آموزش بیوانفورماتیک را از ابتدا بیاموزید (تئوری و عملی)

سرفصل ها و درس ها

ماژول 1 پایگاه های داده Module 1 Databases

• تعریف پایگاه های داده Definition of Databases

• طراحی پایگاه داده Database Design

• کشف دانش Knowledge Discovery

• پایگاه های بیولوژیکی Biological Databases

• نکات کلیدی صفحه اصلی را در نظر بگیرید Take Home Key Points

• عملی -1: پایگاه داده نوکلئوتیدی NCBI Practical -1: NCBI Nucleotide Database

• عملی-2: بانک اطلاعات پروتئین (PDB) Practical-2: Protein Databank (PDB)

• آزمون 1 Quiz 1

• تکلیف 1 Assignment 1

ماژول 1 پایگاه های داده Module 1 Databases

ماژول 2 تراز توالی Module 2 Sequence Alignment

• Sequence Alignment چیست؟ What is Sequence Alignment?

• چند اصطلاح مهم Some Important Terms

• انواع تراز توالی Types of Sequence Alignment

• الگوریتم ها چیست؟ What is Algorithms?

• الگوریتم ماتریس نقطه; چگونه کار می کند؟ Dot Matrix Algorithm; How Does It Work?

• الگوریتم ماتریس نقطه; چگونه نتایج را تفسیر کنیم؟ Dot Matrix Algorithm; How to Interpret The Results?

• الگوریتم ماتریس نقطه; شناسایی توالی های تکراری Dot Matrix Algorithm; Identification of Repeat Sequences

• الگوریتم ماتریس نقطه; مزایا در مقابل معایب Dot Matrix Algorithm; Advantages Vs Disadvantages

• عملی-3: DotMatcher برای مقایسه کیفی توالی Practical-3: DotMatcher for Qualitative Comparison of Sequence

• تکلیف 2 Assignment 2

• روش برنامه نویسی پویا: چگونه کار می کند؟ Dynamic Programming Method: How Does It Work?

• چگونه ماتریس امتیازدهی را به تراز تبدیل کنیم؟ How to Transform Scoring Matrix to Alignment?

• برنامه نویسی پویا؛ چند اصطلاح مهم برای درک Dynamic Programming; Some Important Terms to Understand

• مقایسه بین DotMatrix و برنامه نویسی پویا Comparison Between DotMatrix and Dynamic Programming

• عملی-4: همترازی توالی جفتی جهانی با استفاده از توالی های DNA Practical-4: Global Pairwise Sequence Alignment Using DNA Sequences

• عملی-5: همترازی توالی دو به دو با استفاده از پروتئین Practical-5: Pairwise Sequence Alignment Using Protein

• عملی-6: توالی زوجی محلی Practical-6: Local Pairwise Sequence

• تکلیف 3 Assignment 3

• مقدمه ای بر جستجوی پایگاه داده انفجار Introduction to Database Searching; BLAST

• نوع الگوریتم ها Type of Algorithms

• الگوریتم ورد چگونه کار می کند؟ (قسمت 1) How Does Word Algorithm Work? (Part-1)

• الگوریتم ورد چگونه کار می کند؟ (قسمت 2) How Does Word Algorithm Work? (Part-2)

• اصطلاحی مهم برای الگوریتم ورد A Important Term For Word Algorithm

• مقادیر مهم آماری برای ارزیابی نتایج BLAST Important Statistical Values to Evaluate the BLAST Results

• انواع مختلف BLAST مرتبط با پایگاه های داده NCBI Different Type of BLAST Associated with NCBI Databases

• عملی -7: نحوه استفاده از برنامه BLAST Practical -7: How to Use BLAST Program

• تکلیف 4 Assignment 4

• اختیاری: نحوه استفاده از PSI-BLAST Optional: How to Use PSI-BLAST

• تراز چند توالی; یک مقدمه Multiple Sequence Alignment; An Introduction

• الگوریتم های تراز چند سکانسی Algorithms for Multiple Sequence Alignment

• الگوریتم تراز توالی پیشرونده Progressive Sequence Alignment Algorithm

• ابزارهایی برای تراز چند سکانسی Tools for Multiple Sequence Alignment

• عملی -8: نحوه استفاده از CLUSTAL-W Practical -8: How to Use CLUSTAL-W

• عملی -9: نحوه استفاده از T-COFFEE Practical -9: How to Use T-COFFEE

• تکلیف 5 Assignment 5

• آزمون 2 Quiz 2

ماژول 2 تراز توالی Module 2 Sequence Alignment

ماژول 3: بیوانفورماتیک ژنومیک Module 3: Genomic Bioinformatics

• معرفی ماژول 3 Introduction of Module 3

• DNA چیست؟ What is DNA?

