آموزش آنالیز داده‌های NGS و Microarray در بیوانفورماتیک - آخرین آپدیت

سرفصل ها و درس ها

مقدمه‌ای بر داده‌های اومیکس و گردش‌کارهای بیوانفورماتیک Introduction to Omics Data and Bioinformatics Workflows

• مقدمه Introduction

• مروری بر ژنومیک، ترانسکریپتومیک و ژنومیک کاربردی Overview of Genomics, Transcriptomics, and Functional Genomics

• دگم مرکزی و تنظیم بیان ژن Central Dogma and Gene Expression Regulation

• فناوری‌های توالی‌یابی DNA: از سنگر تا توالی‌یابی نسل جدید DNA Sequencing Technologies: From Sanger to Next-Generation Sequencing

• ژنوم ۱۰۰۰ دلاری: چگونه به اینجا رسیدیم و چرا اهمیت دارد The $1,000 Genome: How We Got Here and Why It Matters

• مقدمه‌ای بر فناوری میکرو-آرایه و تکامل آن Introduction to Microarray Technology and Its Evolution

• مقایسه NGS و میکرو-آرایه: اصول، نقاط قوت و محدودیت‌ها NGS vs. Microarray: Principles, Strengths, and Limitations

• انواع داده‌های بیولوژیکی: ژنومیک، ترانسکریپتومیک و اپی‌ژنومیک Biological Data Types: Genomic, Transcriptomic, and Epigenomic

• فرمت‌های کلیدی فایل‌های بیوانفورماتیکی (FASTA, FASTQ, GFF, SAM/BAM, VCF و غیره) Key Bioinformatics File Formats (FASTA, FASTQ, GFF, SAM/BAM, VCF, etc.)

• ساختار گردش‌کارهای NGS و میکرو-آرایه Structure of NGS and Microarray Workflows

• طراحی آزمایش در مطالعات ژنومیکی (تکرارها، کنترل‌ها، سوگیری‌ها) Experimental Design in Genomic Studies (Replicates, Controls, Biases)

• ورودی بی‌کیفیت، خروجی بی‌کیفیت: هنر طراحی آزمایش Garbage In, Garbage Out: The Art of Experimental Design

• مقدمه‌ای بر مفاهیم کیفیت داده‌ها و پیش‌پردازش Introduction to Data Quality and Preprocessing Concepts

• مقدمه‌ای بر ژنوم‌های مرجع، حاشیه‌نویسی ژن‌ها و پایگاه‌های داده Introduction to Reference Genomes, Gene Annotations, and Databases

• مروری بر ابزارها و خط لوله‌های (Pipelines) رایج بیوانفورماتیک Overview of Common Bioinformatics Tools and Pipelines

• مبانی خط فرمان و اسکریپت‌نویسی در بیوانفورماتیک Basics of Command-Line and Scripting in Bioinformatics

• مفاهیم تفسیر داده‌ها و اعتبارسنجی بیولوژیکی Data Interpretation and Biological Validation Concepts

آنالیز داده‌های NGS NGS Data Analysis

• اصول گردش‌کارهای آنالیز داده‌های NGS Fundamentals of NGS Data Analysis Workflows

• درک و بررسی فایل‌های FASTQ Understanding and Inspecting FASTQ Files

• کنترل کیفیت با FastQC Quality Control with FastQC

• حذف آداپتورها و فیلترینگ کیفی Adapter Trimming and Quality Filtering

• ژنوم مرجع و ایندکس‌گذاری Reference Genome and Indexing

• تراز کردن خوانش‌ها (Read Alignment) Read Alignment

• مدیریت، مرتب‌سازی و ایندکس‌گذاری فایل‌های SAM/BAM SAM/BAM File Handling, Sorting, and Indexing

• تولید شمارش خوانش‌ها (Read Count) Read Count Generation

• مقدمه‌ای بر پیرایش جایگزین و آنالیز ایزوفرم‌ها Introduction to Alternative Splicing and Isoform Analysis

• روش‌های نرمال‌سازی برای داده‌های NGS Normalization Methods for NGS Data

• توضیح مفاهیم TPM، FPKM و CPM در NGS The Alphabet Soup of NGS: TPM, FPKM, and CPM Explained

• اسمبل و کمی‌سازی ترانسکریپت (StringTie, Cufflinks) Transcript Assembly and Quantification (StringTie, Cufflinks)

• آنالیز بیان تفاضلی Differential Expression Analysis

• بصری‌سازی داده‌های بیان (PCA, Heatmaps, Volcano Plots) Visualization of Expression Data (PCA, Heatmaps, Volcano Plots)

• تفسیر نتایج بیان تفاضلی Interpreting Differential Expression Results

• آنالیز غنی‌سازی عملکردی (Functional Enrichment) Functional Enrichment Analysis

• مبانی Variant Calling و شناسایی SNPها Basics of Variant Calling and SNP Detection

• تکرارپذیری داده‌های NGS و روش‌های مستندسازی NGS Data Reproducibility and Documentation Practices

• ادغام نتایج NGS با سایر داده‌های اومیکس Integration of NGS Results with Other Omics Data

• خطاهای رایج و عیب‌یابی در آنالیز NGS Common Errors and Troubleshooting in NGS Analysis

• مروری بر موضوعات پیشرفته Overview of Advanced Topics

آنالیز داده‌های میکرو-آرایه Microarray Data Analysis

• مقدمه‌ای بر پروفایل بیان ژن مبتنی بر میکرو-آرایه Introduction to Microarray-Based Gene Expression Profiling

• درک ساختار داده‌های میکرو-آرایه و فرمت‌های فایل Understanding Microarray Data Structure and File Formats

• کنترل کیفیت داده‌های میکرو-آرایه Quality Control of Microarray Data

• پایگاه داده GEO و ArrayExpress GEO Database & ArrayExpress

• معدن طلای داده‌ها: چرا کشف بزرگ بعدی شما همین حالا آنلاین است The Data Goldmine: Why Your Next Big Discovery is Already Online

• بازیابی داده‌ها از پایگاه‌های داده GEO و ArrayExpress Data Retrieval from GEO and ArrayExpress Databases

• آنالیز بیان تفاضلی با استفاده از Limma Differential Expression Analysis Using Limma

• آنالیز با استفاده از Geo2R Analysis Using Geo2R

• جمع‌بندی دوره Course Summary