آموزش مبانی تحقیقات بیوانفورماتیک - از ایده تا مقاله

سرفصل ها و درس ها

معرفی Introduction

• مقدمه دوره Intro to the course

برنامه درسی Study Plan

• برنامه درسی Study Plan

تجزیه و تحلیل داده ها و دستکاری Data analysis and Manipulation

• تهیه داده ها Procuring Data

• دستکاری داده Data Manipulation

یافتن ژن‌های با بیان متفاوت (DEG) Finding the Differentially Expressed Genes (DEGs)

• ایجاد نمودار ون Creating Venn diagram

شناسایی ژن های هاب از شبکه برهمکنش پروتئین-پروتئین Identifying Hub genes from Protein-protein interaction network

• ایجاد PPI و استفاده از ابزار STRING و شناسایی ژن های Hub با استفاده از Cytoscape Creating PPI and using STRING tool and identifying Hub genes using Cytoscape

شناسایی داروهای مرتبط با ژن هاب Identifying drugs associated with hub genes

• شناسایی داروها با استفاده از پایگاه داده تداخل ژن دارویی (DGIdb) Identification of drugs using Drug gene interaction database (DGIdb)

غربالگری داروها Screening of drugs

• استفاده از DruLiTo و OSIRIS برای غربالگری مواد مخدر Using DruLiTo and OSIRIS for Screening of Drugs

مطالعه اتصال مولکولی Molecular Docking study

• دانلود فایل های PDB پروتئین ها Downloading PDB files of proteins

• نصب UCSF Chimera و AutoDock Vina UCSF Chimera and AutoDock Vina Installation

• به حداقل رساندن انرژی پروتئین و آماده سازی پروتئین برای اتصال مولکولی Energy minimization of protein and preparing the protein for molecular docking

• به حداقل رساندن انرژی لیگاند و آماده سازی آن برای اتصال Energy minimization of ligand and preparing it for docking

• پیدا کردن جیب برای پروتئین مورد علاقه ما Finding pockets for our protein of interest

• fpocket fpocket

• مطالعه اتصال مولکولی Molecular Docking study

• ایجاد فایل پیچیده متصل شده Creating the docked complex file

• مفهوم داروی کنترلی Concept of Control drug

• تجسم مجتمع اسکله Visualization of the docked complex

تولید تصاویر با کیفیت نشریه Producing publication quality images

• استفاده از Adobe Photoshop برای تولید تصاویر برای انتشار Using Adobe Photoshop for producing images for publication

• استفاده از Adobe Photoshop برای تولید تصاویر با کیفیت انتشار Using Adobe Photoshop for Producing publication quality images

تجزیه و تحلیل غنی سازی Enrichment analysis

• تجزیه و تحلیل غنی سازی با استفاده از Enrichr Enrichment analysis using Enrichr

شناسایی microRNA های مرتبط با ده ژن هاب برتر Identification of microRNAs associated with top ten hub genes

• استفاده از miRNet برای شناسایی microRNA های مرتبط با ده ژن هاب برتر Using miRNet for identification of microRNAs associated with top ten hub genes

نوشتن اولین مقاله Writing your first paper

• آناتومی مقاله پژوهشی و انتخاب مجله صحیح Anatomy of a research article and selection of correct journal

• تهیه نسخه خطی برای مجله و استفاده از Zotero برای مدیریت مرجع Preparing manuscript for journal and using Zotero for reference management

• در حال آپلود دستنوشته خود در BioRxiv Uploading your manuscript to BioRxiv

نتیجه گیری دوره Course Conclusion

• نتیجه گیری دوره Course Conclusion