آموزش یادگیری آمار و تحلیل داده‌های زیستی (Biostatistics) از پایه - آخرین آپدیت

سرفصل ها و درس ها

داده چیست؟ What is Data?

• به این دوره خوش آمدید Welcome to the Course

• داده چیست؟ What is Data?

• انواع مختلف داده؛ داده‌های عددی و دسته‌ای (Categorical) Different Types Data; Numeric & Categorical Data

• انواع داده‌های دسته‌ای (Categorical)؛ ترتیبی (Ordinal) و دسته‌ای ساده Types of Categorical Data; Ordinal & Simple Categorical

• داده‌های فاکتوریل (Factorial) Factorial Data

• گسسته‌سازی داده؛ تبدیل متغیر عددی به متغیر دسته‌ای Discretization of Data; Converting Numeric Variable to Categorical One

• مقدمه‌ای بر داده Introduction to Data

• چگونه داده به دست آوریم؟ (مطالعات مشاهده‌ای و تجربی) How to Get Data? (Observational and Experimental Studies)

• متغیرهای مخدوش‌کننده (Confounding Variables) Confounding Variables

• نمونه‌گیری تصادفی و تخصیص تصادفی برای جمع‌آوری داده Random Sampling and Random Assignment to Collect Data

• چگونه داده‌های نمونه را از جمعیت برای مطالعات مشاهده‌ای بدست آوریم؟ How to Get Sample Data From Population For Observational Studies?

• نمونه‌گیری تصادفی؛ استراتژی نمونه‌گیری محبوب Random Sampling; Popular Sampling Strategy

• استراتژی نمونه‌گیری طبقه‌بندی شده برای داده‌های ناهمگن توزیع شده Stratified Sampling Strategy for Data That is Heterogenous Distributed

• استراتژی‌های نمونه‌گیری خوشه‌ای و چند مرحله‌ای Cluster and Multi-Stage Sampling Strategies

• جمع‌آوری داده و استراتژی‌های نمونه‌گیری Data Collection and Sampling Strategies

• تکنیک‌های نمونه‌گیری - آزمون نسبتاً پیچیده Sampling Techniques Bit Complex Quiz

• تمرین ۱: مجموعه داده را بررسی کنید و درک خود از انواع متغیرها را آزمایش کنید Assignment 1: Explore the Dataset and Test Your Understanding of Variables Types

کار عملی با R و R-Studio (اصول اولیه کار) Hands On on R and R-Studio (Basic Working Principles)

• نصب R و R-Studio Installation of R and R-Studio

• تنظیم دایرکتوری کاری در R-Studio Setting Working Directory in R-Studio

• انواع داده‌های اساسی که R می‌تواند مدیریت کند Basic Data Types That R can Handle

• بردار (Vector)؛ ساده‌ترین شکل نوع داده در R Vector; A Simplest Form Of Data Type in R

• تمرین بردار (Vector) Practice Vector

• ماتریس (Matrix)؛ یک فرم جدولی از داده در R Matrix; A Tabular Form of Data in R

• تمرین ماتریس (Matrix) Practice Matrix

• DataFrame؛ پرکاربردترین نوع داده در R DataFrame; Most Used Data Type in R

• مبانی R و R-Studio Basics of R and R-Studio

• تمرین DataFrame Practice Data Frame

• لیست (List)؛ یک ظرف بزرگ برای نگهداری داده List; A Big Container to Hold Data

• تمرین لیست (List) Practice List

• متغیر چیست؟ قوانینی برای تنظیم نام متغیرها What is Variable? Rules to Set Variable Names

• ساختارهای داده در R Data Structures in R

• بسته و توابع R Base؛ یک ویدیوی مهم R Base Package and Functions; An Important Video

• توابع و بسته‌ها در R Functions and Packages in R

• نصب بسته‌ها Installation Packages

• معرفی مختصر Bioconductor برای داده‌های بیولوژیکی Brief Introduction of Bioconductor For Biological Data

• تمرین-۲: مهارت‌های خود را در مورد انواع داده‌ها، بسته‌ها و توابع R آزمایش کنید Assignment-2: Test Your Skills About R Data Types, Packages and Functions

