لطفا جهت اطلاع از آخرین دوره ها و اخبار سایت در
کانال تلگرام
عضو شوید.
آموزش مدیریت محیطهای محاسباتی: استفاده از داکر (Docker) برای پژوهش
- آخرین آپدیت
دانلود Wrangling Computing Environments: Using Docker for Research
نکته:
ممکن هست محتوای این صفحه بروز نباشد ولی دانلود دوره آخرین آپدیت می باشد.
نمونه ویدیوها:
توضیحات دوره:
این دوره شامل تمرینات عملی در زمینه نحوه استفاده، تغییر، اشتراکگذاری و عیبیابی کانتینرها برای اهداف توسعه نرمافزارهای علمی است.
هدف از این دوره:
تجهیز فراگیران به مهارتهای پایه و اعتمادبهنفس لازم برای بهرهگیری از کانتینرها در چارچوب تحلیلهای نرمافزاری علمی.
انتظارات:
هدف این دوره آموزش ساخت کانتینرهای پیچیده نیست، بلکه معرفی مفاهیم بنیادی یکپارچهسازی مداوم و استقرار مداوم (CI/CD) به کاربران است. این دوره بر کانتینرها (Docker یا Podman) تمرکز دارد و سایر ابزارهای CI/CD را پوشش نخواهد داد.
تجهیز پژوهشگران به مهارتهای ایجاد تحلیلهای دادهای بازتولیدپذیر (Reproducible)، کارایی تمامی افراد درگیر در پروژه را افزایش میدهد. با پذیرش این نکته که کدهای تحلیل دادههای بیولوژیکی شکلی از توسعه نرمافزار هستند، میتوانیم متدهای توسعه بهینه را در تحلیلهای علمی و زمینههای نرمافزاری به کار بگیریم.
پروژههای نرمافزاری علمی ممکن است شامل موارد زیر باشند (اما محدود به آنها نیستند):
- نرمافزارهایی که به عنوان ابزاری برای تحلیل دادههای بیولوژیکی توسط دیگران استفاده میشوند
- کدهایی که عمدتاً برای تحلیل دادههای یک پروژه خاص ساخته شدهاند
- کدهایی که به عنوان یک جریان کاری (Workflow) برای مجموعهای از مراحل و تحلیلها طراحی شده و بین همکاران یا در یک آزمایشگاه بازاستفاده میشوند
- هرگونه اسکریپت و کدی که برای مدیریت دادهها در یک محیط پژوهشی ساخته شده است
- هرگونه اسکریپت و کدی که یک پژوهشگر با آن تعامل دارد
کانتینرها یکی از ابزارهای متعدد برای ایجاد تحلیلهای بازتولیدپذیر هستند. کانتینر یک محیط سبک، قابل حمل و ایزوله است که یک برنامه و وابستگیهای آن را در بر میگیرد و اجرای سازگار آن را در محیطهای محاسباتی مختلف امکانپذیر میکند. بسیاری از افرادی که بر روی دادههای سرطان تحلیل انجام میدهند، ممکن است آموزش رسمی در توسعه نرمافزار ندیده باشند و با مفهوم کانتینرها آشنا نباشند.
ویژگیهای منحصر به فرد این دوره:
- تمرینات عملی برای بررسی کاربردهای واقعی کانتینرها در پژوهشهای علمی و نرمافزاری
- فعالیتهایی برای نمایش اشتباهات رایج در هنگام استفاده از کانتینرها
- اطلاعات در مورد نحوه استفاده از دو ابزار رایج کانتینرسازی: Docker و Podman
کلمات کلیدی:
بازتولیدپذیری، کانتینرها، پادمن، داکر، توسعه نرمافزار علمی، پژوهشهای زیستپزشکی
مخاطبان هدف / دانش مورد نیاز:
- این دوره برای پژوهشگران و کارکنان مراکز تحقیقاتی طراحی شده است که علاقهمند به یادگیری استفاده از کانتینرها برای افزایش بازتولیدپذیری پژوهشها یا نرمافزارهای علمی خود هستند.
- آشنایی نسبی با پژوهشهای زیستپزشکی یا سلامت و همچنین آشنایی اولیه با برنامهنویسی (شامل bash و خط فرمان) الزامی است.
اهداف یادگیری:
- درک این موضوع که محیطهای محاسباتی متغیر هستند
- استفاده از کانتینرها برای اشتراکگذاری یک محیط محاسباتی کنترلشده
- دریافت (Pull) و استفاده از ایمیجهای داکر از فضای آنلاین
- تغییر و اصلاح ایمیجهای داکر
- ساخت ایمیج داکر از ابتدا (From Scratch)
- عیبیابی رایجترین خطاهای مربوط به داکر
دسترسیپذیری:
ما متعهد هستیم که محتوای خود را برای همه در دسترس و قابل استفاده کنیم. ما از هرگونه بازخورد شما در آدرس https://forms.gle/SzuZjct4ZQyt3Cos7 استقبال میکنیم. سوالات مربوط به تسهیلات دسترسی باید به https://studentserviceportal.force.com/s/ ارسال شود.
سرفصل ها و درس ها
مقدمه
Introduction
خوشآمدگویی
Welcome
ویدیو تخصصی
Specialization Video
چرا کانتینرها؟
Why containers?
شروع کار با کانتینرها
Getting started with Containers
استفاده از کانتینرها
Using containers
استفاده از Volumeها
Using volumes
تغییر کانتینرها
Modifying containers
تغییر کانتینرها
Modifying containers
نوشتن Dockerfileها
Writing Dockerfiles
بهترین روشها برای کار با کانتینرها
Best Practices for Containers
بهترین روشها برای اشتراکگذاری ایمیجها
Best practices for sharing images
پاکسازی
Cleaning Up
عیبیابی
Troubleshooting
جمعبندی
Wrapping up
استفاده از کانتینرها به عنوان فضای توسعه
Using containers as a dev space
نمایش نظرات