آموزش گزارش‌نویسی بالینی عملی با استفاده از زبان R - آخرین آپدیت

گزارش‌نویسی بالینی عملی با استفاده از R Hands On Clinical Reporting Using R

• به دوره گزارش‌نویسی بالینی عملی با R خوش آمدید! Welcome to Hands On Clinical Reporting Using R!

مبانی Fundamentals

• مقدمه‌ای بر مبانی Introduction Fundamentals

• کارآزمایی‌های بالینی فاز 3: پروتکل و SAP Phase 3 Clinical Trials - Protocol & SAP

• جمع‌آوری داده‌ها با استفاده از CRF و سایر روش‌ها Data Collection - Using CRFs and Other Means

• استانداردهای CDISC SDTM و ADaM CDISC SDTM and ADaM Standards

• بسته ارسال مدارک به FDA (آمریکا) FDA(U.S.) Submission Package

• جریان داده‌های بالینی: از داده‌های خام تا خروجی‌های نهایی Clinical Data Flow: From Raw Data to Final Outputs

مدل جدول‌بندی داده‌های مطالعه (SDTM) SDTM : Study Data Tabulation Model

• مقدمه‌ای بر SDTM Introduction SDTM

• زمینه و گردش کار Context and Workflow

• نگاشت داده‌های SDTM SDTM Data Mapping

• برنامه‌نویسی SDTM Programming SDTM

تبدیلات ADaM (مقدماتی) ADaM Transformations (Introductory)

• مقدمه Introduction

• مدل ADaM چیست؟ What is ADaM?

• ساختار مجموعه داده‌های تحلیل در سطح آزمون (ADSL) Subject-Level Analysis Dataset Structure (ADSL)

• ساختار داده‌های رخداد (OCCDS) Occurrence Data Structure (OCCDS)

• ساختار داده‌های پایه (BDS) Basic Data Structure (BDS)

• دیدگاه کلی The Vision

• استفاده از admiral و pharmaverse برای توسعه ADaM admiral and pharmaverse for ADaM Development

• ذخیره‌سازی و استفاده از متادیتای ADaM Storing and Using ADaM Metadata

• بخش اول: شیء Metacore Part 1 - Metacore Object

• بخش دوم: شیء Metacore Part 2 - Metacore Object

• بخش سوم: شیء Metacore Part 3 - Metacore Object

• کنترل کیفیت (QC) و خروجی گرفتن از ADaM QCing and Exporting ADaM

• بخش اول: دموی ADSL Part 1 - ADSL demo

• بخش دوم: دموی ADSL Part 2 - ADSL demo

• بخش سوم: دموی ADSL Part 3 - ADSL demo

• مرور ماژول Module Review

تبدیلات ADaM (پیشرفته) ADaM Transformations (Advanced)

• مقدمه‌ای بر OCCDS و ADAE Introduction to OCCDS and ADAE

• مروری بر آموزش ADAE ADAE Training Overview

• انتظارات از جلسه اول What to expect going into Session 1

• پیش‌زمینه عوارض جانبی (Adverse Events) Adverse Events background

• بسته‌های R، ابزارها و منابع مورد نیاز برای این آموزش R Packages, Tools and Resources for this training.

• شروع برنامه‌نویسی ADAE در R Getting started programming ADAE in R

• خواندن داده‌های منبع Let's read in the source data

• تبدیل مقادیر خالی به NA Converting blanks to values to NA

• ادغام متغیرهای ADSL Merging in ADSL variables

• استخراج تاریخ و زمان شروع عوارض جانبی Deriving Adverse Event Start datetime

• استخراج تاریخ و زمان پایان عوارض جانبی Deriving Adverse Event End datetime

• روزهای نسبی عارضه جانبی از اولین مواجهه با داروی مطالعه Relative days of an AE from first exposure to study drug

• مدت زمان عوارض جانبی (AE Durations) AE Durations

• انتظارات از جلسه چهارم What to expect in Session 4

• تاریخ و زمان آخرین دوز Last Dose datetime

• نحوه بررسی استخراج تاریخ و زمان آخرین دوز How to check Last Dose datetime derivation

• شدت و علیت Severity and Causality

• در این جلسه چه مباحثی پوشش داده خواهد شد؟ What will be covered in this Session?

• علامت‌گذاری عوارض جانبی ظهور یافته در حین درمان (TEAE) Flagging Treatment-Emergent AEs

• پنجره زمانی علامت‌گذاری ظهور در درمان Treatment-Emergent Flag window

• علامت‌گذاری رخداد عوارض جانبی Flagging AE Occurence

• پرس‌وجوهای استاندارد MedDRA (SMQs) و پرس‌وجوهای سفارشی (CQs) چیستند؟ What are Standard MedDRA Queries (SMQs) and Custom Queries (CQs)?