آمار توصیفی Descriptive Statistics

• تعریف اساسی آمار Basic Definition of Statistics

• دو نوع اساسی آمار Two Basic Types of Statistics

• توزیع داده؛ نرمال و نامتقارن (Skewed) Distribution of Data; Normal and Skewed

• انواع مختلف نمودارها برای دیدن توزیع داده Different Types of Plots to See Distribution of Data

• عملی-۳.۱: چگونه نمودارها را در R برای دیدن توزیع داده بسازیم Practical-3.1: How to Build Plots in R to See Distribution of Data

• تمرین-۳: ساخت توزیع داده از متغیرهای عددی Assignmnet-3: Build Data Distribution of Numeric Variables

• مفهوم تمایل مرکزی و میانگین Concept of Central Tendency and Mean

• مفهوم مقدار میانه (Median) داده Concept of Median Value of Data

• مفهوم اساسی داده‌های پرت (Outliers) در داده Basic Concept of Outliers in Data

• چگونه داده‌های پرت (Outliers) را شناسایی کنیم How to Identify the Outliers

• ویژگی‌های مهم میانگین و میانه Important Properties of Mean and Median

• کجا میانگین و میانه را اعمال کنیم؛ یک مثال بالینی Where to Apply Mean and Median; A Clinical Example

• مفهوم مُد (Mode)؛ پُر تکرارترین مقدار در داده Concept of Mode; Most Frequent Value in Data

• مبانی آمار توصیفی Basics of Descriptive Statistics

• عملی-۳.۲: محاسبه میانگین، میانه و مُد در R Practical-3.2: Calculate Mean, Median and Mode In R

• تمرین میانگین Practice Mean

• تمرین میانه Practice Median

• تمرین مُد Practice Mode

• تمرین-۴: محاسبه میانگین، میانه و مُد در R توسط خودتان در R-studio Assignment-4: Calcualte Mean, Median, and Mode in R by Yourself in R-studio

• دامنه میان چارکی (IQR)؛ ایده‌ای در مورد گسترش داده بدست آورید Interquartile Range (IQR); Get an Idea about Spread of Data

• عملی-۳.۳: محاسبه IQR در R Practical-3.3: Calculation of IQR in R

• تمرین چارک (Quantile) Practice Quantile

• تمرین دامنه میان چارکی (IQR) Practice Interquartile Range (IQR)

• تمرین-۵: محاسبه چارک (Quantile) و IQR در R-studio Assignment-5: Calcualte Quantile and IQR in R-studio

• واریانس و انحراف معیار (بخش-۱) Variance and Standard Deviation (Part-1)

• عملی-۳.۴: محاسبه واریانس در R Practical-3.4: Calculation of Variance in R

• تمرین واریانس Practice Variance

• تمرین-۶: محاسبه واریانس در R-studio Assignment-6: Calculate the Variance in the R-studio

• واریانس و انحراف معیار (بخش-۲) Variance and Standard Deviation (Part-2)

• عملی-۳.۵: محاسبه انحراف معیار در R Practical-3.5: Calculation of Standard Deviation in R

• تمایل مرکزی و تغییرپذیری Central Tendency and Variability

• تمرین انحراف معیار Practice Standard Deviation

• محاسبه تمام آمارهای توصیفی برای متغیرهای عددی به طور همزمان Calculate All Descriptive Statistics For Numeric Variables At Once

• کاربردهای عملی آمار توصیفی Practical Applications of Descriptive Statistics

• تمرین-II (میانگین | میانه) Practice-II (Mean | Median)

مدیریت داده‌های دسته‌ای (Categorical) Handling the Categorical Data

• به ماژول ۴ خوش آمدید؛ مدیریت داده‌های دسته‌ای (Catagorical) Welcome to Module 4; Handling of Catagorical Data

• R ممکن است متغیرهای دسته‌ای (Categorical) را به درستی شناسایی نکند R may Not Identify Categorical Variables Properly

• عملی-۴.۱: چگونه اشتباه R در مورد متغیرهای دسته‌ای (Categorical) را اصلاح کنیم Practical-4.1: How to Rectify R Mistake Regarding Categorical Variables

