آموزش Bioconductor برای علم داده‌های ژنومیک - آخرین آپدیت

هفته اول Week One

• نصب R در ویندوز Installing R on Windows

• نصب R در مک Installing R on A Mac

• نصب R Studio در مک Installing R Studio on a Mac

• بیوکنداکتور (Bioconductor) چیست؟ What is Bioconductor

• نصب Bioconductor Installing Bioconductor

• وب‌سایت Bioconductor The Bioconductor Website

• منابع آنلاین مفید Useful Online Resources

• انواع پایه در R R Base Types

• مروری بر GRanges GRanges - Overview

• کاربرد پایه IRanges IRanges - Basic Usage

• پکیج GenomicRanges و GRanges GenomicRanges - GRanges

• کاربردهای پایه GRanges در GenomicRanges GenomicRanges - Basic GRanges Usage

• بخش seqinfo در GenomicRanges GenomicRanges - seqinfo

• آموزش AnnotationHub AnnotationHub

• مورد کاربردی: AnnotationHub و GRanges بخش اول Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 1

• مورد کاربردی: AnnotationHub و GRanges بخش دوم Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 2

هفته دوم Week Two

• آموزش Biostrings Biostrings

• آموزش BSgenome BSgenome

• تطبیق رشته‌ها در Biostrings Biostrings - Matching

• بخش Views در BSgenome BSgenome - Views

• مفهوم Rle در GenomicRanges GenomicRanges - Rle

• کار با لیست‌ها در GenomicRanges GenomicRanges - Lists

• آموزش GenomicFeatures GenomicFeatures

• وارد کردن داده‌ها با rtracklayer rtracklayer - Data Import

هفته سوم Week Three

• انواع داده‌های پایه Basic Data Types

• مروری بر Annotation Annotation Overview

• مروری بر ExpressionSet ExpressionSet Overview

• کار با ExpressionSet ExpressionSet

• آموزش SummarizedExperiment SummarizedExperiment

• آموزش GEOquery GEOquery

• آموزش biomaRt biomaRt

• کلاس‌های S4 در زبان R R S4 Classes

• متدهای S4 در زبان R R S4 Methods

هفته چهارم Week Four

• روش‌های انتقال داده به Bioconductor Getting data into Bioconductor

• تحلیل Short Read Short Read

• آموزش Rsamtools Rsamtools

• آموزش oligo oligo

• آموزش limma limma

• آموزش minfi minfi

• تحلیل RNA-seq بر پایه شمارش (Count-based) Count-based RNA-seq analysis