آموزش پایتون برای زیست شناسان - آخرین آپدیت

دانلود Python for Biologists

نکته: ممکن هست محتوای این صفحه بروز نباشد ولی دانلود دوره آخرین آپدیت می باشد.
نمونه ویدیوها:
توضیحات دوره:

آموزش پایتون برای بیوانفورماتیک و زیست شناسی محاسباتی

یادگیری پایتون برای رشته‌های بیوانفورماتیک، زیست‌شناسی محاسباتی، بیوتکنولوژی، ژنتیک، زیست‌شناسی مولکولی، میکروبیولوژی و سایر زمینه‌های مرتبط ضروری است.

مباحث اصلی دوره آموزش پایتون

  • آشنایی با گرامر (Syntax) پایتون
  • انواع داده‌ها (Data Types) و تبدیل آن‌ها
  • انجام محاسبات و تعیین شرایط مختلف
  • تصمیم‌گیری و استفاده از حلقه‌ها (Loops)
  • توابع (Functions) و متدهایی (Methods) که با انواع داده‌ها کار می‌کنند
  • باز کردن، ایجاد، خواندن و نوشتن فایل‌ها
  • کار با سیستم عامل
  • مدیریت زمان و تاریخ
  • ایجاد توابع سفارشی
  • ایجاد ماژول‌ها (Modules) و اسکریپت‌های (Scripts) سفارشی
  • ایجاد بسته‌ها (Packages) سفارشی

پیش‌نیازهای دوره

  • نصب آخرین نسخه پایتون (توضیحات در دوره ارائه شده است)
  • نصب ویژوال استودیو کد (Visual Studio Code) (توضیحات در دوره ارائه شده است)
  • نصب افزونه مایکروسافت پایتون (Microsoft Python) برای ویژوال استودیو کد (توضیحات در دوره ارائه شده است)

توضیحات دوره

این دوره برای مبتدیان برنامه‌نویسی با پیشینه زیستی طراحی شده است که می‌خواهند با داده‌های بیوتکنولوژی مانند DNA، RNA و پروتئین سروکار داشته باشند یا می‌خواهند وارد حوزه بیوانفورماتیک شوند.

در این دوره، نصب پایتون (که به طور مفصل در بخش اول توضیح داده شده است) الزامی است و همچنین باید محیط توسعه یکپارچه (IDE) را برای نوشتن کدها نصب کنیم (این نیز در بخش اول توضیح داده شده است).

تمام فایل‌های پایتون که کدها در آن‌ها نوشته شده‌اند و از ابتدا تا انتهای دوره در ویدیوها مشاهده خواهید کرد، در پوشه‌ای ارائه شده‌اند که می‌توانید از بخش اول دوره دانلود کنید.

لطفاً این توضیحات را به خوبی مطالعه کنید، زیرا بسیاری از مواردی را که به شما در ادامه یادگیری زبان پایتون کمک می‌کند، با روشن کردن ثمره هر بخش از دوره توضیح می‌دهد.

در بخش اول، پایتون را نصب می‌کنید، سپس با روش‌هایی که می‌توانید کدها را از طریق آن‌ها بنویسید، آشنا می‌شوید. سپس مبانی زبان پایتون مانند متغیرها و موارد مرتبط با آن‌ها، کامنت‌ها، چاپ داده‌ها به کاربر و دریافت داده‌ها از کاربر را یاد خواهید گرفت.

از این بخش، می‌توانید یاد بگیرید که چگونه داده‌ها را از کاربر دریافت کنید، چگونه داده‌ها را در داخل کد ذخیره کنید و چگونه داده‌ها را به کاربر خروجی دهید.

در بخش دوم، با انواع داده‌ها در پایتون آشنا می‌شوید. منظور از انواع داده‌ها در پایتون، شکلی است که پایتون داده‌های کاربر را درک می‌کند و همچنین در مورد تبدیل از یک نوع داده به نوع دیگر یاد خواهید گرفت.

یکی از ثمره‌های بخش اول، ذخیره داده‌ها در متغیرها است. در اینجا بیشتر در مورد قالبی که داده‌ها در این متغیرها ذخیره می‌شوند، یاد خواهید گرفت و این بسته به ماهیت داده‌هایی که کاربر وارد می‌کند، متفاوت است. ممکن است یک عدد، توالی DNA، جدول، فایل و غیره باشد.

در بخش سوم، یاد خواهید گرفت که چگونه فقط به یک عنصر از داده‌ها دسترسی پیدا کنید.

پس از ذخیره داده‌ها در یک نوع داده پایتون، می‌توانید از طریق پایتون در داده‌ها کندوکاو کنید، بنابراین می‌توانید به یک بخش بسیار کوچک از داده‌ها دسترسی پیدا کنید و بنابراین می‌توانید با آن هر طور که می‌خواهید، رفتار کنید.

در بخش چهارم، با من روی کد ساده کار خواهید کرد. ما بیشتر به اطلاعاتی که در سه بخش اول یاد گرفتیم، تکیه خواهیم کرد، جایی که داده‌ها را در پایتون ذخیره می‌کنیم، سپس داده‌ها را از کاربر دریافت می‌کنیم، سپس آن را در داده‌های ذخیره شده جستجو می‌کنیم و اطلاعات مربوط به اطلاعات وارد شده را به کاربر خروجی می‌دهیم.

