آموزش مبانی تحقیقات بیوانفورماتیک - از ایده تا مقاله

Basics of Bioinformatics research - from idea to article

نکته: آخرین آپدیت رو دریافت میکنید حتی اگر این محتوا بروز نباشد.
توضیحات دوره: اصول اولیه طراحی دارو به کمک رایانه و نحوه انتشار اولین مقاله خود را از ابتدا در بیوانفورماتیک بیاموزید. انجام تجزیه و تحلیل بیان ژن ایجاد نقشه تعامل پروتئین-پروتئین و محاسبه ژن هاب با استفاده از Cytoscape غربالگری اهداف دارویی بالقوه تجزیه و تحلیل ADMET داروهای DruLito و OSIRIS انجام اتصال مولکولی با استفاده از Autodock Vina تجسم کمپلکس داک شده با استفاده از Biovia Discovery Studio Enrichment تجزیه و تحلیل microRNA با استفاده از EnrichR Finding مرتبط با ژن هاب با استفاده از آماده سازی miRNet Manuscript و با استفاده از ابزار مدیریت کتابشناختی (Zotero استفاده خواهد شد) یک مجله مناسب (نمایه شده Scopus و همچنین نمایه شده PubMed) برای اولین مقاله خود انتخاب کنید. آپلود مقاله در BioRxiv (دریافت DOI برای اولین مقاله) پیش نیازها: نیازی به دانش قبلی در مورد نرم افزارهای کشف دارو نیست زیرا در این دوره از کدنویسی استفاده نشده است. می خواهند کار تحقیقاتی خود را شروع کنند این دوره برای همه کسانی است که علاقه مند به یادگیری طراحی دارو به کمک رایانه هستند این دوره برای کسانی است که علاقه مند به یادگیری داکینگ مولکولی هستند این دوره برای کسانی است که به بیوانفورماتیک علاقه مند هستند این دوره برای آنها در نظر گرفته شده است. برای همه کسانی که علاقه مند به یادگیری بیوانفورماتیک هستند (رویکرد پروژه محور)

راهنمای کامل برای توسعه ایده‌ها برای تحقیقات درون سیلیکو تا انتشار مقاله - بله این چیزی است که شما دریافت می‌کنید

از توسعه ایده برای تحقیق گرفته تا نوشتن و انتشار مقاله، بله این چیزی است که به دست می آورید. اصول اولیه تجزیه و تحلیل داده ها را برای تجزیه و تحلیل بیان ژن، اتصال مولکولی، تجسم کمپلکس داک شده، تجزیه و تحلیل غنی سازی، شناسایی microRNA تولید تصاویر با کیفیت انتشار، نوشتن مقاله تحقیقاتی به درستی، و استفاده از Zotero - یک ابزار مدیریت مرجع رایگان، بیاموزید. در این دوره، ایده مناسبی در مورد اینکه چگونه می‌توان از مجموعه‌ای از ژن‌ها برای طراحی داروها استفاده کرد و اینکه چگونه با استفاده از تکنیک‌های اتصال مولکولی می‌توانیم نتایج خود را برای بهترین دارو تأیید کنیم، دریافت خواهید کرد. همچنین پس از اتمام جلسه آموزشی عملی مرتبط با این دوره، ایده خوبی از "تغییر مصرف دارو" خواهید داشت. هیچ دانش یا مهارت قبلی برای رسیدن به این دوره مورد نیاز نیست و این دوره عمداً برای زبان آموزان جدید ساده نگه داشته می شود.

در این دوره، شما تمام مهارت های لازم برای نوشتن یک مقاله تحقیقاتی به تنهایی، دستورالعمل هایی برای انتخاب یک مجله مناسب برای مقاله خود را دریافت خواهید کرد و همچنین می توانید این ایده های تحقیقاتی را به آزمایشات آزمایشگاهی مرطوب نیز تعمیم دهید.

بهترین ها :)


سرفصل ها و درس ها

معرفی Introduction

  • مقدمه دوره Intro to the course

برنامه درسی Study Plan

  • برنامه درسی Study Plan

تجزیه و تحلیل داده ها و دستکاری Data analysis and Manipulation

  • تهیه داده ها Procuring Data

  • دستکاری داده Data Manipulation

یافتن ژن‌های با بیان متفاوت (DEG) Finding the Differentially Expressed Genes (DEGs)

  • ایجاد نمودار ون Creating Venn diagram

شناسایی ژن های هاب از شبکه برهمکنش پروتئین-پروتئین Identifying Hub genes from Protein-protein interaction network

  • ایجاد PPI و استفاده از ابزار STRING و شناسایی ژن های Hub با استفاده از Cytoscape Creating PPI and using STRING tool and identifying Hub genes using Cytoscape

