آموزش آنالیز بیان افتراقی ژن - راهنمای جامع صفر تا صد - آخرین آپدیت

سرفصل ها و درس ها

مقدمه‌ای بر دوره Introduction to the course

معرفی دوره Introduction to the course

• به دوره خوش آمدید! Welcome to the course!

• به دوره خوش آمدید! Welcome to the course!

• ساختار، اهداف و مقاصد دوره Course structure, aims and objectives

• ساختار دوره، اهداف و اهداف Course structure, aims and objectives

• اولین چالش بیوانفورماتیک شما! Your first bioinformatic challenge!

• اولین چالش بیوانفورماتیک شما! Your first bioinformatic challenge!

• فایل آزمون ۱ - توضیحی Quiz 1 file - an explanation

• فایل مسابقه 1 - توضیح Quiz 1 file - an explanation

• این سکانس چیست؟ What is this sequence?

• این توالی چیست؟ What is this sequence?

• گام به گام آزمون ۱ - انجام جستجوی BLAST Quiz 1 walkthrough - undertaking a BLAST search

• آزمون 1 راهنما - انجام جستجوی BLAST Quiz 1 walkthrough - undertaking a BLAST search

زیست‌شناسی برای تحلیل بیان ژن افتراقی Biology for differential gene expression analysis

زیست شناسی برای تجزیه و تحلیل بیان ژن دیفرانسیل Biology for differential gene expression analysis

• زیست شناسی برای تجزیه و تحلیل بیان ژن دیفرانسیل - مقدمه Biology for differential gene expression analysis - introduction

• زیست‌شناسی برای تحلیل بیان ژن افتراقی - مقدمه Biology for differential gene expression analysis - introduction

• این چیزی که به آن بیوانفورماتیک می گویند چیست؟ What is this thing called bioinformatics?

• این چیزی که بیوانفورماتیک نامیده می‌شود، چیست؟ What is this thing called bioinformatics?

• این چیزی است که به نام بیوانفورماتیک - مسابقه What is this thing called bioinformatics - quiz

• این چیزی که بیوانفورماتیک نامیده می‌شود - آزمون What is this thing called bioinformatics - quiz

• مروری بر بیان ژن Overview of gene expression

• مروری بر بیان ژن Overview of gene expression

• ترجمه کد ژنتیکی - نظریه Translation of genetic code - theory

• ترجمه کد ژنتیکی - نظریه Translation of genetic code - theory

• ترجمه کد ژنتیکی - عملی Translation of genetic code - practice

• ترجمه کد ژنتیکی - تمرین Translation of genetic code - practice

• ترجمه چارچوب خواندن (ORF) را باز کنید Open Reading Frame (ORF) translation

• ترجمه چارچوب خوانش باز (ORF) Open Reading Frame (ORF) translation

• گام به گام ترجمه چارچوب خوانش باز Open Reading Frame translation walk-through

• راهنما ترجمه Reading Frame را باز کنید Open Reading Frame translation walk-through

• آیا کد ژنتیکی زائد است؟ Is genetic code redundant?

• آیا کد ژنتیکی تکراری است؟ Is genetic code redundant?

• ساختار ژن و پیوند Gene structure and splicing

• ساختار ژن و پیرایش Gene structure and splicing

• تغییرات mRNA mRNA modifications

• تغییرات mRNA mRNA modifications

• زیست شناسی برای تجزیه و تحلیل بیان ژن دیفرانسیل - خلاصه بخش Biology for differential gene expression analysis - section summary

• زیست‌شناسی برای تحلیل بیان ژن افتراقی - خلاصه بخش Biology for differential gene expression analysis - section summary

توالی‌یابی، PCR و میکروآرایه‌ها - مبانی فنی Sequencing, PCR and microarrays - technical foundation

توالی یابی، PCR و ریزآرایه ها - پایه فنی Sequencing, PCR and microarrays - technical foundation

• تکنیک‌های آزمایشگاهی برای تحلیل بیان ژن افتراقی - مقدمه Lab techniques for differential gene expression analysis - intro