در بخش پنجم، که بسیار مهم است، عملیاتی را یاد خواهیم گرفت که می‌توان روی داده‌های وارد شده انجام داد و چگونه داده‌ها را می‌توان به روز کرد. همچنین سوالات یا شرایطی را در مورد داده‌ها مطرح خواهیم کرد که یکی از دو پاسخ درست یا نادرست را به ما می‌دهد.

این بخش به شما قدرت تصمیم‌گیری در مورد داده‌ها را می‌دهد.

در بخش ششم، یاد خواهید گرفت که چگونه تصمیمات خود را در کد بنویسید و به نوشتن رویه‌هایی بر اساس تصمیمات گرفته شده کمک کنید.

این بخش بسیار مرتبط با بخش پنجم است، بنابراین باید به هم مرتبط شوند.

در بخش هفتم، یاد خواهید گرفت که چگونه از حلقه‌ها استفاده کنید.

اینها دقیقاً همانهایی هستند که یک فرد قادر به انجام آنها نیست، زیرا با تکرار مجموعه‌ای از دستورات با سرعت کامپیوتر مشخص می‌شوند و بنابراین می‌توانند کارهای پیچیده‌ای را انجام دهند که یک فرد نمی‌تواند در مدت کوتاهی انجام دهد و بنابراین باید آنها را به خوبی درک کنید.

در بخش‌های هشتم، نهم، دهم و یازدهم، بسیاری از توابع پایتون را یاد خواهیم گرفت که داده‌ها را دستکاری می‌کنند.

دانستن توابع متعدد به برنامه نویس اجازه می‌دهد تا داده‌ها را دستکاری کند که در اثربخشی اطلاعات استخراج شده منعکس می‌شود.

در بخش دوازدهم، یکی از مهم‌ترین بخش‌ها در زبان به طور کلی و در زمینه بیوانفورماتیک به طور خاص، یک روش جدید ورودی و خروجی را یاد خواهید گرفت، جایی که ورودی و خروجی توابع بودند، اما اکنون فایل‌ها هستند، که واحد ذخیره سازی داده‌های بیولوژیکی هستند.

همچنین مسیرهای سیستم عامل را در پایتون مدیریت خواهید کرد.

در بخش سیزدهم، یاد خواهید گرفت که چگونه با زمان و تاریخ برخورد کنید و این بخش ممکن است در محاسبه زمان و چاپ آن در خروجی مفید باشد.

به عنوان مثال، در برخی از برنامه‌ها که شامل بیش از یک فرآیند هستند، زمان و تاریخ برای هر فرآیند چاپ می‌شوند.

در بخش چهاردهم، یاد خواهید گرفت که چگونه کد را جدا کرده و آن را در ساختارهایی قرار دهید که فقط با فراخوانی کار می‌کنند، که ساخت توابع سفارشی خودتان است.

این اولین راه برای ساخت کد برای کاربر در یک فرم قابل استفاده است.

در بخش پانزدهم، یاد خواهید گرفت که اسکریپت‌ها و ماژول‌هایی بسازید که به عنوان خروجی رسمی از کدها در نظر گرفته می‌شوند. یعنی پس از رسیدن به این مرحله، می‌توانید کدهای خود را در ماژول‌هایی ایجاد کنید که به راحتی در پایتون وارد می‌شوند.

در بخش شانزدهم، یاد خواهید گرفت که بسته را بسازید، که مجموعه‌ای از ماژول‌ها است.

پروژه‌ای متشکل از سه ماژول وجود خواهد داشت که گام به گام در مقابل شما پیاده سازی می‌شود و پیشرفت‌ها و اصلاحات خطاها وجود خواهد داشت و بنابراین اطلاعات و تجربه خوبی از این بخش به دست خواهید آورد.

در پایان، خواهید دید که این دوره به شما اطلاعات و تجربیاتی در مورد نحوه دریافت داده‌ها از کاربر، نحوه برخورد با آن و در نهایت نحوه خروجی دادن اطلاعاتی که کاربر می‌خواهد، آموزش می‌دهد.

این همان چیزی است که برای ساختن کد خود به آن نیاز دارید، خواه برنامه‌های کامل باشد یا برخی از کدها که کمی با داده‌ها سروکار دارند یا در استفاده از بسته‌های پایتون موجود مشارکت می‌کنند.


سرفصل ها و درس ها

Requirements and tips for talking with a computer-الزامات و نکات صحبت با کامپیوتر Requirements and tips for talking with a computer

  • Introduction-مقدمه Introduction

  • Why is Python important to biologists?-چرا پایتون برای زیست‌شناسان مهم است؟ Why is Python important to biologists?

  • Defining the programming language and installing python on Windows and Mac-تعریف زبان برنامه‌نویسی و نصب پایتون روی ویندوز و مک Defining the programming language and installing python on Windows and Mac

  • Ways to write and run python codes | Interactive interpreter-روش‌های نوشتن و اجرای کدهای پایتون | مفسر تعاملی Ways to write and run python codes | Interactive interpreter

  • Ways to write and run python codes | Python script-روش‌های نوشتن و اجرای کدهای پایتون | اسکریپت پایتون Ways to write and run python codes | Python script

  • Ways to write and run python codes | IDE-روش‌های نوشتن و اجرای کدهای پایتون | IDE Ways to write and run python codes | IDE

  • Summary-خلاصه Summary

  • Full course scripts-اسکریپت‌های کامل دوره Full course scripts

  • Create a variable-ایجاد یک متغیر Create a variable

  • Create a variable-ایجاد یک متغیر Create a variable

  • Tips for writing the variable name or identifier-نکاتی برای نوشتن نام متغیر یا شناسه Tips for writing the variable name or identifier

