🔔 با توجه به بهبود نسبی اینترنت، آمادهسازی دورهها آغاز شده است. به دلیل تداوم برخی اختلالات، بارگذاری دورهها ممکن است با کمی تأخیر انجام شود. مدت اشتراکهای تهیهشده محفوظ است.
لطفا جهت اطلاع از آخرین دوره ها و اخبار سایت در
کانال تلگرام
عضو شوید.
آموزش بیوانفورماتیک کاربردی I
- آخرین آپدیت
دانلود Practical Bioinformatics I
نکته:
ممکن هست محتوای این صفحه بروز نباشد ولی دانلود دوره آخرین آپدیت می باشد.
نمونه ویدیوها:
توضیحات دوره:
دستکاری دادههای زیستی (Bioinformatics Data Manipulation)
آموزش جامع متد سکوئنسینگ سنگر و کار با فایلهای Trace
با یادگیری متد سکوئنسینگ سنگر، فایلهای Trace و نحوه کار با آنها، دنیای بیوانفورماتیک را کشف کنید.
این بخش به شرح کامل متد سنگر، فایلهای خروجی آن، مشکلات رایج و علل آنها میپردازد.
یک کاربرد عملی برای باز کردن و دستکاری فایلهای سکوئنسینگ سنگر با استفاده از سه برنامه مختلف ارائه میشود.
پلتفرمهای سکوئنسینگ نسل بعدی (High-throughput Sequencing) و کاربردهای آنها
با پلتفرمهای رایج سکوئنسینگ نسل بعدی مانند Illumina، Ion Torrent، Pacific Biosciences و Oxford Nanopore آشنا شوید.
کاربردها و روشهای متنوع سکوئنسینگ با توان بالا در تحقیقات جدید علوم زیستی را بیاموزید.
فایلهای بیوانفورماتیک: توالی، ویژگیها، همترازیها و تغییرات ژنتیکی
با مهمترین فایلهای بیوانفورماتیک آشنا شوید که حاوی توالی، همترازیها، تغییرات و حاشیهنویسیها هستند.
فرمتهای رایج مانند FASTQ، FASTA، Genbank، GTF/GFF3، BED، SAM/BAM و BCF/VCF را بشناسید.
استخراج، تبدیل، تقسیم، ادغام و حذف دادههای زیستی با بیش از 40 ابزار بیوانفورماتیک
توانایی استخراج، تبدیل، تقسیم، ادغام و حذف توالیها، ویژگیها، همترازیها و تغییرات ژنتیکی را با استفاده از بیش از 40 برنامه بیوانفورماتیک کسب کنید.
پارامترهای مهم برنامههای بیوانفورماتیک را فرا گرفته و در پروژههای تحقیقاتی خود به کار ببرید.
استفاده از بیش از 20 برنامه بیوانفورماتیک بدون نیاز به توضیح پارامترها برای تسریع فرآیندها.
کاربرد عملی دادههای زیستی در تحقیقات مختلف (بیش از 30 مقاله مرجع)
با روشهای مختلف استفاده از دادههای زیستی در تحقیقات متنوع آشنا شوید و از بیش از 30 مقاله مرجع الهام بگیرید.
نحوه استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک
آشنایی با بستههای نرمافزاری محبوب، رایگان و آنلاین مانند Sequence Manipulation Suite 2، EMBOSS و پلتفرم Galaxy.
کاربرد ابزارهای کلیدی در پلتفرم Galaxy مانند Seqtk، Bedtools، Samtools و Bcftools.
مزایای دوره:
درک دقیق فایلهای بیوانفورماتیک، اجزا و خروجیهای آنها.
گسترش افق دید در کاربردهای بیوانفورماتیک.
کاربردهای عملی بر روی اسیدهای نوکلئیک.
استفاده از برنامههای محبوب، رایگان و آنلاین یا نرمافزارهای قابل نصب بر روی تمامی سیستمعاملها.
پیشنیازها:
دسترسی به اینترنت و یک مرورگر وب.
نکته:
این دوره شامل بسیاری از برنامهها است؛ برخی به طور مفصل توضیح داده شدهاند و برخی دیگر برای درک بهتر مثالها به کار رفتهاند.
بخش آزمونها (Quizzes) در حال تکمیل است.