• DNA ما در کجا قرار دارد؟ Where Is Our DNA is Located?

• نقش DNA چیست؟ What Is Role of DNA?

• ژن چه چیزی دارد؟ What Does Gene Have?

• الگوریتم های پیش بینی ژن-1 Algorithms for Gene Prediction-1

• الگوریتم‌های پیش‌بینی ژن-2 Algorithms for Gene Prediction-2

• GC-Bias و کد تست. یک نوع الگوریتم Ab-Initio GC-Bias and Test Code; An Ab-initio Type of Algorithm

• معرفی مدل مارکوف (بخش اول) Introduction of Markov Model (Part-1)

• معرفی مدل مارکوف (بخش دوم) Introduction of Markov Model (Part-2)

• یادگیری ماشین و پیش‌بینی ژن Machine Learning and Gene Prediction

• عملی-10: پیش بینی ژن پروکاریوتی Practical-10: Prediction of Prokaryotic Gene

• عملی-10.1 پیش بینی عناصر تنظیم کننده پروکاریوتی Practical-10.1 Prediction of Prokaryotic Regulatory Elements

• عملی-11 پیش بینی ژن یوکاریوتی Practical-11 Prediction of Eukaryotic Gene

• تکلیف 6 Assignment 6

• تکلیف 7 Assignment 7

• امتحان 3 Quiz 3

ماژول 3: بیوانفورماتیک ژنومیک Module 3: Genomic Bioinformatics

ماژول 4: بیوانفورماتیک ساختاری Module 4: Structural Bioinformatics

• معرفی ماژول 4 Introduction of Module 4

• پروتئین چیست؟ (قسمت 1) What is Protein? (Part-1)

• پروتئین چیست؟ (قسمت 2) What is Protein? (Part-2)

• چند نکته مهم Some Important Points

• نقش اسیدهای آمینه در ساختار سه بعدی Role of Amino Acids in 3D Structure

• پیوند پپتیدی؛ ارتباط بین اسیدهای آمینه Peptide Bond; A link between Amino Acids

• باند دوگانه در طرح پپتید باند و راماچاندران Double Bond like Character in Peptide Bond & Ramachandran Plot

• نیروهای تثبیت کننده ساختار پروتئین Forces Stabilizing The Protein Structure

• ساختارهای ثانویه پروتئین ها Secondary Structures of Proteins

• عملی 13: تجسم ساختار پروتئین در Pymol (قسمت 1) Practical 13: Visualization of Protein Structure in Pymol (Part-1)

• چرا پیش‌بینی ساختار پروتئین بسیار مهم است؟ Why Protein Structure Prediction is So Important?

• الگوریتم های پیش بینی ساختار ثانویه پروتئین (قسمت 1) Protein Secondary Structure Prediction Algorithms (Part-1)

• الگوریتم های پیش بینی ساختار ثانویه پروتئین (قسمت 2) Protein Secondary Structure Prediction Algorithms (Part-2)

• عملی-15: پیش بینی ساختار ثانویه پروتئین کروی Practical-15: Prediction of Globular Protein Secondary Structure

• تکلیف 8 Assignment 8

• الگوریتم پیش‌بینی ساختار ثانویه پروتئین‌های گذرنده Algorithm for Secondary Structure Prediction of Transmembrane Proteins

• عملی-16: پیش بینی ساختار ثانویه مارپیچ گذرنده Practical-16: Prediction of Transmembrane Helix Secondary Structure

• تکلیف 9 Assignment 9

• الگوریتم های پیش بینی ساختار سه بعدی 3D Structure Prediction Algorithms

• الگوریتم مبتنی بر همسانی (بخش 1) Homology Based Algorithm (Part-1)

• الگوریتم مبتنی بر همسانی (بخش 2) Homology Based Algorithm (Part-2)