  • Correct the code: Write the variables correctly-کد را اصلاح کنید: متغیرها را درست بنویسید Correct the code: Write the variables correctly

  • Summary-خلاصه Summary

  • Reduce the risk of using reserved words with the case sensitivity feature-کاهش خطر استفاده از کلمات رزرو شده با ویژگی حساسیت به حروف بزرگ و کوچک Reduce the risk of using reserved words with the case sensitivity feature

  • Correct the code: Avoid using reserved words-کد را اصلاح کنید: از استفاده از کلمات رزرو شده خودداری کنید Correct the code: Avoid using reserved words

  • Summary-خلاصه Summary

  • The difference between comments and codes-تفاوت بین نظرات و کدها The difference between comments and codes

  • Correct the code: Use comments for your sentences-کد را اصلاح کنید: از نظرات برای جملات خود استفاده کنید Correct the code: Use comments for your sentences

  • Summary-خلاصه Summary

  • Receiving and processing user data and producing output.-دریافت و پردازش داده‌های کاربر و تولید خروجی. Receiving and processing user data and producing output.

  • Correct the code: Avoid confusing variables with data types-کد را اصلاح کنید: از اشتباه گرفتن متغیرها با انواع داده خودداری کنید Correct the code: Avoid confusing variables with data types

  • Summary-خلاصه Summary

  • Optional tips for organizing variables-نکات اختیاری برای سازماندهی متغیرها Optional tips for organizing variables

  • Summary-خلاصه Summary

Data containers in python (types and conversions)-ظروف داده در پایتون (انواع و تبدیل‌ها) Data containers in python (types and conversions)

  • Refresh-بازخوانی Refresh

  • Number data type-نوع داده عددی Number data type

  • Create a variable that stores a number-ایجاد یک متغیر که یک عدد را ذخیره می‌کند Create a variable that stores a number

  • String data type-نوع داده رشته‌ای String data type

  • Create a variable that stores a string-ایجاد یک متغیر که یک رشته را ذخیره می‌کند Create a variable that stores a string

  • List and tuple data types-انواع داده لیست و تاپل List and tuple data types

  • Create a variable that stores a list or tuple-ایجاد یک متغیر که یک لیست یا تاپل را ذخیره می‌کند Create a variable that stores a list or tuple

  • Dictionary data type-نوع داده دیکشنری (فرهنگ لغت) Dictionary data type

  • Create a variable that stores a dictionary-ایجاد یک متغیر که یک دیکشنری را ذخیره می‌کند Create a variable that stores a dictionary

  • Summary-خلاصه Summary

  • The problem of receiving data, whether from the command interface or a file-مشکل دریافت داده، چه از رابط خط فرمان یا یک فایل The problem of receiving data, whether from the command interface or a file

  • Convert from an integer to a float or vice versa-تبدیل از عدد صحیح به عدد اعشاری یا برعکس Convert from an integer to a float or vice versa

  • Complete the code: Convert from integer to float and vice versa-کد را کامل کنید: تبدیل از عدد صحیح به عدد اعشاری و برعکس Complete the code: Convert from integer to float and vice versa

  • Work with the complex-کار با اعداد مختلط Work with the complex

  • Convert from a number to a string and vice versa-تبدیل از عدد به رشته و برعکس Convert from a number to a string and vice versa

  • Complete the code: Convert from a number to a string and vice versa-کد را کامل کنید: تبدیل از عدد به رشته و برعکس Complete the code: Convert from a number to a string and vice versa

  • Complete the code: Convert from a number to a string-کد را کامل کنید: تبدیل از عدد به رشته Complete the code: Convert from a number to a string

  • Summary-خلاصه Summary

  • Convert from a string to a list or tuple-تبدیل از رشته به لیست یا تاپل Convert from a string to a list or tuple

  • Complete the code: Convert from a string to a list or tuple-کد را کامل کنید: تبدیل از رشته به لیست یا تاپل Complete the code: Convert from a string to a list or tuple

  • Convert from a list or tuple to a dictionary-تبدیل از لیست یا تاپل به دیکشنری Convert from a list or tuple to a dictionary

  • Complete the code: Convert multiple lists to a single dictionary-کد را کامل کنید: تبدیل چندین لیست به یک دیکشنری واحد Complete the code: Convert multiple lists to a single dictionary

  • Summary-خلاصه Summary

Access the items in the data containers-دسترسی به عناصر موجود در ظروف داده Access the items in the data containers

  • Introduction-مقدمه Introduction

  • Questions about the index-سوالاتی در مورد شاخص (index) Questions about the index

  • The forward index-شاخص رو به جلو The forward index

  • Complete the code: Exctract SNPs-کد را کامل کنید: استخراج SNPها Complete the code: Exctract SNPs

  • Complete the code: Get the sequence length-کد را کامل کنید: گرفتن طول توالی Complete the code: Get the sequence length

  • The reverse index-شاخص معکوس The reverse index

  • Complete the code: Get the codons from the end-کد را کامل کنید: گرفتن کدون‌ها از انتها Complete the code: Get the codons from the end

  • Create a data type from items of another data type using the index-ایجاد یک نوع داده از عناصر نوع داده دیگر با استفاده از شاخص Create a data type from items of another data type using the index

