آموزش پایتون برای ژنتیک: مقدمه ای جامع - آخرین آپدیت

سرفصل ها و درس ها

Introduction to the course

• مروری بر دوره / مقدمه Course overview/introduction

• درباره سرعت سخنرانی ها About the speed of the lectures

####بخش 1: ژنتیک پایه ###### ####PART 1: BASIC GENETICS ######

• مفاهیم پایه Basic concepts

• جریان ژن-پروتئین و بلوک های سازنده The gene-protein flow and building blocks

• وراثت و نوترکیبی Inheritance and recombination

• فرآیند رونویسی The transcription process

• فرآیند ترجمه The translation process

• ژنتیک جمعیت: قضیه هاردی-واینبرگ Population genetics: the Hardy-Weinberg Theorem

• مفاهیم پایه ژنتیک Basic concepts of genetics

#####بخش 2: برنامه نویسی با پایتون ##### #####PART 2: PROGRAMMING WITH PYTHON #####

• مقدمه ای بر پایتون Introduction to Python

• اهمیت پایتون برای علوم زیستی The importance of Python for biosciences

• محیط COLAB The COLAB environment

متغیرها و انواع داده Variables and types

• متغیرها و انواع اصلی Main variables and types

• عملگرهای حسابی Arithmetic operators

• ورودی کاربر User input

• متغیرها، انواع داده، ورودی کاربر، محاسبات Variables, types, user input, arithmetics

• تمرین ها Exercises

• راه حل - تخمین فرکانس نوترکیبی Solution - Estimating recombination frequency

• غلط نامه Erratum

• راه حل - محاسبه فراوانی آلل Solution - Calculating allele frequencies

رشته ها و دستکاری متن Strings and text manipulation

• رشته ها - مفهوم و روش ها Strings - concept and methods

• دستکاری رشته String manipulation

• تمرین ها Exercises

• راه حل: یافتن کدون های شروع و پایان Solution: finding start and termination codons

• راه حل: دستکاری یک رشته DNA Solution: manipulating a DNA string

عملگرهای رابطه ای/منطقی و عبارات شرطی Relational/logical operators and conditional statements

• عملگرهای رابطه ای/منطقی Relational/logical operators

• عبارات شرطی Conditional statements

• شرایط تودرتو و پیچیده Nested and complex conditions

• عملگرهای منطقی و عبارات شرطی Logical operators and conditional statements

• تمرین ها Exercises

• طبقه بندی زیست مولکولی Biomolecule classifier

• تجزیه و تحلیل توالی پلی پپتیدی با دستکاری رشته Polypetide sequence analysis with string manipulation

حلقه های For و While For and while loops

• حلقه های for The for loops

• حلقه های for "تودرتو" The "nested" for loops

• دستورات while The while commands

• حلقه ها Loops

• تمرین ها Exercises

• راه حل - تأیید جفت باز Solution - base pairing verification

• راه حل - شبیه سازی فرآیند رونویسی Solution - Simulating the transcription process

• راه حل - فاصله همینگ Solution - Hamming distance

تاپل ها، لیست ها و دیکشنری ها Tuples, lists and dictionaries

• تاپل ها Tuples

• لیست ها Lists

• دیکشنری ها Dictionaries

• مجموعه ها Collections

• تمرین ها Exercises

• راه حل - فرآیند رونویسی با دیکشنری ها Solution - Transcription process with dictionaries

• راه حل - مدل سازی فرآیند ترجمه Solution - Modelling the translation process

• راه حل - چالش 1: پیرایش RNA Solution - challenge 1: RNA splicing

توابع Functions

• توابع: تعریف و اعلان Functions: definition and declaration

• توابع: پارامترهای اختیاری، محدوده و docstrings Functions: optional parameters, scope and docstrings

• توابع Functions

• تمرین ها Exercises

• راه حل - تابعی که نسبت (%) AT/CG را استخراج می کند Solution - A function that extracts the proportion (%) of AT's/CG's

• راه حل - تابعی که فرکانس نوترکیبی را محاسبه می کند Solution - function that calculates the recombination frequency

• راه حل - چالش 1: قضیه هاردی واینبرگ - تفسیر نتایج Solution - Challenge 1: Hardy Weinberg Theorem - interpretation of the results

ماژول ها Modules

• ماژول math The math module

• ماژول random The random module

• ماژول time The time module

• ماژول ها Modules

• تمرین ها Exercises

• راه حل - تولید یک توالی DNA تصادفی Solution - generating a random DNA sequence

• راه حل - زمان بندی تابع تولید توالی تصادفی Solution - Timing the random sequence generation function

• راه حل - چالش 3: شبیه سازی تولید مثل دو ژنوتیپ Solution - Challenge 3: simulating the reproduction of two genotypes

مدیریت خطاها و استثناها در پایتون Handling errors and exceptions in Python

• انواع خطاها و استثناها در پایتون Types of errors and exceptions in Python

• Try و except Try and except

• خطاها و استثناها Errors and exceptions

• تمرین Exercise

• راه حل - رسیدگی به استثناها در یک تمرین قبلی Solution - treating exceptions in a previous exercise

کار با فایل های متنی Working with text files

• خواندن و نوشتن فایل های txt. Reading and writing .txt files

• فایل های FASTA FASTA files

• کار با فایل ها Working with files

• تمرین ها Exercises

• خواندن یک توالی Sars-Cov-2 با پایتون Reading a Sars-Cov-2 sequence with Python

• راه حل: چالش 3 - قسمت 1 Solution: Challenge 3 - part 1

• راه حل: چالش 3 - قسمت 2 Solution: Challenge 3 - part 2

• سخنرانی جایزه (Bonus lecture) Bonus lecture