• تکنیک های آزمایشگاهی برای تجزیه و تحلیل بیان ژن دیفرانسیل - مقدمه Lab techniques for differential gene expression analysis - intro

• ترتیب دهی Sequencing

• توالی‌یابی Sequencing

• PCR PCR

• PCR PCR

• توالی‌یابی سنگر Sanger sequencing

• توالی سانگر Sanger sequencing

• توالی یابی نسل بعدی Next generation sequencing

• توالی‌یابی نسل بعدی Next generation sequencing

• تکنیک های آزمایشگاهی برای بیان ژن افتراقی Lab techniques for differential gene expression

• تکنیک‌های آزمایشگاهی برای بیان ژن افتراقی Lab techniques for differential gene expression

• ریزآرایه ها Microarrays

• میکروآرایه‌ها Microarrays

• تکنیک‌های آزمایشگاهی برای تحلیل بیان ژن افتراقی - خلاصه بخش Lab techniques for differential gene expression analysis - section summary

• تکنیک های آزمایشگاهی برای تجزیه و تحلیل بیان ژن دیفرانسیل - خلاصه بخش Lab techniques for differential gene expression analysis - section summary

مبانی تجربی، آماری و تحلیلی به علاوه PCR کمی Experimental, statistical and analytical foundation plus quantitative PCR

پایه تجربی، آماری و تحلیلی به همراه PCR کمی Experimental, statistical and analytical foundation plus quantitative PCR

• اولین چیزها - نصب RStudio First things first - RStudio installation

• اول از همه - نصب RStudio First things first - RStudio installation

• بیان ژن افتراقی - اصول اولیه Differential gene expression - fundamentals

• بیان ژن دیفرانسیل - مبانی Differential gene expression - fundamentals

• آماده‌سازی نمونه برای تحلیل بیان ژن افتراقی Sample preparation for differential gene expression analysis

• آماده سازی نمونه برای تجزیه و تحلیل بیان ژن دیفرانسیل Sample preparation for differential gene expression analysis

• اندازه گیری بیان ژن با qPCR Measuring gene expression with qPCR

• اندازه‌گیری بیان ژن با qPCR Measuring gene expression with qPCR

• کمیت qPCR بیان ژن qPCR quantification of gene expression

• کمی‌سازی بیان ژن با qPCR qPCR quantification of gene expression

• مسابقه qPCR - قسمت 1 - مقدمه qPCR quiz - part 1 - intro

• آزمون qPCR - بخش ۱ - مقدمه qPCR quiz - part 1 - intro

• آیا بیان این مهارکننده تومور تحت تاثیر این دارو است؟ - بخش ۱ Is the expression of this tumour suppressor affected by this drug? - Part 1

• آیا بیان این سرکوبگر تومور تحت تأثیر این دارو است؟ - قسمت 1 Is the expression of this tumour suppressor affected by this drug? - Part 1

• راهنمای آزمون qPCR - قسمت 1 qPCR quiz walkthrough - part 1

• گام به گام آزمون qPCR - بخش ۱ qPCR quiz walkthrough - part 1

• ملاحظات تجربی برای بیان ژن افتراقی Experimental considerations for differential gene expression

• ملاحظات تجربی برای بیان ژن افتراقی Experimental considerations for differential gene expression

• ملاحظات آماری برای بیان ژن افتراقی Statistical considerations for differential gene expression

• ملاحظات آماری برای بیان ژن افتراقی Statistical considerations for differential gene expression

• تحلیل qPCR با صفحه گسترده: حفظ تنوع بیان Spreadsheet qPCR analysis: preserving variability of expression

• تجزیه و تحلیل qPCR صفحه گسترده: حفظ تنوع بیان Spreadsheet qPCR analysis: preserving variability of expression

• تحلیل داده در RStudio Data analysis in RStudio

• تجزیه و تحلیل داده ها در RStudio Data analysis in RStudio

• آماده شدن برای مسابقه بعدی شما: منسوخ شدن بسته داده و توابع Getting ready for your next quiz: dat package deprecation and functions