  • The dictionary key-کلید دیکشنری The dictionary key

  • Complete the code: Manipulate the dictionary-کد را کامل کنید: دستکاری دیکشنری Complete the code: Manipulate the dictionary

  • Summary-خلاصه Summary

Congratulations, this is your first program using the Python language-تبریک می‌گویم، این اولین برنامه شما با استفاده از زبان پایتون است Congratulations, this is your first program using the Python language

  • Prepare and save external data in a data type in python-تهیه و ذخیره داده‌های خارجی در یک نوع داده در پایتون Prepare and save external data in a data type in python

  • The first code | Unraveling the mystery of the IUPAC ambiguity codes-کد اول | رمزگشایی از رمز و راز کدهای ابهام IUPAC The first code | Unraveling the mystery of the IUPAC ambiguity codes

  • The second code | The inverse of the first code-کد دوم | معکوس کد اول The second code | The inverse of the first code

  • Complete the code: Convert the amino acid symbol from one letter to three letters or the full name-کد را کامل کنید: تبدیل نماد اسید آمینه از یک حرف به سه حرف یا نام کامل Complete the code: Convert the amino acid symbol from one letter to three letters or the full name

Perform operations and set conditions or questions-انجام عملیات و تعیین شرایط یا سوالات Perform operations and set conditions or questions

  • Introduction | Arithmetic operators | Addition and subtraction-مقدمه | عملگرهای حسابی | جمع و تفریق Introduction | Arithmetic operators | Addition and subtraction

  • Complete the code: Calculate the sum of numbers-کد را کامل کنید: محاسبه مجموع اعداد Complete the code: Calculate the sum of numbers

  • Arithmetic operators | Multiplcation, division, floor division, and exponent-عملگرهای حسابی | ضرب، تقسیم، تقسیم کف، و توان Arithmetic operators | Multiplcation, division, floor division, and exponent

  • Correct the code: Multiply the values-کد را اصلاح کنید: مقادیر را ضرب کنید Correct the code: Multiply the values

  • Arithmetic operators | Modulus-عملگرهای حسابی | باقیمانده Arithmetic operators | Modulus

  • Correct the code: Determine the appropriate length of DNA for translation-کد را اصلاح کنید: طول مناسب DNA را برای ترجمه تعیین کنید Correct the code: Determine the appropriate length of DNA for translation

  • Summary-خلاصه Summary

  • Arithmetic operators | Handling string and list-عملگرهای حسابی | مدیریت رشته و لیست Arithmetic operators | Handling string and list

  • Correct the code: Concatenate values-کد را اصلاح کنید: مقادیر را به هم متصل کنید Correct the code: Concatenate values

  • Complete the code: Concatenate sequences-کد را کامل کنید: توالی‌ها را به هم متصل کنید Complete the code: Concatenate sequences

  • Summary-خلاصه Summary

  • Arithmetic operators | Operator precedence-عملگرهای حسابی | اولویت عملگرها Arithmetic operators | Operator precedence

  • Correct the code: Calculating the melting temperature (Tm) of primers-کد را اصلاح کنید: محاسبه دمای ذوب (Tm) پرایمرها Correct the code: Calculating the melting temperature (Tm) of primers

  • Summary-خلاصه Summary

  • Create a code that calculates extra nucleotides in DNA before translation-ایجاد کدی که نوکلئوتیدهای اضافی در DNA قبل از ترجمه را محاسبه می‌کند Create a code that calculates extra nucleotides in DNA before translation

  • Create a code that calculates extra nucleotides in DNA before translation-ایجاد کدی که نوکلئوتیدهای اضافی در DNA قبل از ترجمه را محاسبه می‌کند Create a code that calculates extra nucleotides in DNA before translation

  • Summary-خلاصه Summary

  • Assignment operators-عملگرهای انتساب Assignment operators

  • Complete the code: Repeat the variable update-کد را کامل کنید: تکرار به‌روزرسانی متغیر Complete the code: Repeat the variable update

  • Summary-خلاصه Summary

  • Comparison operators | Equality-عملگرهای مقایسه‌ای | تساوی Comparison operators | Equality

  • Comparison operators | Greater than and less than-عملگرهای مقایسه‌ای | بزرگتر از و کوچکتر از Comparison operators | Greater than and less than

  • Summary-خلاصه Summary

  • Create a code that compares two sequences in terms of both length and content-ایجاد کدی که دو توالی را از نظر طول و محتوا مقایسه می‌کند Create a code that compares two sequences in terms of both length and content

  • Complete the code: Compare two DNA sequences of close relatives-کد را کامل کنید: مقایسه دو توالی DNA از بستگان نزدیک Complete the code: Compare two DNA sequences of close relatives

  • Interpretation of the answers resulting from the 27th exercise-تفسیر پاسخ‌های حاصل از تمرین ۲۷ Interpretation of the answers resulting from the 27th exercise

  • Summary-خلاصه Summary

  • Membership operators-عملگرهای عضویت Membership operators

  • Summary-خلاصه Summary

  • Create a code that searches for a restriction recognition site in DNA-ایجاد کدی که یک محل شناسایی آنزیم محدودکننده را در DNA جستجو می‌کند Create a code that searches for a restriction recognition site in DNA

  • Complete the code: Primers activity test to quantify mRNA before use in qPCR.-کد را کامل کنید: تست فعالیت پرایمرها برای تعیین کمیت mRNA قبل از استفاده در qPCR. Complete the code: Primers activity test to quantify mRNA before use in qPCR.

