English Subtitles)

• سخنرانی دکتر مینارد اولسون Dr. Maynard Olson Talk

• ارائه دانشجویی Student presentation (English Subtitles)

پیش‌بینی و تحلیل RNAهای غیرکدکننده Prediction and Analysis of Noncoding RNA

• از اطلاعات به دانش From Information to Knowledge

• داده‌کاوی: شناسایی ncRNAهای بلند Data Mining: Identify long ncRNAs

• داده‌کاوی: بیان تفاضلی و خوشه‌بندی Data Mining: Differential Expression and Clustering

• انتخاب ویژگی و خوشه‌بندی Feature selection and Clustering (English Subtitles)

• مروری سریع بر توالی‌یاب‌های Illumina HiSeq و MiSeq A quick tour to sequencer - illumina HiSeq & MiSeq (English Subtitles)

• ارائه دانشجویی Student Presentation (English Subtitles)

هستی‌شناسی (Ontology) و شناسایی مسیرهای مولکولی Ontology and Identification of Molecular Pathways

• هستی‌شناسی و هستی‌شناسی ژن (Gene Ontology) Ontology and Gene Ontology

• پایگاه داده مسیرهای KEGG KEGG Pathway Database

• حاشیه‌نویسی در هستی‌شناسی ژن Annotations in Gene Ontology

• شناسایی مسیرها Pathway Identification

• کاربرد: مسیرهای مولکولی مشترک در اعتیاد An Application: Common Molecular Pathways Underlying Addiction

• مقدمه‌ای کوتاه بر پایگاه داده Brief Introduction to Database (English Subtitles)

• دموی KOBAS KOBAS Demo (English Subtitles)

• ارائه دانشجویی درباره KOBAS Student presentation on KOBAS (English Subtitles)

منابع نرم‌افزاری و پایگاه داده‌های بیوانفورماتیک Bioinformatics Database and Software Resources

• مروری بر منابع Overview of Resources

• مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی (NCBI) National Center for Biotechnology Information

• مؤسسه بیوانفورماتیک اروپا (EBI) European Bioinformatics Institute

• مرورگر ژنوم UCSC UCSC Genome Browser

• منابع انفرادی Individual Resources

• بررسی منابع CBI CBI Resources Review (English Subtitles)

منشاء ژن‌های جدید Origination of New Genes

• تکامل ژن‌های جدید شناسایی شده با محاسبات ژنومیک: مفاهیم پایه و مثال‌ها New Gene Evolution Detected by Genomic Computation: Basic Concepts and Examples

• تکامل ژن‌های جدید: محرکی برای تکامل مغز انسان New Gene Evolution Detected by Genomic Computation: A Driver for Human Brain Evolution

• یک ژن de novo مختص انسان مرتبط با اعتیاد A Human-Specific de novo Gene Associated with Addiction

• منشاء ژن‌های de novo از RNAهای غیرکدکننده Origination of de novo Genes from Noncoding RNAs

• ارائه دانشجویی Student Presentation (English Subtitles)

تحلیل تکاملی عملکرد DNA متیل‌ترانسفراز Evolution function analysis of DNA methyltransferase

• از تحلیل خشک به آزمایشگاه تر، داستان تکامل (بخش اول) From Dry to Wet, an Evolutionary Story Part 1

• معرفی پیش‌زمینه پروژه توسط دکتر گانگ پِی Project background introduction by Dr. Gang Pei

• از تحلیل خشک به آزمایشگاه تر، داستان تکامل (بخش دوم) From Dry to Wet, an Evolutionary Story Part 2

• گفتگو با دکتر گانگ پِی Talk with Dr. Gang Pei (English Subtitles)

• ارائه دانشجویی Student Presentation (English Subtitles)

امتحان نهایی Final Exam