• الگوریتم مبتنی بر همسانی (بخش 3) Homology Based Algorithm (Part-3)

• الگوریتم مبتنی بر همسانی (بخش 4) Homology Based Algorithm (Part-4)

• اعتبارسنجی مدل و ترسیم الگوریتم مبتنی بر همسانی Model Validation & Draw back of Homology Based Algorithm

• عملی-17: پیش بینی ساختار سه بعدی با استفاده از مدل سازی همسانی (Mdeller) Practical-17: Prediction of 3D structure Using Homology Modeling (Mdeller)

• تکلیف 10 Assignment 10

• الگوریتم نخ برای پیش بینی ساختار سه بعدی Threading Algorithm for 3D Structure Prediction

• عملی-18: پیش بینی ساختار سه بعدی با استفاده از تکنیک نخ (I-TASSER) Practical-18: Prediction of 3D structure Using Threading Technique (I-TASSER)

• تکلیف 11 Assignment 11

• (اختیاری) Practical-18.1: استفاده از InterPro (Optional) Practical-18.1: Use of InterPro

• (اختیاری) عملی-20: نحوه اجرای Docking به راحتی با استفاده از Vina (Optional) Practical-20: How to Perform Docking Easily Using Vina

• (اختیاری) عملی-21: نحوه تجزیه و تحلیل داده های اتصال (Optional) Practical-21: How to Analyze the Docking Data

• (اختیاری) عملی 3: پایگاه داده ZINC برای جستجوی مواد مخدر (Optional) Practical 3: ZINC Database for Drug Searching

• آزمون 4 Quiz 4

• (بسیار مهم) عملی نحوه استفاده از Alpha-Fold را یاد بگیرید (Very Important) Practical Learn How to Use Alpha-Fold

• سرور GOR-IV دیگری را برای پیش بینی ساختار ثانویه به روز کنید Update Another GOR-IV Server for Secondary Structure Predictions

• چگونه در Pymol تصاویر با کیفیت انتشار بسازیم؟ (خیلی مهم) How to Make Publication Quality Images In Pymol? (Very Important)

ماژول 4: بیوانفورماتیک ساختاری Module 4: Structural Bioinformatics

ماژول 5: بیوانفورماتیک تکاملی Module 5: Evolutionary Bioinformatics

• تکامل و فیلوژنتیک چیست؟ What is Evolution and Phylogenetics

• چند اصطلاح مهم برای درک درخت فیلوژنتیک Some Important Terms To Understand Phylogenetic Tree

• انواع مختلف درختان فیلوژنتیک Different Type of Phylogenetic Trees

• مراحل ساخت درخت فیلوژنتیک Steps To Construct Phylogenetic Tree

• انتخاب نشانگر مولکولی برای ساخت درخت Selection of Molecular Marker for Tree Construction

• تراز برای ساخت و ساز درخت Alignment for Tree Construction

• انتخاب مدل تکاملی Evolutionary Model Selection

• روش های ساخت درخت Methods To Construct Tree

• اعتبارسنجی درخت با بوت استرپینگ Validation of Tree By Bootstrapping

• عملی -19: ساخت درخت فیلوژنتیک Practical -19: Building Phylogenetic Tree

• تکلیف 12 Assignment 12

• آزمون 5 Quiz 5

ماژول 5: بیوانفورماتیک تکاملی Module 5: Evolutionary Bioinformatics

ماژول 6 (اختیاری) Module 6 (Optional)

• عملی-22: نحوه نصب لینوکس در ویندوز برای تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک Practical-22: How to install Linux in Windows for Bioinformatics Analysis

• عملی-23: نحوه نصب Gromacs در ویندوز Practical-23: How to Install Gromacs in Windows

• عملی-24: نحوه دانلود Chemsketch Practical-24: How to Download Chemsketch

• عملی-25: طراحی لیگاند و ساخت ساختار سه بعدی لیگاند Practical-25: Ligand Drawing and Making of Ligand 3D Structure

ماژول 6 (اختیاری) Module 6 (Optional)

به روز رسانی های اخیر در بیوانفورماتیک Recent Updates In Bioinformatics

• به روز رسانی اخیر در مورد بانک اطلاعات پروتئین Recent Update About Protein Databank

به روز رسانی های اخیر در بیوانفورماتیک Recent Updates In Bioinformatics