• آماده شدن برای آزمون بعدی شما: منسوخ شدن بسته dat و توابع Getting ready for your next quiz: dat package deprecation and functions

• آیا بیان این سرکوبگر تومور تحت تأثیر این دارو است؟ - قسمت 2 - Q1 Is the expression of this tumour suppressor affected by this drug? - Part 2 - Q1

• آیا بیان این مهارکننده تومور تحت تاثیر این دارو است؟ - بخش ۲ - سوال ۱ Is the expression of this tumour suppressor affected by this drug? - Part 2 - Q1

• آیا بیان این سرکوبگر تومور تحت تأثیر این دارو است؟ - قسمت 2 - Q1 Is the expression of this tumour suppressor affected by this drug? - Part 2 - Q1

• آیا بیان این مهارکننده تومور تحت تاثیر این دارو است؟ - بخش ۲ - سوال ۱ Is the expression of this tumour suppressor affected by this drug? - Part 2 - Q1

• قسمت 2 - Q1 Walkthrough Part 2 - Q1 Walkthrough

• بخش ۲ - گام به گام سوال ۱ Part 2 - Q1 Walkthrough

• آیا بیان این سرکوبگر تومور تحت تأثیر این دارو است؟ - قسمت 2 - Q2 Is the expression of this tumour suppressor affected by this drug? - Part 2 - Q2

• آیا بیان این مهارکننده تومور تحت تاثیر این دارو است؟ - بخش ۲ - سوال ۲ Is the expression of this tumour suppressor affected by this drug? - Part 2 - Q2

• آیا بیان این مهارکننده تومور تحت تاثیر این دارو است؟ - بخش ۲ - سوال ۲ Is the expression of this tumour suppressor affected by this drug? - Part 2 - Q2

• آیا بیان این سرکوبگر تومور تحت تأثیر این دارو است؟ - قسمت 2 - Q2 Is the expression of this tumour suppressor affected by this drug? - Part 2 - Q2

• بخش ۲ - گام به گام سوال ۲ Part 2 - Q2 walkthrough

• قسمت 2 - بررسی Q2 Part 2 - Q2 walkthrough

• آیا بیان این سرکوبگر تومور تحت تأثیر این دارو است؟ - قسمت 2 - Q3 Is the expression of this tumour suppressor affected by this drug? - Part 2 - Q3

• آیا بیان این مهارکننده تومور تحت تاثیر این دارو است؟ - بخش ۲ - سوال ۳ Is the expression of this tumour suppressor affected by this drug? - Part 2 - Q3

• آیا بیان این سرکوبگر تومور تحت تأثیر این دارو است؟ - قسمت 2 - Q3 Is the expression of this tumour suppressor affected by this drug? - Part 2 - Q3

• آیا بیان این مهارکننده تومور تحت تاثیر این دارو است؟ - بخش ۲ - سوال ۳ Is the expression of this tumour suppressor affected by this drug? - Part 2 - Q3

• قسمت 2 - بررسی Q3 Part 2 - Q3 walkthrough

• بخش ۲ - گام به گام سوال ۳ Part 2 - Q3 walkthrough

• آیا بیان این سرکوبگر تومور تحت تأثیر این دارو است؟ - قسمت 2 - Q4 Is the expression of this tumour suppressor affected by this drug? - Part 2 - Q4

• آیا بیان این مهارکننده تومور تحت تاثیر این دارو است؟ - بخش ۲ - سوال ۴ Is the expression of this tumour suppressor affected by this drug? - Part 2 - Q4

• آیا بیان این سرکوبگر تومور تحت تأثیر این دارو است؟ - قسمت 2 - Q3 Is the expression of this tumour suppressor affected by this drug? - Part 2 - Q3

• آیا بیان این مهارکننده تومور تحت تاثیر این دارو است؟ - بخش ۲ - سوال ۳ Is the expression of this tumour suppressor affected by this drug? - Part 2 - Q3