• تمرین مدیریت داده Practice Data Handling

• تمرین-۷: اولین قدم در مدیریت داده‌های دسته‌ای (Categorical)؛ تصحیح اشتباه Assignment-7: 1st Step in Handling the Categorical Data; Correcting Mistake

• جدول فراوانی (Frequency Table)؛ تجزیه و تحلیل آماری اساسی از متغیرهای دسته‌ای (Categorical) Frequency Tables; Basic Statistical Analysis of Categorical Variables

• عملی-۴.۲: ساخت جدول فراوانی (Frequency Table) در R Practical-4.2: Building Frequency Tables in R

• تمرین جدول فراوانی (Frequency Table) Practice Frequency Table

• تمرین-۸: ساخت جدول فراوانی (Frequency Table) در R Assignmnet-8: Building the Frequency Table in R

• درصدها و تناسب‌ها برای درک داده‌های دسته‌ای (Categorical) Percentages & Proportions to Make Sense of Categorical Data

• عملی-۴.۳: محاسبات درصدها و تناسب‌ها در R Practical-4.3: Calculations of Percentages & Proportions in R

• تمرین تناسب Practice Proportion

• تمرین درصد Practice Percentage

• تمرین-۹: محاسبه درصدها و تناسب‌ها در R Assignment-9: Caculate Percentages and Proportions in R

• مبانی داده‌های دسته‌ای (Categorical) Fundamentals of Categorical Data

• مد (Mode) برای داده‌های دسته‌ای (Categorical) Mode for Categorical Data

• عملی-۴.۴: یافتن مُد (Mode) داده‌های دسته‌ای (Categorical) Practical-4.4: Finding Mode of Categorical Data

• تمرین مُد (Mode) برای داده‌های دسته‌ای (Categorical) Practice Mode for Categorical Data

• تمرین ۱۰: محاسبه مُد (Mode) دسته‌ای (Categorical) Assignmet 10: Calculate Mode of Categorical

• جدول توافقی (Contingency Table) برای یافتن رابطه بین دو متغیر دسته‌ای (Categorical) Contingency Table To Figure Out Relationship of Two Categorical Variables

• عملی-۴.۵: ساخت جدول توافقی (Contingency Table) از دو متغیر دسته‌ای (Categorical) Practical-4.5: Building Contingency Table of Two Categorical Variables

• تمرین-۱۱: ساخت جدول توافقی (Contingency Table) از دو متغیر دسته‌ای (Categorical) در R Assignment-11: Building of Contingency Table of Two Categorical Variables in R

• روش‌های مختلف تجسم برای داده‌های دسته‌ای (Categorical) Different Visualization Method for Categorical Data

• عملی-۴.۶: ساخت تجسم از داده‌های دسته‌ای (Categorical) تکی Practical-4.6: Building Visualization of Single Categorical Data

• عملی-۴.۷: ساخت تجسم از دو داده دسته‌ای (Categorical) با هم Practical-4.7: Building Visualization of Two Categorical Data Together

• تمرین-۱۲: ساخت تجسم از داده‌های دسته‌ای (Categorical) Assignment-12: Build Visulization of the Categorical Data

• تجزیه و تحلیل داده‌های دسته‌ای (Categorical) Analyzing Categorical Data

• مدیریت پیشرفته داده‌های دسته‌ای (Categorical) Advanced Handling of Categorical Data

احتمال Probability

• مقدمه‌ای بر احتمال Introduction of Probability

• انواع احتمال و احتمال کلاسیک Types of Probability and Classical Probability

• احتمال کلاسیک Classical Probability

• مقدمه‌ای بر احتمال Introduction to Probability

• احتمال تجربی و ذهنی Emperical and Subjective Probability

• احتمال تجربی Empirical Probability

• احتمال ذهنی Subjective Probability

• مفاهیم پیشرفته احتمال Advanced Probability Concepts

• احتمال شرطی Conditional Probability

• احتمال شرطی Conditional Probability

• کاربردهای عملی احتمال Practical Probability Applications

همبستگی (Correlation) Correlation

• معرفی همبستگی (Correlation)؛ مفهوم مهم آماری Introduction of Correlation; Important Statistical Concept