• استخراج پرس‌وجوهای استاندارد MedDRA و پرس‌وجوهای سفارشی Deriving Standard MedDRA Queries (SMQs) and Custom Queries (CQs)

• انتظارات از جلسه ششم What to expect in Session 6

• افزودن متغیرهای ADSL Adding in ADSL variables

• استخراج توالی تحلیل Deriving Analysis sequence

• خواندن مشخصات (Specifications) مدل ADaM Reading in your ADaM specifications

• بررسی متغیرها بین مجموعه داده و مشخصات Checking variables between your dataset and specifications

• حذف متغیرهای غیرضروری از مجموعه داده Dropping unneeded variables from your dataset

• ترتیب‌بندی متغیرها در مجموعه داده Ordering variables in your dataset

• مرتب‌سازی مجموعه داده بر اساس کلید مرتب‌سازی طبق مشخصات Sorting your dataset by the sort key per your specfications

• ویژگی‌های طول متغیر (Variable Length) Variable Length attributes

• ویژگی‌های برچسب متغیر (Variable Label) Variable Label attributes

• بررسی اصطلاحات کنترل شده (Controlled Terminology) Controlled-Terminology checks

• بررسی نهایی XPT و تبدیل آن Final XPT check and conversion

• مرور ماژول Module Review

جداول و نمودارهای استاتیک (NEST) Static TLGs (NEST)

• ایجاد TLGهای استاتیک برای گزارش‌دهی بالینی با R Creating static TLGs for clinical reporting with R

• درس اول: مقدمه و مفاهیم Lesson 1: Introduction & Concepts

• مفاهیم پایه TLGها Basic concepts of TLGs

• چگونه تصمیم بگیریم کدام TLGها مورد نیاز هستند؟ How to decide on which TLGs are needed?

• مراحل توسعه TLG Stages of TLG development

• مقدمه‌ای بر NEST Introduction to NEST

• بسته‌های کلیدی برای توسعه TLG Key packages for TLG development

• مروری بر درس اول Lesson 1 Overview

• مقدمه‌ای بر درس دوم Introduction to Lesson 2

• مقدمه‌ای بر بسته Tern Introduction to the Tern package

• توابع تحلیل Tern Tern analyze functions

• بسته rtables چیست؟ What is rtables?

• مفهوم rtables Concept of rtables

• مقدمه‌ای بر دموها Introduction to demonstrations

• جدول جمعیت‌شناختی (Demography Table) Demography table

• بررسی گام‌به‌گام جدول جمعیت‌شناختی Demography table walk-through

• جمع‌بندی جدول جمعیت‌شناختی Demography table conclusion

• مقدمه‌ای بر جدول عوارض جانبی Adverse Event table introduction

• بررسی گام‌به‌گام عوارض جانبی Adverse Event walk-through

• جمع‌بندی جدول عوارض جانبی Adverse Event Table conclusion

• مقدمه‌ای بر جدول پاسخ (Response Table) Response Table Introduction

• پیش‌پردازش داده‌ها برای جدول پاسخ Response table - preprocessing the data

• بررسی گام‌به‌گام جدول پاسخ - بخش اول Response table walk-through part 1

• بررسی گام‌به‌گام جدول پاسخ - بخش دوم Response Table walk-through part 2

• جدول پاسخ - بخش سوم Response Table part 3

• بررسی گام‌به‌گام جدول پاسخ - بخش چهارم Response table walk-through part 4

• جمع‌بندی بررسی گام‌به‌گام جدول پاسخ Response Table walk-through conclusion

• جمع‌بندی درس دوم Lesson 2 conclusion

• مقدمه‌ای بر کاتالوگ TLG Introduction to TLG Catalog

• ساختار کاتالوگ TLG Anatomy of TLG Catalog

• بازخورد به کاتالوگ TLG Feedback to TLG Catalog

• دموی کاتالوگ TLG - بخش اول TLG Catalog Demo Part 1

• دموی کاتالوگ TLG - بخش دوم TLG Catalog Demo Part 2

• خلاصه درس سوم Lesson 3 Summary

• بیشتر درباره بسته‌های NEST More on NEST packages

• تلاش‌های همکاری صنعتی Industry collaboration efforts

نمایش تعاملی داده‌ها Interactive Data Displays

• انگیزه برای نمایش تعاملی داده‌ها Motivation for Interactive Data Displays

• مقدمه Introduction

• بسته teal چیست؟ What is teal?

• دموی teal Teal demo

• ویژگی‌های کلیدی teal Teal key features

• بسته teal چگونه کار می‌کند؟ How does teal work?

• دموی ماژول‌ها با استفاده از teal.gallery Demo modules using teal.gallery

• استفاده از teal به عنوان یک دانشمند داده Using teal as a data scientist

• مقدمه Introduction

• راهنمای نصب teal Teal installation guide

• گردش کار توسعه اپلیکیشن App development worflow

• راه‌اندازی پروژه اپلیکیشن App project setup

• اولین اپلیکیشن teal First teal app

• فیلترها در teal Filters in teal

• فیلترهای پیشرفته Advanced filters

• مقدمه Introduction

• گردش کار توسعه اپلیکیشن teal Teal app development workflow

• ماژول‌های بررسی داده‌ها Data review modules

• بارگذاری داده‌ها Loading data

• تکرارپذیری کد (Code reproducibility) Code reproducibility

• پردازش داده‌های ورودی Processing input data

• افزودن ماژول جدول جمعیت‌شناختی Adding a demographics table module

• افزودن ماژول جدول عوارض جانبی Adding an adverse events table module

• افزودن ماژول نمودار KM Adding a KM plot module

• ساخت اپلیکیشن کامل Build the full app

• مرور ماژول Module review

جمع‌بندی Conclusion

• جمع‌بندی Conclusion