• قسمت 2 - بررسی Q4 Part 2 - Q4 walkthrough

• بخش ۲ - گام به گام سوال ۴ Part 2 - Q4 walkthrough

نگاهی عمیق به RNAseq و روش‌های تحلیل A deep dive into RNAseq and analysis methods

غواصی عمیق در RNAseq و روش های تجزیه و تحلیل A deep dive into RNAseq and analysis methods

• مقدمه‌ای بر RNAseq Intro to RNAseq

• مقدمه ای بر RNAseq Intro to RNAseq

• مزایای تحلیلی RNAseq و مروری بر خط لوله تجزیه و تحلیل RNAseq Analytical advantages of RNAseq and overview of RNAseq analysis pipeline

• مزایای تحلیلی RNAseq و مروری بر پایپ‌لاین تحلیل RNAseq Analytical advantages of RNAseq and overview of RNAseq analysis pipeline

• آزمون‌های سریع RNAseq RNAseq quick quizzes

• آزمون های سریع RNAseq RNAseq quick quizzes

• پایپ‌لاین تحلیل RNAseq RNAseq analysis pipeline

• خط لوله تجزیه و تحلیل RNAseq RNAseq analysis pipeline

• FastQC: ارزیابی کیفیت کتابخانه توالی‌یابی FastQC: assessing the quality of sequencing library

• FastQC: ارزیابی کیفیت کتابخانه توالی یابی FastQC: assessing the quality of sequencing library

• تمرین FastQC شما Your FastQC exercise

• تمرین FastQC شما Your FastQC exercise

• آیا باید این کتابخانه خوانش‌ها را برش دهم؟ Should I trim this library of reads?

• آیا باید این کتابخانه مطالب را کوتاه کنم؟ Should I trim this library of reads?

• گام به گام تمرین FastQC FastQC exercise walkthrough

• مرحله تمرین FastQC FastQC exercise walkthrough

• هم‌ترازی (TUXEDO) Alignment (TUXEDO)

• تراز (TUXEDO) Alignment (TUXEDO)

• تراز (Rsubread) Alignment (Rsubread)

• هم‌ترازی (Rsubread) Alignment (Rsubread)

• آزمون هم‌ترازی Rsubread Rsubread alignment quiz

• مسابقه هم ترازی Rsubread Rsubread alignment quiz

• هم‌ترازی Rsubread: معیارهای هم‌ترازی سخت‌گیرانه در برابر کمتر سخت‌گیرانه Rsubread alignment: stringent vs. less stringent alignment criteria

• هم ترازی Rsubread: معیارهای تراز سختگیرانه در برابر کمتر Rsubread alignment: stringent vs. less stringent alignment criteria

• آزمون هم‌ترازی سخت‌گیرانه و کمتر سخت‌گیرانه Strict and less strict alignment quiz

• مسابقه هم ترازی سخت و کمتر سخت گیرانه Strict and less strict alignment quiz

• گام به گام هم‌ترازی سخت‌گیرانه و کمتر سخت‌گیرانه Strict and less strict alignment walkthrough

• بررسی تراز دقیق و کمتر دقیق Strict and less strict alignment walkthrough

• بررسی دقیق و کمتر سخت گیرانه آزمون تراز Strict and less strict alignment quiz walkthrough

• گام به گام آزمون هم‌ترازی سخت‌گیرانه و کمتر سخت‌گیرانه Strict and less strict alignment quiz walkthrough

• مونتاژ رونوشت (TUXEDO) Transcriptome assembly (TUXEDO)

• سرهم‌بندی ترانسکریپتوم (TUXEDO) Transcriptome assembly (TUXEDO)

• نصب Cuff-apps از جعبه‌ابزار TUXEDO Installing Cuff-apps from TUXEDO toolkit

• نصب برنامه های کاف از جعبه ابزار TUXEDO Installing Cuff-apps from TUXEDO toolkit