  • Interpretation of the answers resulting from the 28th exercise-تفسیر پاسخ‌های حاصل از تمرین ۲۸ Interpretation of the answers resulting from the 28th exercise

  • Logical operators-عملگرهای منطقی Logical operators

  • Logical operators quesions-سوالات عملگرهای منطقی Logical operators quesions

  • Summary-خلاصه Summary

  • Create a code that searches for MULTIPLE restriction recognition sites in DNA-ایجاد کدی که چندین محل شناسایی آنزیم محدودکننده را در DNA جستجو می‌کند Create a code that searches for MULTIPLE restriction recognition sites in DNA

  • Complete the code: A single test for the activity of primers in capturing mRNA-کد را کامل کنید: یک آزمایش واحد برای فعالیت پرایمرها در به دام انداختن mRNA Complete the code: A single test for the activity of primers in capturing mRNA

  • Interpretation of the answers resulting from the 29th exercise-تفسیر پاسخ‌های حاصل از تمرین ۲۹ Interpretation of the answers resulting from the 29th exercise

  • Summary-خلاصه Summary

  • Identity operators-عملگرهای هویت Identity operators

  • Summary-خلاصه Summary

  • Bitwise operators | Convert from an integer to a binary and vice versa-عملگرهای بیتی | تبدیل از عدد صحیح به باینری و برعکس Bitwise operators | Convert from an integer to a binary and vice versa

  • Bitwise operators | And, or, xor-عملگرهای بیتی | And, or, xor Bitwise operators | And, or, xor

  • Bitwise operators | 2s complement, and left and right shift-عملگرهای بیتی | مکمل ۲، و شیفت به چپ و راست Bitwise operators | 2s complement, and left and right shift

  • Summary-خلاصه Summary

Decision making support-پشتیبانی از تصمیم‌گیری Decision making support

  • If statement, if-else statement, and if-elif-else statement-دستور if، دستور if-else، و دستور if-elif-else If statement, if-else statement, and if-elif-else statement

  • Summary-خلاصه Summary

  • Create a code that determines whether the sequence is DNA or RNA-ایجاد کدی که تعیین می‌کند توالی DNA است یا RNA Create a code that determines whether the sequence is DNA or RNA

  • Zero, non-zero, null, and non-null values-مقادیر صفر، غیر صفر، تهی و غیر تهی Zero, non-zero, null, and non-null values

  • Nested if-if تودرتو Nested if

  • Complete the code: Make decisions about comparing two closely related sequences-کد را کامل کنید: در مورد مقایسه دو توالی نزدیک تصمیم بگیرید Complete the code: Make decisions about comparing two closely related sequences

  • Complete the code: Test the validity of the primers in capturing mRNA, valid or not?-کد را کامل کنید: اعتبار پرایمرها را در به دام انداختن mRNA تست کنید، معتبر است یا نه؟ Complete the code: Test the validity of the primers in capturing mRNA, valid or not?

Repeat commands in loops-تکرار دستورات در حلقه‌ها Repeat commands in loops

  • The while loop-حلقه while The while loop

  • Summary-خلاصه Summary

  • Calculating the GC content using the while loop-محاسبه محتوای GC با استفاده از حلقه while Calculating the GC content using the while loop

  • The for loop-حلقه for The for loop

  • Calculating the GC content using the for loop-محاسبه محتوای GC با استفاده از حلقه for Calculating the GC content using the for loop

  • Control loops with break, continue, and pass-کنترل حلقه‌ها با break، continue و pass Control loops with break, continue, and pass

  • Summary-خلاصه Summary

  • Complete the code: Translate the mRNA sequence into a protein sequence-کد را کامل کنید: ترجمه توالی mRNA به یک توالی پروتئینی Complete the code: Translate the mRNA sequence into a protein sequence

  • Complete the code: Collect definition line from several FASTA files-کد را کامل کنید: جمع‌آوری خط تعریف از چندین فایل FASTA Complete the code: Collect definition line from several FASTA files

  • Complete the code: Extracting a table of locations and alleles of SNPs from aligned sequences-کد را کامل کنید: استخراج جدولی از مکان‌ها و الل‌های SNPها از توالی‌های هم‌تراز شده Complete the code: Extracting a table of locations and alleles of SNPs from aligned sequences

Functions and methods for handling string data type-توابع و متدها برای کار با نوع داده رشته‌ای Functions and methods for handling string data type

  • Review-مرور Review

  • Summary-خلاصه Summary

  • Non-printable characters-کاراکترهای غیرقابل چاپ Non-printable characters

  • Summary-خلاصه Summary

  • String formatting part 1-قالب‌بندی رشته قسمت ۱ String formatting part 1

  • Summary-خلاصه Summary

  • String formatting part 2-قالب‌بندی رشته قسمت ۲ String formatting part 2

  • Summary-خلاصه Summary

  • Capitalize the first letter of a string-بزرگ کردن حرف اول یک رشته Capitalize the first letter of a string

  • Center a string to total width columns-مرکز قرار دادن یک رشته در عرض کل ستون‌ها Center a string to total width columns

  • Left and right adjustment of a string for the total width of the columns-تراز چپ و راست یک رشته برای عرض کل ستون‌ها Left and right adjustment of a string for the total width of the columns

  • Count how many times a string or substring occurs in a string-شمارش تعداد دفعات تکرار یک رشته یا زیررشته در یک رشته Count how many times a string or substring occurs in a string