• توزیع پارامتری و غیر پارامتری Parametric and Non-Parametric Distribution

• همبستگی پیرسون (Pearson Correlation) Pearson Correlation

• عملی: محاسبه همبستگی پیرسون (Pearson Correlation) در R Practical: Pearson Correlation Calculation in R

• همبستگی پیرسون (Pearson Correlation) Pearson Correlation

• تمرین-۱۳: محاسبه همبستگی پیرسون (Pearson Correlation) در R Assignment-13: Calculation of Pearson Correlation in R

• مقدمه‌ای بر همبستگی (Correlation) Introduction to Correlation

• ggplot2: معرفی مختصر بسته تجسم داده ggplot2: Brief Introduction of Data Visulization Package

• ggplot2: آموزش عملی برای ایجاد تجسم در R-Studio ggplot2: Practical Tutoriall To Make Visulization in R-Studio

• همبستگی اسپیرمن (Spearman Correlation) Spearman Correlation

• مثال همبستگی اسپیرمن (Spearman Correlation) Spearman Correlation Example

• عملی: محاسبه همبستگی اسپیرمن (Spearman Correlation) در R Practical: Spearman Correlation Calculation in R

• همبستگی اسپیرمن (Spearman Correlation) Spearman Correlation

• تمرین-۱۴: محاسبه همبستگی اسپیرمن (Spearman Correlation) در R Assignment-14: Calculation of Spearman Correlation in R

• همبستگی کندال (Kendall Correlation) Kendall Correlation

• همبستگی کندال (Kendall Correlation) Kendall Correlation

• تمرین-۱۵: محاسبه همبستگی کندال (Kendall Correlation) در R Assignment-15: Calculate Kendall Correlation in R

• همبستگی غیر پارامتری Non-Parametric Correlation

• خلاصه همبستگی (Correlation) Correlation Summary

• کاربرد عملی همبستگی (Correlation) Practical Application of Correlation

تجزیه و تحلیل رگرسیون (Regression Analysis) Regression Analysis

• رگرسیون (Regression)؛ با ارزش‌ترین مفهوم آماری Regression; Most Decorated Statistical Concept

• تعریف اساسی رگرسیون (Regression) Fundamental Defination of Regression

• انواع مختلف رگرسیون (Regression) Different Types of Regression

• رگرسیون خطی ساده (Simple Linear Regression)؛ توضیح ساده Simple Linear Regression; A Simple Elaboration

• قدرت پیش‌بینی رگرسیون خطی ساده (Simple Linear Regression) Predicted Power of Simple Linear Regression

• مفهوم پسماند (Residual) در رگرسیون (Regression) (بسیار مهم) Concept of Residual in Regression (Very Important)

• مفهوم مقدار R-Square در نتایج رگرسیون (Regression) Concept of R-Square Value in Regression Results

• توضیح کد R برای ساخت رگرسیون خطی ساده (Simple Linear Regression) Explantion of R Code to Build Simple Linear Regression

• عملی-۷.۱: ساخت مدل رگرسیون ساده (Simple Regression Model) در R Practical-7.1: Building Simple Regression Model in R

• عملی-۷.۲: درک نتایج رگرسیون خطی ساده (Simple Linear Regression) در R Practical-7.2: Understanding of Simple Linear Regression Results in R

• رگرسیون خطی ساده (Simple Linear Regression) Simple Linear Regression

• تمرین-۱۶: ساخت مدل رگرسیون خطی ساده (Simple Linear Regression Model) در R Assignment-16: Build Simple Linear Regression Model in R

• رگرسیون خطی ساده (Simple Linear Regression) Simple Linear Regression

• معرفی رگرسیون خطی چندگانه (Multiple Linear Regression) Introduction of Multiple Linear Regression

• تعریف رگرسیون خطی چندگانه (Multiple Linear Regression) Defination of Multiple Linear Regression

• عملی-۷.۳: چگونه مدل رگرسیون چندگانه (Multiple Regression Model) را در R بسازیم Practical-7.3: How to Build Multiple Regression Model in R

• عملی-۷.۴: چگونه مدل رگرسیون چندگانه (Multiple Regression Model) را در R با استفاده از ggplot تجسم کنیم Practical-7.4: How to Visulize Multiple Regression Model in R Using ggplot