• مقایسه حاشیه‌نویسی‌های ژنوم با Cuffcompare Comparing genome annotations with Cuffcompare

• مقایسه حاشیه نویسی ژنوم با Cuffcompare Comparing genome annotations with Cuffcompare

• مسابقه حاشیه نویسی ژنوم مقایسه کنید Cuffcompare genome annotation quiz

• آزمون حاشیه‌نویسی ژنوم Cuffcompare Cuffcompare genome annotation quiz

• مقدمه آزمون مقایسه کاف Cuffcompare quiz walkthrough

• گام به گام آزمون Cuffcompare Cuffcompare quiz walkthrough

• تعداد خواندن و FPKM/RPKM Read counts and FPKM/RPKM

• تعداد خوانش‌ها و FPKM/RPKM Read counts and FPKM/RPKM

• آزمون FPKM FPKM quiz

• مسابقه FPKM FPKM quiz

• شمارش خوانش (TUXEDO) Read counting (TUXEDO)

• شمارش خواندن (TUXEDO) Read counting (TUXEDO)

• تعداد خوانده شده (Rsubread) Read counts (Rsubread)

• تعداد خوانش‌ها (Rsubread) Read counts (Rsubread)

• عادی سازی RPKM (R) RPKM normalization (R)

• نرمال‌سازی RPKM (R) RPKM normalization (R)

• تعداد خوانده شده را به RPKM تبدیل کنید Convert read counts to RPKMs

• تبدیل تعداد خوانش‌ها به RPKM Convert read counts to RPKMs

• تبدیل تعداد خواندن به RPKM - مسابقه Convert read counts to RPKMs - quiz

• تبدیل تعداد خوانش‌ها به RPKM - آزمون Convert read counts to RPKMs - quiz

• آزمون ۱۸ - گام به گام کد برای دریافت پاسخ‌ها Quiz 18 - Code to get the answers walkthrough

• مسابقه 18 - کد برای دریافت پاسخ های اولیه Quiz 18 - Code to get the answers walkthrough

• بیان ژن افتراقی (TUXEDO) Differential gene expression (TUXEDO)

• بیان ژن افتراقی (TUXEDO) Differential gene expression (TUXEDO)

• مدل های خطی عمومی (GLMs) برای تجزیه و تحلیل بیان ژن دیفرانسیل - بخش 1 General Linear Models (GLMs) for differential gene expression analysis - part 1

• مدل‌های خطی عمومی (GLMs) برای تحلیل بیان ژن افتراقی - بخش ۱ General Linear Models (GLMs) for differential gene expression analysis - part 1

• GLM ها برای تجزیه و تحلیل بیان ژن دیفرانسیل - بخش 2 GLMs for differential gene expression analysis - part 2

• مدل‌های خطی عمومی (GLMs) برای تحلیل بیان ژن افتراقی - بخش ۲ GLMs for differential gene expression analysis - part 2

• GLMs برای تجزیه و تحلیل بیان ژن دیفرانسیل - بخش 3 GLMs for differential gene expression analysis - part 3

• مدل‌های خطی عمومی (GLMs) برای تحلیل بیان ژن افتراقی - بخش ۳ GLMs for differential gene expression analysis - part 3

• مدل‌های خطی عمومی (GLMs) برای تحلیل بیان ژن افتراقی - بخش ۴ GLMs for differential gene expression analysis - part 4

• GLMs برای تجزیه و تحلیل بیان ژن دیفرانسیل - قسمت 4 GLMs for differential gene expression analysis - part 4

• آزمون GLMs GLMs quiz

• آزمون GLMs GLMs quiz

• طراحی ماتریس برای GLM ها Design matrices for GLMs

• ماتریس‌های طراحی برای GLMs Design matrices for GLMs

• پردازش بیشتر تعداد خوانش برای تحلیل بیان افتراقی Further read count processing for differential expression analysis

• پردازش تعداد خواندن بیشتر برای تجزیه و تحلیل بیان دیفرانسیل Further read count processing for differential expression analysis

