آموزش بیوانفورماتیک عملی I

سرفصل ها و درس ها

مقدمه ای کوتاه بر داده های زیستی Brief Introduction to Biological Data

• معرفی مختصر DNA، RNA و پروتئین Brief introduction to DNA, RNA, and Protein

• معرفی دوره Introduction to the course

توالی سانگر Sanger Sequencing

• روش توالی سنگر The Sanger Sequencing Method

• مشکلات فنی و علل Technical Troubles and Causes

• فایل های Trace را با استفاده از Teal تجسم کنید Visualize Trace Files using Teal

• تجسم فایل‌های Trace با استفاده از Teal (2) Visualize Trace Files using Teal (2)

• فایل های Trace را با استفاده از MEGA ویرایش کنید Edit Trace Files using MEGA

• فایل‌های Trace را با استفاده از Finch TV ویرایش کنید Edit Trace Files using Finch TV

• نرم افزار ویرایشگر توالی و ردیابی Sanger Sanger sequencing and trace editor software

توالی با توان بالا High-throughput Sequencing

• پلتفرم های توالی تورنت ایلومینا و یون Illumina and Ion Torrent Sequencing Platforms

• پلتفرم‌های توالی‌یابی Pacific Biosciences و Nanopore Pacific Biosciences and Nanopore sequencing platforms

• استفاده از توالی یابی با توان بالا در ژنومیک و اپی ژنومیک Use of High-Throughput Sequencing in Genomics and Epigenomics

• استفاده از توالی یابی با توان بالا در ترانسکریپتومیکس، متاژنومیکس و سرطان Use of High-Throughput Sequencing in Transcriptomics, Metagenomics, and Cancer

• کاوش در روش های توالی یابی با توان بالا Exploring High-Throughput Sequencing Methods

فایل ها Files

• FASTQ FASTQ

• FASTA و GenBank FASTA and GenBank

• GFF/GTF و BED GFF/GTF and BED

• SAM/BAM SAM/BAM

• VCF/BCF VCF/BCF

استخراج کردن Extract

• استخراج مناطق از یک دنباله Extract Regions from a Sequence

• دنباله را از FASTA با گزینه های پیشرفته استخراج کنید Extract Subsequence from FASTA with Advanced Options

• پنجره Sequence را از FASTA استخراج کنید Extract Sequence Window from FASTA

• استخراج کروموزوم(ها) از ژنوم Extract Chromosome(s) from Genome

• ژن، mRNA و CDS را از ژنوم استخراج کنید Extract Gene, mRNA, and CDS from Genome

• استخراج ویژگی های ژنومی با گزینه های پیشرفته Extract Genomic Features with Advanced Options

• ویژگی های ژنومی، ترجمه ها و جدول خلاصه را استخراج کنید Extract Genomic Features, Translations, and Summary Table

• تراز کردن دنباله ها با استفاده از BLAST Align Sequences using BLAST

• توالی ها را با استفاده از ID یا BED استخراج کنید Extract Sequences using IDs or BED

• استخراج مناطق از یک تراز توالی Extract Regions from a Sequence Alignment

• استخراج ویژگی ها از GFF/GTF Extract Features from GFF/GTF

• توالی ها را از FASTA با استفاده از فایل BED/GFF/VCF استخراج می کند. Extracts Sequences from FASTA using BED/GFF/VCF file.

• فواصل طرفین را با استفاده از فایل BED/GFF/VCF استخراج کنید. Extract Flanking Intervals using BED/GFF/VCF file.

• فواصل تکمیلی را با استفاده از فایل BED/GFF/VCF استخراج کنید. Extract Complementing Intervals using BED/GFF/VCF file.

• ارزیابی کیفیت و نقشه برداری از فایل های FASTQ Quality Assessment and Mapping of FASTQ files

• فیلتر کردن، مرتب سازی و خلاصه سازی فایل BAM | استخراج نقشه‌های خوانده شده در FASTA Filtering, Sorting and Summarizing of BAM file | Extract Mapped Reads in FASTA

• فراخوانی و فیلتراسیون Variant Calling and filtration

• عادی سازی متغیر نامیده شده و دنباله اجماع استخراج می شود Normalization of Called Variant and Extract Consensus Sequence

• فیلدها را از فایل های VCF یا BCF استخراج کنید Extract Fields from VCF or BCF Files

تبدیل Convert

• خواندن و نوشتن فایل های دنباله ای. Read and Write Sequence Files.

• جفت ها را از Alignments بخوانید و بنویسید Read and Write Pairs from Alignments

• FASTA را به Tabular و بالعکس تبدیل کنید Convert FASTA to Tabular and Vice Versa

• BAM را به BED تبدیل کنید Convert BAM to BED

• BAM را به FASTQ تبدیل کنید Convert BAM to FASTQ

شکاف Split

• توالی (ها) را به دنباله های کوچکتر تقسیم کنید Split Sequence(s) into Smaller Sequences

• FASTA را به دنباله ها یا کدون های کوچکتر تقسیم کنید Split FASTA into Smaller Sequences or Codons

• FASTA را به دنباله ها یا قطعات کوچکتر تقسیم کنید Split FASTA into Smaller Sequences or Parts

• تقسیم دنباله بر اساس N حرف(های) Split Sequence Based on N Letter(s)

ادغام Merge

• چندین توالی را به یک دنباله متصل کنید Concatenate Multiple Sequences into a Single Sequence

• ادغام دو فایل FASTA/FASTQ. Merge Two FASTA/FASTQ Files.

• ویژگی های همپوشانی را ترکیب کنید Combine Overlapping Features

• ادغام چند فایل تراز مرتب شده Merge Multiple Sorted Alignment Files

• ادغام چندین فایل VCF/BCF Merge Multiple VCF/BCF Files

برداشتن Remove

• Poly-A Tails را از Sequences حذف کنید Remove Poly-A Tails from Sequences

• توالی های اضافی را حذف کنید Remove Redundant Sequences

• حذف قطعات بردار از دنباله(های) Remove Vectors Parts from Sequence(s)

• آداپتورها را از FASTA/FASTQ حذف کنید Remove Adapters from FASTA/FASTQ

• پایه های با کیفیت پایین را از FASTA/FASTQ حذف کنید Remove Low-Quality Bases from FASTA/FASTQ

• فواصل همپوشانی را از BED/GFF/VCF کم کنید Subtract Overlapping Intervals from BED/GFF/VCF