  • Test if a string or substring of the string ends with a certain suffix-آزمایش اینکه آیا یک رشته یا زیررشته با پسوند خاصی به پایان می‌رسد یا خیر Test if a string or substring of the string ends with a certain suffix

  • Test if a string or substring of the string starts with a certain prefix-آزمایش اینکه آیا یک رشته یا زیررشته با پیشوند خاصی شروع می‌شود یا خیر Test if a string or substring of the string starts with a certain prefix

  • Expand tabs in string to multiple spaces-تبدیل تب‌ها در رشته به چند فاصله Expand tabs in string to multiple spaces

  • Find starting index of a string or substring that occurs in a string-یافتن شاخص شروع یک رشته یا زیررشته که در یک رشته رخ می‌دهد Find starting index of a string or substring that occurs in a string

  • Find starting index of a string or substring that occurs backwards in a string-یافتن شاخص شروع یک رشته یا زیررشته که به صورت معکوس در یک رشته رخ می‌دهد Find starting index of a string or substring that occurs backwards in a string

  • Search starting index of a string or substring that occurs in a string-جستجوی شاخص شروع یک رشته یا زیررشته که در یک رشته رخ می‌دهد Search starting index of a string or substring that occurs in a string

  • Search starting index of a string or substring that occurs backwards in a string-جستجوی شاخص شروع یک رشته یا زیررشته که به صورت معکوس در یک رشته رخ می‌دهد Search starting index of a string or substring that occurs backwards in a string

  • Test if a string contains alphanumeric character(s)-آزمایش اینکه آیا یک رشته شامل کاراکتر(های) الفبایی-عددی است یا خیر Test if a string contains alphanumeric character(s)

  • Test if a string contains alphabetic character(s)-آزمایش اینکه آیا یک رشته شامل کاراکتر(های) الفبایی است یا خیر Test if a string contains alphabetic character(s)

  • Test if a string contains digits only-آزمایش اینکه آیا یک رشته فقط شامل ارقام است یا خیر Test if a string contains digits only

  • Test if a string contains upper- or lower-case and convert from one to another-آزمایش اینکه آیا یک رشته شامل حروف بزرگ یا کوچک است و تبدیل از یکی به دیگری Test if a string contains upper- or lower-case and convert from one to another

  • The difference between numbers test-تفاوت بین آزمایش اعداد The difference between numbers test

  • Test if a string contains white space(s)-آزمایش اینکه آیا یک رشته شامل فضای خالی است یا خیر Test if a string contains white space(s)

  • Test if a string is a title and create title-آزمایش اینکه آیا یک رشته عنوان است یا خیر و ایجاد عنوان Test if a string is a title and create title

  • Concatenate list or tuple items into a string-به هم متصل کردن عناصر لیست یا تاپل به یک رشته Concatenate list or tuple items into a string

  • Obtain a string length-به دست آوردن طول یک رشته Obtain a string length

  • Remove leading or tailing character(s) or from both sites of a string part 1-حذف کاراکتر(های) ابتدایی یا انتهایی یا از هر دو طرف یک رشته قسمت ۱ Remove leading or tailing character(s) or from both sites of a string part 1

  • Remove leading or tailing character(s) or from both sites of a string part 2-حذف کاراکتر(های) ابتدایی یا انتهایی یا از هر دو طرف یک رشته قسمت ۲ Remove leading or tailing character(s) or from both sites of a string part 2

  • Replace a string or substring of a string part 1-جایگزینی یک رشته یا زیررشته از یک رشته قسمت ۱ Replace a string or substring of a string part 1

  • Replace a string or substring of a string part 2-جایگزینی یک رشته یا زیررشته از یک رشته قسمت ۲ Replace a string or substring of a string part 2

  • Create a translation table and translate a string-ایجاد جدول ترجمه و ترجمه یک رشته Create a translation table and translate a string

  • Obtain the minimum and maximum character from a string-به دست آوردن حداقل و حداکثر کاراکتر از یک رشته Obtain the minimum and maximum character from a string

  • Split a string based on delimiter string or substring to a list of substrings-تقسیم یک رشته بر اساس رشته یا زیررشته جداکننده به یک لیست از زیررشته‌ها Split a string based on delimiter string or substring to a list of substrings

  • Swap string characters from upper- to lowercase and vice versa-تبدیل کاراکترهای رشته از حروف بزرگ به کوچک و برعکس Swap string characters from upper- to lowercase and vice versa

  • Fill a string using zero(s)-پر کردن یک رشته با استفاده از صفر(ها) Fill a string using zero(s)

Functions and methods for handling list data type-توابع و متدها برای کار با نوع داده لیست Functions and methods for handling list data type

  • Review-مرور Review

  • Obtain a list length, and minimum and maximum items of a list-به دست آوردن طول لیست، و حداقل و حداکثر عناصر یک لیست Obtain a list length, and minimum and maximum items of a list

  • Add an item to the end or certain location of a list-اضافه کردن یک عنصر به انتهای یا مکان خاصی از یک لیست Add an item to the end or certain location of a list

  • Extend a list by another list-گسترش یک لیست با یک لیست دیگر Extend a list by another list

  • Count how many times an item occurs in a list-شمارش تعداد دفعات تکرار یک عنصر در یک لیست Count how many times an item occurs in a list

  • Search starting index of an item that occurs in a string-جستجوی شاخص شروع یک عنصری که در یک رشته رخ می‌دهد Search starting index of an item that occurs in a string

