آموزش ژنتیک و توالی یابی نسل بعدی برای بیوانفورماتیک

سرفصل ها و درس ها

معرفی Introduction

• کاربردهای توالی یابی نسل بعدی Applications of Next Generation Sequencing

ژنتیک Genetics

• ساختار DNA DNA structure

• کد موجود در DNA ما The code in our DNA

• مرور تجربه شما Reviewing your experience

• استفاده از کد برای ساخت پروتئین Using the code to make proteins

• ژن ها و کروموزوم ها Genes and chromosomes

• تنوع ژنتیکی و چگونگی ایجاد آن Genetic variation and how it arises

• الگوهای وراثت: آلل غالب و مغلوب Patterns of inheritance: Dominant and Recessive alleles

• الگوهای وراثت: تسلط مشترک و سلطه ناقص Patterns of inheritance: Codominance and Incomplete Dominance

• ژن های زیادی برای یک صفت Many genes for a trait

• توارث مرتبط آلل ها Linked inheritance of alleles

توالی یابی DNA نسل بعدی Next Generation DNA Sequencing

• توالی سانگر Sanger Sequencing

• نحوه عملکرد توالی نسل بعدی How Next Generation Sequencing works

• آماده سازی کتابخانه های DNA برای NGS Preparing DNA libraries for NGS

• نقش آداپتورها در توالی یابی The role of adapters in sequencing

• مروری بر تجزیه و تحلیل داده های توالی DNA نسل بعدی Overview of Next Generation DNA Sequencing data analysis

• انواع توالی یابی Types of sequencing

• خوانده های زوج: توالی از هر دو انتها Paired reads: sequencing from both ends

• انواع واریانت های ژنتیکی Types of genetic variants

• انواع سوماتیک و سرطان Somatic variants and cancer

• NGS برای درمان شخصی سرطان NGS for personalized cancer treatment

پروژه: شروع به تجزیه و تحلیل داده های NGS کنید Project: Start Analyzing NGS Data

• کهکشان: بستری برای تحلیل Galaxy: a platform for analysis

• دریافت اطلاعات در دسترس عموم Getting publicly accessible data

• فرمت داده FastQ FastQ data format

• بررسی کیفیت با FastQC 1 Quality check with FastQC 1

• بررسی کیفیت با FastQC 2 Quality check with FastQC 2

• بهبود کیفیت با Trimmomatic Improving quality with Trimmomatic