• عملی-۷.۵: درک نتایج مدل رگرسیون چندگانه (Multiple Regression Model) در R Practical-7.5: Understanding of Multiple Regression Model Results in R

• فرضیه اساسی که در یک مدل رگرسیون چندگانه (Multiple Regression Model) خوب صادق است Basic Assumption that Holds True in Good Multiple Regression Model

• مفهوم خطی بودن (Linearity) Concept of Linearity

• مفهوم استقلال (Independence) Concept of Independence

• رگرسیون خطی چندگانه (Multiple Linear Regression) Multiple Linear Regression

• تمرین-۱۷: ساخت مدل رگرسیون خطی چندگانه (Multiple Linear Regression Model) در R Assignment-17: Build Multiple Linear Regression Model in R

• رگرسیون خطی چندگانه (Multiple Linear Regression) Multiple Linear Regression

• معرفی رگرسیون لجستیک (Logistic Regression) (بخش-۱) Introduction to Logistic Regression (Part-1)

• معرفی رگرسیون لجستیک (Logistic Regression) (بخش-۲) Introduction to Logistic Regression (Part-2)

• توضیح فرمول آماری رگرسیون لجستیک (Logistic Regression) Explantion of Statistical Formula of Logistic Regression

• کد R رگرسیون لجستیک (Logistic Regression)؛ یک مقدمه Logistic Regression R-Code; An Introduction

• عملی ۷.۶: ساخت مدل رگرسیون لجستیک (Logistic Regression Model) در R-Studio Practical 7.6: Building Logistic Regression Model in R-Studio

• تفسیر نتایج مدل لجستیک (Logistic Model) از R-Studio Interpretation of Logistic Model Results From R-Studio

• محاسبه احتمالات از مدل رگرسیون لجستیک (Logistic Regression Model) Calculation of Probabilities From Logistic Regression Model

• تفسیر منحنی رگرسیون لجستیک (Logistic Regression Curve) Interpretation of Logistic Regression Curve

• رگرسیون لجستیک (Logistic Regression) Logistic Regression

• تمرین-۱۸: ساخت رگرسیون لجستیک چندگانه (Multiple Logistic Regression) در R Assignment-18: Build Multiple Logistic Regression In R

• رگرسیون لجستیک (Logistic Regression) Logistic Regression

آزمون فرضیه (Hypothesis Testing) Hypothesis Testing

• معرفی ماژول Introduction of Module

• فرضیه چیست، انواع آن و خطای نوع اول و نوع دوم (Type-I & Type-II Error) What is hypothesis, Its types and Type-I & Type-II Error

• چند مثال از فرمول‌بندی فرضیه Couple of Examples of Hypothesis Formulation

• گردش کار اساسی آزمون فرضیه (Hypothesis Testing) Basic Workflow of Hypothesis Testing

• سطح اهمیت (Level of Significance) چیست؟ What is Level of Significance?

• انواع مختلف آزمون برای آزمون فرضیه (Hypothesis Testing) Different type of Test for Hypothesis Testing

• روش سنتی برای تصمیم‌گیری درباره فرضیه Traditional Method to Make Decsion About Hypothesis

• روش مبتنی بر P-value برای تصمیم‌گیری P-value based Method to Take decsion

• نکته بسیار مهم قبل از صحبت در مورد تست‌ها Very Important Note Before Talking About Tests

• مبانی آزمون فرضیه (Hypothesis Testing) Fundamentals of Hypothesis Testing

• معرفی آزمون Z و انواع آن Introduction to Z-test and Its Types

• مثال آزمون Z برای تست فرضیه Example of Z-test to Test Hypothesis

• اگر مقدار آزمون منفی داشته باشیم چه؟ What if we have Negative Test Value?

