آموزش جامع Variant Calling در NGS: دوره کاربردی بیوانفورماتیک - آخرین آپدیت

سرفصل ها و درس ها

معرفی دوره Course Introduction

• معرفی کلی دوره Introduction of Course

لینوکس پایه برای بیوانفورماتیک Basic Linux For Bioinformatics

• آشنایی با لینوکس Introduction to Linux

• راه‌اندازی محیط لینوکس در ویندوز Environment Setup On Windows

• کار با سیستم فایل‌های لینوکس Navigating The Linux File System

• دستورات پایه لینوکس برای بیوانفورماتیک Basic Linux Commands For Bioinformatics

• کار با فایل‌های متنی و پردازش داده‌ها در لینوکس Working With Text Files And Data Processing In Linux For Bioinformatics

• فشرده‌سازی و آرشیو فایل‌ها در بیوانفورماتیک File Compression And Archiving In Bioinformatics

آشنایی با Variant Calling Introduction to Variant Calling

• مقدمه‌ای بر Variant Calling در داده‌های NGS Introduction to Variant Calling in NGS Data

• درک مفاهیم Confidence در داده‌های NGS Understanding NGS Data Confidence for Variants

• گردش کار و فعالیت‌های کلیدی Variant Calling Variant Calling: Workflow and Key Activities

• درک مفاهیم بنیادی شناسایی تغییرات Understanding Basics of Variant Calling

• مبانی Variant Calling Introduction to Variant Calling

آماده‌سازی محیط تحلیل Preparing the Environment

• نصب ابزارها و آماده‌سازی محیط تحلیل Setting Up Tools and Environment for Analysis

• دانلود داده‌های عمومی NGS برای Variant Calling Downloading Public NGS Data for Variant Calling

• نصب نرم‌افزارها و آماده‌سازی داده‌ها Tool Installation and Data Preparation

• نصب ابزارها و ایجاد محیط مجازی Installing Tools and Creating Environment

پیش‌پردازش داده‌ها و تراز کردن Data Preprocessing and Alignment

• کنترل کیفیت و تریم کردن خوانش‌های خام Quality Control and Trimming of Raw Sequencing Reads

• ایندکس کردن ژنوم و تراز کردن خوانش‌ها با مرجع Genome Indexing and Aligning Reads to Reference

• تریم کردن و تراز کردن داده‌های NGS Trimming and Aligning NGS Data

• کنترل کیفیت، ایندکس ژنوم و Alignment Quality Control, Indexing Genome and Alignment

شناسایی و فیلتر کردن تغییرات با Freebayes Variant Calling and Filtering Using Freebayes

• استفاده از Samtools برای اصلاح و مرتب‌سازی فایل‌های BAM Using Samtools to Fix and Sort BAM Files

• شناسایی و فیلتر کردن تغییرات از خوانش‌های تراز شده Calling and Filtering Variants from Aligned Reads

• فرایند Calling و پردازش تغییرات Calling and Processing Variants

• اصلاح فایل‌های BAM و شناسایی و فیلتر کردن Variantها Fixing BAM Files and Calling and Filtering Variants

زبان R و محیط R Studio R and R Studio

• معرفی زبان R Introduction of R

• راه‌اندازی R و R Studio برای بیوانفورماتیک Setting Up R And R Studio For Bioinformatics

• نصب بسته‌های نرم‌افزاری در R Package Installation In R

بصری‌سازی و تفسیر تغییرات ژنتیکی Variant Visualization and Interpretation

• بصری‌سازی و تفسیر تغییرات شناسایی شده Visualizing and Interpreting Called Variants

• مشاهده و تحلیل تغییرات ژنتیکی Viewing and Interpreting Variants

• بصری‌سازی تغییرات در محیط R Visualizing Variants in R