آموزش تکنیک‌های محاسباتی برای پیش‌بینی ساختار سه‌بعدی پروتئین - آخرین آپدیت

سرفصل ها و درس ها

مقدمه Introduction

• مقدمه Introduction

• مبانی ساختار پروتئین Fundamentals of Protein Structure

• اهمیت پیش‌بینی ساختار پروتئین Importance of Protein Structure Prediction

• چالش‌های پیش‌بینی ساختار پروتئین Challenges in Protein Structure Prediction

• مروری بر تکنیک‌های محاسباتی Overview of Computational Techniques

پیش‌بینی ساختار پروتئین با MODELLER Protein Structure Prediction Via MODELLER

• مدل‌سازی همولوژی Homology Modeling

• آشنایی با MODELLER Introduction to MODELLER

• نصب و راه‌اندازی MODELLER MODELLER Installation and Setup

• انتخاب قالب و هم‌ترازی Template Selection and Alignment

• ساخت مدل Model Building

• ارزیابی و سنجش پیش‌بینی‌های MODELLER Evaluation and Assessment of MODELLER Predictions

پیش‌بینی ساختار پروتئین با Swiss Model Protein Structure Prediction Via Swiss-Model

• آشنایی با Swiss Model Introduction to Swiss-Model

• مدل‌سازی از طریق Swiss Model Modeling Via Swiss-Model

• ارزیابی کیفیت مدل Model Quality Assessment

پیش‌بینی ساختار پروتئین با I TASSER Protein Structure Prediction Via I-TASSER

• مدل‌سازی Threading و Ab Initio Threading and Ab Initio Modeling

• آشنایی با I TASSER Introduction to I-TASSER

• پیش‌بینی ساختار Structure Prediction

پیش‌بینی ساختار پروتئین با AlphaFold (یادگیری ماشین) Protein Structure Prediction Via AlphaFold (Machine Learning)

• تکنیک‌های یادگیری عمیق Deep Learning Techniques

• آشنایی با AlphaFold Introduction to AlphaFold

• پیش‌بینی ساختار پروتئین با استفاده از AlphaFold Protein Structure Prediction Using AlphaFold

ابزارهای تکمیلی برای پیش‌بینی ساختار سه‌بعدی پروتئین Additional Tools for Protein 3D Structure Prediction

• Phyre2 تشخیص همولوژی از راه دور و مدل‌سازی Phyre2 - Remote Homology Detection and Modeling

• RaptorX RaptorX

• Rosetta مدل‌سازی مبتنی بر قطعه و پیش‌بینی ساختار Rosetta - Fragment Based Modeling and Structure Prediction

• ابزارهای تکمیلی برای پیش‌بینی ساختار پروتئین Additional Tools for Protein Structure Prediction

مباحث پیشرفته در پیش‌بینی ساختار پروتئین Advanced Topics in Protein Structure Prediction

• رویکردهای مدل‌سازی یکپارچه Integrative Modeling Approaches

• داکینگ پروتئین-پروتئین Protein-Protein Docking

• طراحی و مهندسی پروتئین Protein Design and Engineering

• پایگاه‌های داده بیوانفورماتیک ساختاری Structural Bioinformatics Databases

• روندها و فناوری‌های جدید Trends and Technologies