• عملی-۸.۱: انجام آزمون Z تک نمونه‌ای در R Practical-8.1: Performing One Sample Z-test in R

• تمرین-۱۹: انجام آزمون Z تک نمونه‌ای در R Assignment-19: Perform One Sample Z-test in R

• معرفی آزمون T Introduction ot T-Test

• آزمون T تک نمونه‌ای و مثال آن One Sample T-Test and Its Example

• عملی-۸.۲: انجام آزمون T تک نمونه‌ای در R Practical-8.2: Performing One Sample T-test in R

• آزمون t تک نمونه‌ای One-Sample t-Test

• آزمون T دو نمونه‌ای مستقل Two Sample Independent T-Test

• توضیح کد R برای انجام آزمون T دو نمونه‌ای مستقل Explanation of R Code to Perform Two Sample Independent T-Test

• عملی-۸.۳: انجام آزمون T دو نمونه‌ای مستقل در R Practical-8.3: Performing Two Sample Indepedent T-test in R

• آزمون t دو نمونه‌ای مستقل Two-Sample Independent t-Test

• تمرین-۲۰: انجام آزمون t دو نمونه‌ای مستقل در R Assigment-20: Perform Two-Sample Independent t-Test in R

• آزمون T دو نمونه‌ای وابسته (زوجی) Two Sample Dependent (Paired) T-test

• توضیح کد R برای انجام آزمون T دو نمونه‌ای وابسته (زوجی) Explanation of R Code to Perform Two Sample Dependent (Paired) T-Test

• عملی-۸.۴: انجام آزمون T دو نمونه‌ای وابسته (زوجی) در R Practical-8.4: Performing Two Sample Dependent (Paired) T-Test in R

• آزمون t زوجی Paired t-Test

• عملی-۸.۵: چگونه خطای نوع اول و نوع دوم (Type-I & Type-II Error) می‌تواند رخ دهد؟ Practical-8.5: How Type-I and Type-II Error can Occur?

• آزمون Z و آزمون T Z-Test and T-Test

• آزمون F F-Test

• مقایسه آزمون F با آزمون T و Z Comparsion of F-Test with T and Z-Test

• توضیح کد R برای انجام آزمون F Explantion of R Code to perform F-Test

• عملی-۸.۶: انجام آزمون F در R Practical-8.6: Performing F-Test in R

• آزمون F F-Test

• تمرین-۲۱: محاسبه F-Statistics در R Assignment-21: Calcualte F-Statistics in R

• آزمون F F-Test

• معرفی ANOVA و انواع آن Introduction of ANOVA and Its Types

• ANOVA یک طرفه چیست و چگونه آن را محاسبه کنیم؟ What is One Way ANOVA & How to Calculate it?

• توضیح کد R برای انجام ANOVA یک طرفه Explanation of R Code to Perform One Way ANOVA

• عملی-۸.۷: انجام ANOVA یک طرفه در R Practical-8.7: Performing One Way ANOVA in R

• ANOVA یک طرفه One-Way ANOVA

• ANOVA دو طرفه چیست و چگونه آن را محاسبه کنیم؟ What is Two Way ANOVA & How to Calculate it?

• توضیح کد R برای ANOVA دو طرفه Explanation of R Code for Two Way ANOVA

• عملی-۸.۸: انجام ANOVA دو طرفه در R Practical-8.8: Performing Two Way ANOVA in R

• ANOVA دو طرفه Two-Way ANOVA

• تمرین-۲۲: محاسبه ANOVA دو طرفه در R Assignment-22: Calculate Two-Way ANOVA in R

• ANOVA (تجزیه و تحلیل واریانس) ANOVA (Analysis of Variance)

• معرفی آزمون Chi-Sq؛ یک آزمون غیر پارامتری Introduction of Chi-Sq Test; A Non-parametric Test

• نظریه آزمون Chi-Sq استقلال Chi-Sq Test of Independence Theory

• توضیح کد R آزمون Chi-Sq استقلال Explanation of R Code of Chi-Sq Test of Independence

• عملی:۸.۹: آزمون Chi-Sq استقلال در R Practical:8.9: Chi-Sq Test of Independence in R

• آزمون Chi-Square استقلال Chi-Square Test of Independence

• آزمون Chi-Sq برازش نیکو Chi-Sq Goodness of Fit Test

• آزمون Chi-Sq Chi-Sq Test

• توضیح کد R آزمون Chi-Sq برازش نیکو Explanation of R Code of Chi-Sq Goodness of Fit

• آزمون Chi-square -II Chi-square Test -II