  • Remove an item using its index or content-حذف یک عنصر با استفاده از شاخص یا محتوای آن Remove an item using its index or content

  • Sort list items-مرتب‌سازی عناصر لیست Sort list items

  • Reverse the order of a list-معکوس کردن ترتیب یک لیست Reverse the order of a list

  • Remove a duplicate items of a list-حذف عناصر تکراری یک لیست Remove a duplicate items of a list

Functions for handling tuple data type-توابع برای کار با نوع داده تاپل Functions for handling tuple data type

  • Obtain a tuple length, and minimum and maximum items of a tuple-به دست آوردن طول تاپل، و حداقل و حداکثر عناصر یک تاپل Obtain a tuple length, and minimum and maximum items of a tuple

Functions and methods for handling dictionary data type-توابع و متدها برای کار با نوع داده دیکشنری (فرهنگ لغت) Functions and methods for handling dictionary data type

  • Review-مرور Review

  • Obtain a dictionary length-به دست آوردن طول دیکشنری Obtain a dictionary length

  • Remove dictionary items-حذف عناصر دیکشنری Remove dictionary items

  • Copy a dictionary-کپی کردن یک دیکشنری Copy a dictionary

  • Convert a tuple items into a dictionary keys-تبدیل عناصر تاپل به کلیدهای دیکشنری Convert a tuple items into a dictionary keys

  • Control errors while accessing the dictionary keys-کنترل خطاها هنگام دسترسی به کلیدهای دیکشنری Control errors while accessing the dictionary keys

  • Convert a dictionary to a list of tuples and extract keys and values separately-تبدیل یک دیکشنری به یک لیست از تاپل‌ها و استخراج جداگانه کلیدها و مقادیر Convert a dictionary to a list of tuples and extract keys and values separately

  • Update a dictionary-به‌روزرسانی یک دیکشنری Update a dictionary

Handling files and operating systems-کار با فایل‌ها و سیستم عامل Handling files and operating systems

  • Review-مرور Review

  • Summary-خلاصه Summary

  • The modes for opening a file.-حالت‌های باز کردن یک فایل. The modes for opening a file.

  • Open a file for read-only purpose-باز کردن یک فایل فقط برای خواندن Open a file for read-only purpose

  • Summary-خلاصه Summary

  • Open a file for overwrite-only purpose-باز کردن یک فایل فقط برای بازنویسی Open a file for overwrite-only purpose

  • Convert fasta multi-lines to fasta two-lines | Method1-تبدیل فایل چند خطی فاستا به فایل دو خطی فاستا | روش ۱ Convert fasta multi-lines to fasta two-lines | Method1

  • Convert fasta multi-lines to fasta two-lines | Method2-تبدیل فایل چند خطی فاستا به فایل دو خطی فاستا | روش ۲ Convert fasta multi-lines to fasta two-lines | Method2

  • Open a file for append-only purpose-باز کردن یک فایل فقط برای اضافه کردن Open a file for append-only purpose

  • Summary-خلاصه Summary

  • Open a file for read and write purposes-باز کردن یک فایل برای اهداف خواندن و نوشتن Open a file for read and write purposes

  • Summary-خلاصه Summary

  • Open a file for write and read purposes-باز کردن یک فایل برای اهداف نوشتن و خواندن Open a file for write and read purposes

  • Summary-خلاصه Summary

  • Open a file for append and read purposes-باز کردن یک فایل برای اهداف اضافه کردن و خواندن Open a file for append and read purposes

  • Summary-خلاصه Summary

  • Dealing with the content of the open file for the purpose of reading-کار با محتوای فایل باز شده برای هدف خواندن Dealing with the content of the open file for the purpose of reading

  • Dealing with read lines one by one-کار با خطوط خوانده شده به صورت یک به یک Dealing with read lines one by one

  • Output a list in a file-خروجی یک لیست در یک فایل Output a list in a file

  • Read files with for loop | Preserving memory from complexity-خواندن فایل‌ها با حلقه for | حفظ حافظه از پیچیدگی Read files with for loop | Preserving memory from complexity

  • The second and preferred way to open files | Don't be afraid to close files-راه دوم و ترجیحی برای باز کردن فایل‌ها | از بستن فایل‌ها نترسید The second and preferred way to open files | Don't be afraid to close files

  • Handle paths | The current path and how to go and get the contents-مدیریت مسیرها | مسیر فعلی و نحوه رفتن و دریافت محتویات Handle paths | The current path and how to go and get the contents

  • Creating a folder or folders-ایجاد یک پوشه یا پوشه‌ها Creating a folder or folders

  • Delete a folder-حذف یک پوشه Delete a folder

  • Delete folders-حذف پوشه‌ها Delete folders

  • Rename a folder or folders-تغییر نام یک پوشه یا پوشه‌ها Rename a folder or folders

Handling time and date-کار با زمان و تاریخ Handling time and date

  • Dealing with time and date-کار با زمان و تاریخ Dealing with time and date

  • Which is faster?| Calculating the time taken for two GC content calculator codes-کدام سریع‌تر است؟ | محاسبه زمان صرف شده برای دو کد محاسبه‌گر محتوای GC Which is faster?| Calculating the time taken for two GC content calculator codes

  • Dealing with a specific format of time and date in terms of output or reading-کار با یک فرمت خاص از زمان و تاریخ از نظر خروجی یا خواندن Dealing with a specific format of time and date in terms of output or reading