شناسایی داروهای مرتبط با ژن هاب Identifying drugs associated with hub genes

  • شناسایی داروها با استفاده از پایگاه داده تداخل ژن دارویی (DGIdb) Identification of drugs using Drug gene interaction database (DGIdb)

غربالگری داروها Screening of drugs

  • استفاده از DruLiTo و OSIRIS برای غربالگری مواد مخدر Using DruLiTo and OSIRIS for Screening of Drugs

مطالعه اتصال مولکولی Molecular Docking study

  • دانلود فایل های PDB پروتئین ها Downloading PDB files of proteins

  • نصب UCSF Chimera و AutoDock Vina UCSF Chimera and AutoDock Vina Installation

  • به حداقل رساندن انرژی پروتئین و آماده سازی پروتئین برای اتصال مولکولی Energy minimization of protein and preparing the protein for molecular docking

  • به حداقل رساندن انرژی لیگاند و آماده سازی آن برای اتصال Energy minimization of ligand and preparing it for docking

  • پیدا کردن جیب برای پروتئین مورد علاقه ما Finding pockets for our protein of interest

  • fpocket fpocket

  • مطالعه اتصال مولکولی Molecular Docking study

  • ایجاد فایل پیچیده متصل شده Creating the docked complex file

  • مفهوم داروی کنترلی Concept of Control drug

  • تجسم مجتمع اسکله Visualization of the docked complex

تولید تصاویر با کیفیت نشریه Producing publication quality images

  • استفاده از Adobe Photoshop برای تولید تصاویر برای انتشار Using Adobe Photoshop for producing images for publication

  • استفاده از Adobe Photoshop برای تولید تصاویر با کیفیت انتشار Using Adobe Photoshop for Producing publication quality images

تجزیه و تحلیل غنی سازی Enrichment analysis

  • تجزیه و تحلیل غنی سازی با استفاده از Enrichr Enrichment analysis using Enrichr

شناسایی microRNA های مرتبط با ده ژن هاب برتر Identification of microRNAs associated with top ten hub genes

  • استفاده از miRNet برای شناسایی microRNA های مرتبط با ده ژن هاب برتر Using miRNet for identification of microRNAs associated with top ten hub genes

نوشتن اولین مقاله Writing your first paper

  • آناتومی مقاله پژوهشی و انتخاب مجله صحیح Anatomy of a research article and selection of correct journal

  • تهیه نسخه خطی برای مجله و استفاده از Zotero برای مدیریت مرجع Preparing manuscript for journal and using Zotero for reference management

  • در حال آپلود دستنوشته خود در BioRxiv Uploading your manuscript to BioRxiv

نتیجه گیری دوره Course Conclusion

  • نتیجه گیری دوره Course Conclusion

نمایش نظرات

نظری ارسال نشده است.

آموزش مبانی تحقیقات بیوانفورماتیک - از ایده تا مقاله
خرید اشتراک و دانلود خرید تکی و دانلود | 160,000 تومان (5 روز مهلت دانلود) زمان تقریبی آماده سازی لینک دانلود این دوره آموزشی حدود 5 تا 24 ساعت می باشد.
جزییات دوره
3.5 hours
26
Udemy (یودمی) udemy-small
26 آبان 1401 (آخرین آپدیت رو دریافت می‌کنید، حتی اگر این تاریخ بروز نباشد.)
335
4.8 از 5
دارد
دارد
دارد

Google Chrome Browser

Internet Download Manager

Pot Player

Winrar

Souvik Chakraborty Souvik Chakraborty

مدرس فیزیولوژی انسانی

Udemy (یودمی)

یودمی یکی از بزرگ‌ترین پلتفرم‌های آموزشی آنلاین است که به میلیون‌ها کاربر در سراسر جهان امکان دسترسی به دوره‌های متنوع و کاربردی را فراهم می‌کند. این پلتفرم امکان آموزش در زمینه‌های مختلف از فناوری اطلاعات و برنامه‌نویسی گرفته تا زبان‌های خارجی، مدیریت، و هنر را به کاربران ارائه می‌دهد. با استفاده از یودمی، کاربران می‌توانند به صورت انعطاف‌پذیر و بهینه، مهارت‌های جدیدی را یاد بگیرند و خود را برای بازار کار آماده کنند.

یکی از ویژگی‌های برجسته یودمی، کیفیت بالای دوره‌ها و حضور استادان مجرب و با تجربه در هر حوزه است. این امر به کاربران اعتماد می‌دهد که در حال دریافت آموزش از منابع قابل اعتماد و معتبر هستند و می‌توانند به بهترین شکل ممکن از آموزش‌ها بهره ببرند. به طور خلاصه، یودمی به عنوان یکی از معتبرترین و موثرترین پلتفرم‌های آموزشی آنلاین، به افراد امکان می‌دهد تا به راحتی و با کیفیت، مهارت‌های مورد نیاز خود را ارتقا دهند و به دنبال رشد و پیشرفت شغلی خود باشند.