سرفصل ها و درس ها
مقدمهای بر دادههای زیستی
Brief Introduction to Biological Data
مقدمه ای بر DNA، RNA و پروتئین
Brief introduction to DNA, RNA, and Protein
معرفی دوره
Introduction to the course
سیکوئنسینگ سنگر
Sanger Sequencing
روش سکانسینگ سنگر
The Sanger Sequencing Method
اشکالات فنی و علل آنها
Technical Troubles and Causes
مصورسازی فایلهای Trace با استفاده از Teal
Visualize Trace Files using Teal
مصورسازی فایلهای Trace با استفاده از Teal (2)
Visualize Trace Files using Teal (2)
ویرایش فایلهای Trace با استفاده از MEGA
Edit Trace Files using MEGA
ویرایش فایلهای Trace با استفاده از Finch TV
Edit Trace Files using Finch TV
نرمافزار ویرایشگر سکانسینگ سنگر و Trace
Sanger sequencing and trace editor software
سیکوئنسینگ با توان بالا
High-throughput Sequencing
پلتفرمهای سکانسینگ Illumina و Ion Torrent
Illumina and Ion Torrent Sequencing Platforms
پلتفرمهای سکانسینگ Pacific Biosciences و Nanopore
Pacific Biosciences and Nanopore sequencing platforms
کاربرد سکانسینگ با توان بالا در ژنومیک و اپیژنومیک
Use of High-Throughput Sequencing in Genomics and Epigenomics
کاربرد سکانسینگ با توان بالا در ترانسکریپتومیکس، متاژنومیکس و سرطان
Use of High-Throughput Sequencing in Transcriptomics, Metagenomics, and Cancer
بررسی روشهای سکانسینگ با توان بالا
Exploring High-Throughput Sequencing Methods
فایلها
Files
FASTQ
FASTQ
FASTA و GenBank
FASTA and GenBank
GFF/GTF و BED
GFF/GTF and BED
SAM/BAM
SAM/BAM
VCF/BCF
VCF/BCF
استخراج
Extract
استخراج نواحی از یک توالی
Extract Regions from a Sequence
استخراج زیر توالی از FASTA با گزینههای پیشرفته
Extract Subsequence from FASTA with Advanced Options
استخراج پنجره توالی از FASTA
Extract Sequence Window from FASTA
استخراج کروموزومها از ژنوم
Extract Chromosome(s) from Genome
استخراج ژن، mRNA و CDS از ژنوم
Extract Gene, mRNA, and CDS from Genome
استخراج ویژگیهای ژنومی با گزینههای پیشرفته
Extract Genomic Features with Advanced Options
استخراج ویژگیهای ژنومی، ترجمهها و جدول خلاصه
Extract Genomic Features, Translations, and Summary Table
همتراز کردن توالیها با BLAST
Align Sequences using BLAST
استخراج توالیها با استفاده از شناسه یا BED
Extract Sequences using IDs or BED
استخراج نواحی از همترازی توالیها
Extract Regions from a Sequence Alignment
استخراج ویژگیها از GFF/GTF
Extract Features from GFF/GTF
استخراج توالیها از FASTA با استفاده از فایل BED/GFF/VCF
Extracts Sequences from FASTA using BED/GFF/VCF file.
استخراج فواصل مجاور با استفاده از فایل BED/GFF/VCF
Extract Flanking Intervals using BED/GFF/VCF file.
استخراج فواصل مکمل با استفاده از فایل BED/GFF/VCF
Extract Complementing Intervals using BED/GFF/VCF file.
ارزیابی کیفیت و نقشهبرداری فایلهای FASTQ
Quality Assessment and Mapping of FASTQ files
فیلتر کردن، مرتبسازی و خلاصهسازی فایل BAM | استخراج خواندههای نقشهبرداری شده در FASTA
Filtering, Sorting and Summarizing of BAM file | Extract Mapped Reads in FASTA
فراخوانی و فیلتر کردن واریانت
Variant Calling and filtration
نرمالسازی واریانت فراخوانی شده و استخراج توالی اجماع
Normalization of Called Variant and Extract Consensus Sequence
استخراج فیلدها از فایلهای VCF یا BCF
Extract Fields from VCF or BCF Files
تبدیل
Convert
خواندن و نوشتن فایلهای توالی
Read and Write Sequence Files.
خواندن و نوشتن جفتها از همترازیها
Read and Write Pairs from Alignments
تبدیل FASTA به جدولی و بالعکس
Convert FASTA to Tabular and Vice Versa
تبدیل BAM به BED
Convert BAM to BED
تبدیل BAM به FASTQ
Convert BAM to FASTQ
تقسیم
Split
تقسیم توالی(ها) به توالیهای کوچکتر
Split Sequence(s) into Smaller Sequences
تقسیم FASTA به توالیهای کوچکتر یا کدونها
Split FASTA into Smaller Sequences or Codons
تقسیم FASTA به توالیهای کوچکتر یا بخشها
Split FASTA into Smaller Sequences or Parts
تقسیم توالی بر اساس حرف N
Split Sequence Based on N Letter(s)
ادغام
Merge
الحاق چندین توالی به یک توالی واحد
Concatenate Multiple Sequences into a Single Sequence
ادغام دو فایل FASTA/FASTQ
Merge Two FASTA/FASTQ Files.
ترکیب ویژگیهای همپوشان
Combine Overlapping Features
Ahmed Karam, MSc
نمایش نظرات