  • Wait in Python-انتظار در پایتون Wait in Python

Creating python function | Arranging and organizing codes in an effective format-ایجاد تابع پایتون | مرتب‌سازی و سازماندهی کدها در یک قالب موثر Creating python function | Arranging and organizing codes in an effective format

  • Modify some codes to use as examples-تغییر برخی کدها برای استفاده به عنوان مثال Modify some codes to use as examples

  • Modify some codes to use as examples-تغییر برخی کدها برای استفاده به عنوان مثال Modify some codes to use as examples

  • Create and call functions and the difference between print and return-ایجاد و فراخوانی توابع و تفاوت بین print و return Create and call functions and the difference between print and return

  • Summary-خلاصه Summary

  • The arguments and their function are pass-throughs of data across the function-آرگومان‌ها و تابع آن‌ها انتقال داده‌ها در سراسر تابع است The arguments and their function are pass-throughs of data across the function

  • Summary-خلاصه Summary

  • Global (outside) variables and local (inside) variables-متغیرهای سراسری (بیرونی) و متغیرهای محلی (داخلی) Global (outside) variables and local (inside) variables

  • Summary-خلاصه Summary

  • The required and default arguments and the argument keyword-آرگومان‌های الزامی و پیش‌فرض و کلمه کلیدی آرگومان The required and default arguments and the argument keyword

  • Summary-خلاصه Summary

  • Argument for unlimited items-آرگومان برای عناصر نامحدود Argument for unlimited items

  • Summary-خلاصه Summary

  • The lambda as an alternative function in case of small code-lambda به عنوان یک تابع جایگزین در صورت کد کوچک The lambda as an alternative function in case of small code

  • Summary-خلاصه Summary

Modules and scripts as a small product for your code-ماژول‌ها و اسکریپت‌ها به عنوان یک محصول کوچک برای کد شما Modules and scripts as a small product for your code

  • Import modules, see python paths, and import methods-وارد کردن ماژول‌ها، مشاهده مسیرهای پایتون، و روش‌های وارد کردن Import modules, see python paths, and import methods

  • Summary-خلاصه Summary

  • Combine module and script using if name == main-ترکیب ماژول و اسکریپت با استفاده از if name == main Combine module and script using if name == main

  • Summary-خلاصه Summary

  • Further clarification of the importance of if name == main-توضیحات بیشتر در مورد اهمیت if name == main Further clarification of the importance of if name == main

  • Summary-خلاصه Summary

  • Further clarification of ways to import modules or functions within modules-توضیحات بیشتر در مورد روش‌های وارد کردن ماژول‌ها یا توابع داخل ماژول‌ها Further clarification of ways to import modules or functions within modules

  • Summary-خلاصه Summary

  • Get global and local variables contained in functions-دریافت متغیرهای سراسری و محلی موجود در توابع Get global and local variables contained in functions

  • Summary-خلاصه Summary

Create a python package from scratch | Producing a python application for users-ایجاد یک بسته پایتون از ابتدا | تولید یک برنامه پایتون برای کاربران Create a python package from scratch | Producing a python application for users

  • Obtain RNA-seq data from ENA Browser - European Nucleotide Archive-دریافت داده‌های RNA-seq از ENA Browser - آرشیو نوکلئوتید اروپا Obtain RNA-seq data from ENA Browser - European Nucleotide Archive

  • Create the first module to estimate the quality of nucleotides in the FASTQ file-ایجاد اولین ماژول برای تخمین کیفیت نوکلئوتیدها در فایل FASTQ Create the first module to estimate the quality of nucleotides in the FASTQ file

  • Completing the creation of the first module-تکمیل ایجاد اولین ماژول Completing the creation of the first module

  • Summary-خلاصه Summary

  • Improve the first module to deal with several files-بهبود اولین ماژول برای کار با چندین فایل Improve the first module to deal with several files

  • Create the second module to convert a FASTQ file to a FASTA-ایجاد دومین ماژول برای تبدیل یک فایل FASTQ به FASTA Create the second module to convert a FASTQ file to a FASTA

  • Modifications to the second module-اصلاحات در دومین ماژول Modifications to the second module

  • Create the third module to extract specific IDs from the FASTQ-ایجاد سومین ماژول برای استخراج شناسه‌های خاص از FASTQ Create the third module to extract specific IDs from the FASTQ

  • Create the package | First module test-ایجاد بسته | تست اولین ماژول Create the package | First module test

  • Improving the first module to receive quality and its percentage from the user-بهبود اولین ماژول برای دریافت کیفیت و درصد آن از کاربر Improving the first module to receive quality and its percentage from the user

  • Correction of errors discovered in the first module-تصحیح خطاهای کشف شده در اولین ماژول Correction of errors discovered in the first module

  • The end | A short story for the last tip-پایان | یک داستان کوتاه برای آخرین نکته The end | A short story for the last tip

نمایش نظرات

آموزش پایتون برای زیست شناسان
جزییات دوره
10 hours
207
Udemy (یودمی) Udemy (یودمی)
(آخرین آپدیت)
949
4.2 از 5
دارد
دارد
دارد
جهت دریافت آخرین اخبار و آپدیت ها در کانال تلگرام عضو شوید.

Google Chrome Browser

Internet Download Manager

Pot Player

Winrar

Ahmed Karam, MSc Ahmed Karam, MSc

مدرس بیوانفورماتیک و ژنومیک