آموزش شبیه سازی دینامیک مولکولی در نرم افزار Gromacs - آخرین آپدیت
Molecular Dynamic Simulation on Gromacs Software
آنچه یاد خواهید گرفت
- درک شبیه سازی دینامیک مولکولی در کشف مواد مخدر
- چگونه ترمودینامیک درگیر
- پارامترهای ترمودینامیک درگیر در شبیه سازی دینامیک مولکولی
- نرم افزار Gromacs: نصب، پارامترهای درگیر و اجرای
دانشآموزان شبیهسازی دینامیک مولکولی را بدون اینکه بفهمند چرا چنین پارامتری را تنظیم میکنند و چرا آن پارامترها در وهله اول وجود دارند، انجام میدهند. ما این دوره را طراحی کرده ایم تا معرفی مختصری از شبیه سازی دینامیک مولکولی و چرا پارامترهای مختلف در شبیه سازی آن وجود داشته باشد. مقدمه ای بر نرم افزار همراه با توضیح اینکه چرا ما این نرم افزار را به طور خاص انتخاب کرده ایم ارائه شده است. علاوه بر این، نحوه نصب، کارکرد و درک پارامترهای مختلف نرم افزار نیز دخیل است. در این دوره ما به سوالات مطرح نشده در مورد چرایی این امر به طور ماهرانه پاسخ خواهیم داد؟ در پایان این دوره، به جای یک ایده کلی، درک و درک خوبی از شبیه سازی دینامیک مولکولی خواهید داشت. برای مطالعه بیومولکولها، شبیهسازی دینامیک مولکولی به یک تکنیک رایج تبدیل شده است. شبیهسازیهای سیستمهای بزرگتر، با شرایط مرزی واقعیتر و نمونهبرداری بهتر به دلیل طولانیتر بودن مدت زمان نمونه، انجام میشود. شبیهسازی واقعی سیستمهای پیچیده مانند کانالهای گذرنده به تازگی امکانپذیر شده است. به عنوان مثال، انتقال پروتئین پریون عامل بیماری به یک پروتئین بیضرر مدلسازی شده است. دینامیک مولکولی علم شبیهسازی حرکات یک سیستم از ذرات که بر روی درشت مولکولهای بیولوژیکی اعمال میشود، نوسانات را در موقعیتهای نسبی اتمها در آپروتئین یا پروتئین نشان میدهد. در DNA به عنوان تابعی از زمان.
این دوره برای چه کسانی است:
- علاقه مندان به شبیه سازی دینامیک مولکولی
- دانشجویان کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکترا
معرفی Introduction
-
معرفی شبیه سازی دینامیک مولکولی Introduction of MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION
-
معرفی نرم افزار شبیه سازی دینامیک مولکولی Gromacs Introduction of Molecular Dynamics Simulation Software Gromacs
دستورات در Gromacs Commands on Gromacs
-
چگونه در Gromacs برای شبیه سازی دینامیک مولکولی دستور دهید How to Commands on Gromacs for Molecular Dynamics Simulation
-
مرحله حل و یونیزاسیون برای شبیه سازی دینامیک مولکولی Step of Solvation & ionization for molecular dynamics simulation
به حداقل رساندن انرژی Energy Minimization
-
مرحله کمینه سازی انرژی در شبیه سازی دینامیک مولکولی Energy Minimization Step in Molecular Dynamics Simulation
-
تعادل و شبیه سازی MD Equilibration and MD Simulation
-
مرحله نهایی شبیه سازی MD Final Step of MD Simulation
-
تجزیه و تحلیل شبیه سازی دینامیک مولکولی Analysis Molecular Dynamics Simulation
https://donyad.com/d/daa1
Ghafran Ali
آموزش و پرورش در بیوتکنولوژی و بیوانفورماتیک من با گروه های جستجو شده توسط بیوانفورماتیک های مختلف کار می کنم. من یک مقاله در مورد بیوانفورماتیک مانند یک سند آگاهانه نوشتم. منافع تحقیق شامل اطلاعات ژنوم، ژنومیک و بیوانفورماتیک است. در حال حاضر من برخی از پیش بینی ترکیبات Olea Europaea را به عنوان مهار کننده اصلی پپتیداز بنویسم از SARS-NCOV2 با استفاده از محیط عملیاتی مولکولی.
نمایش نظرات