• بیان افتراقی (GLM در R): limma، edgeR Differential expression (R's GLM): limma, edgeR

• بیان دیفرانسیل (R's GLM): limma، edgeR Differential expression (R's GLM): limma, edgeR

• بیان افتراقی: تاثیر فیلتر کردن و نرمال‌سازی Differential expression: impact of filtering & normalization

• بیان دیفرانسیل: تأثیر فیلتر کردن و عادی سازی Differential expression: impact of filtering & normalization

• آزمون بیان افتراقی Differential expression quiz

• مسابقه بیان دیفرانسیل Differential expression quiz

• گام به گام آزمون بیان افتراقی Differential expression quiz walkthrough

• آزمون بیان دیفرانسیل Differential expression quiz walkthrough

• بیان دیفرانسیل: RankProd Differential expression: RankProd

• بیان افتراقی: RankProd Differential expression: RankProd

• بیان افتراقی با RankProd در R Differential expression with RankProd in R

• بیان دیفرانسیل با RankProd در R Differential expression with RankProd in R

• آزمون RankProd RankProd Quiz

• مسابقه RankProd RankProd Quiz

• گام به گام آزمون RankProd RankProd Quiz walkthrough

• بررسی RankProd Quiz RankProd Quiz walkthrough

تحلیل مسیر برای تولید فرضیه Pathway analysis for hypothesis generation

تحلیل مسیر برای تولید فرضیه Pathway analysis for hypothesis generation

• تحلیل مسیر - رویکردهای ORA + GSEA Pathway analysis - ORA + GSEA approaches

• تحلیل مسیر - رویکردهای ORA + GSEA Pathway analysis - ORA + GSEA approaches

• تحلیل مسیر مبتنی بر ORA - عملی Hands on ORA-based pathway analysis

• دست در تجزیه و تحلیل مسیر مبتنی بر ORA Hands on ORA-based pathway analysis

• آزمون ORA ORA Quiz

• آزمون ORA ORA Quiz

• تحلیل مسیر مبتنی بر GSEA - عملی Hands on GSEA-based pathway analysis

• دست در تجزیه و تحلیل مسیر مبتنی بر GSEA Hands on GSEA-based pathway analysis

• آزمون GSEA GSEA Quiz

• آزمون GSEA GSEA Quiz

• استفاده از تحلیل مسیر در مطالعات بدون فرضیه Using pathway analysis in hypothesis-free studies

• استفاده از تحلیل مسیر در مطالعات بدون فرضیه Using pathway analysis in hypothesis-free studies

بصری‌سازی بیان ژن Gene expression visualization

تجسم بیان ژن Gene expression visualization

• بصری‌سازی داده‌های بیان ژن Visualization of gene expression data

• تجسم داده های بیان ژن Visualization of gene expression data

• تحلیل نمودار ون Venn diagram analysis

• تجزیه و تحلیل نمودار ون Venn diagram analysis

• استفاده از Venny برای تجزیه و تحلیل نمودار ون - مسابقه Using Venny for venn diagram analysis - quiz

• استفاده از Venny برای تحلیل نمودار ون - آزمون Using Venny for venn diagram analysis - quiz

• یادگیری بصری‌سازی داده‌های بیان ژن در R Learn to visualize gene expression data in R

• یاد بگیرید که داده های بیان ژن را در R تجسم کنید Learn to visualize gene expression data in R

• تمرین عملی بصری‌سازی داده‌های بیان ژن Visualization of gene expression data hands on exercise

• تجسم داده های بیان ژن در تمرین Visualization of gene expression data hands on exercise

پروژه نهایی شما Your capstone project

پروژه اصلی شما Your capstone project

• پروژه Capstone Capstone project

• پروژه نهایی Capstone project

• مواد پروژه نهایی Capstone project materials

• مواد پروژه Capstone Capstone project materials

• گام به گام پروژه نهایی Capstone project walkthrough

• بررسی پروژه Capstone Capstone project walkthrough