آموزش چالش برنامه‌نویسی اسمبلی ژنوم - آخرین آپدیت

دانلود Genome Assembly Programming Challenge

نکته: ممکن هست محتوای این صفحه بروز نباشد ولی دانلود دوره آخرین آپدیت می باشد.

نمونه ویدیوها: (صرفا برای مشاهده نمونه ویدیو، ممکن هست نیاز به شکن داشته باشید.)

توضیحات دوره: در بهار سال ۲۰۱۱، هزاران نفر در آلمان به دلیل بیماری مرگباری که با مسمومیت غذایی همراه با اسهال خونی شروع شده و اغلب منجر به نارسایی کلیه می‌شد، بستری شدند. این آغاز مرگبارترین شیوع بیماری در تاریخ معاصر بود که توسط یک سویه باکتریایی مرموز که ما آن را E. coli X می‌نامیم، ایجاد شده بود. به زودی، مقامات آلمانی این شیوع را به رستورانی در لوبک مرتبط کردند، جایی که تقریباً ۲۰٪ مشتریان در عرض یک هفته دچار اسهال خونی شده بودند. در این مرحله، زیست‌شناسان می‌دانستند که با یک پاتوژن ناشناخته روبرو هستند و روش‌های سنتی پاسخگو نخواهند بود؛ برای مونتاژ و تحلیل ژنوم این پاتوژن نوظهور، به زیست‌شناسان محاسباتی نیاز بود. محققان برای بررسی منشأ تکاملی و پتانسیل بیماری‌زایی سویه شیوع یافته، یک برنامه تحقیقاتی مبتنی بر جمعیت (Crowdsourced) را آغاز کردند. آن‌ها داده‌های توالی‌یابی DNA باکتریایی یکی از بیماران را منتشر کردند که باعث شد موجی از تحلیل‌ها توسط زیست‌شناسان محاسباتی در چهار قاره انجام شود. آن‌ها حتی از GitHub برای این پروژه استفاده کردند: https://github.com/ehec-outbreak-crowdsourced/BGI-data-analysis/wiki شیوع سال ۲۰۱۱ در آلمان، نمونه‌ای اولیه از همکاری اپیدمیولوژیست‌ها با زیست‌شناسان محاسباتی برای توقف یک شیوع بیماری بود. در این دوره آنلاین، شما با توسعه برنامه‌ای برای مونتاژ ژنوم E. coli X از میان میلیون‌ها زیررشته هم‌پوشان، پا جای پای بیوانفورماتیک‌هایی می‌گذارید که در حال تحقیق درباره این شیوع بودند.

سرفصل ها و درس ها

شیوع E. coli در اروپا در سال ۲۰۱۱ The 2011 European E. coli Outbreak

شیوع E. coli در اروپا در سال ۲۰۱۱ 2011 European E. coli outbreak
مونتاژ ژنوم فاژ Assembling phage genome

مونتاژ ژنوم با استفاده از گراف‌های دی بروین Assembling Genomes Using de Bruijn Graphs

آرایه‌های DNA DNA arrays
مونتاژ ژنوم از k-mers Assembling genomes from k-mers
گراف‌های دی بروین De Bruijn graphs
پل‌های کونیگزبرگ و رشته‌های جهانی Bridges of Königsberg and universal strings
قضیه اویلر Euler theorem

چالش‌های اسمبلی ژنوم با داده‌های واقعی توالی‌یابی Genome Assembly Faces Real Sequencing Data

تقسیم ژنوم به کونیگ‌ها (Contigs) Splitting the genome into contigs
از خوانش‌ها (Reads) تا جفت‌خوانش‌ها From reads to read-pairs
مواجهه اسمبلی ژنوم با داده‌های واقعی توالی‌یابی Genome assembly faces real sequencing data