آموزش مبانی لینوکس برای بیوانفورماتیک: مهارتی ضروری - آخرین آپدیت

سرفصل ها و درس ها

مقدمه Introduction

• لینوکس چیست؟ What is Linux?

• ماشین مجازی چیست؟ What is Virtual Machine?

• توزیع‌های لینوکس Linux distributions

• چگونه می‌توانم VM را نصب کنم؟ How can I install VM?

• نصب اوبونتو و نحوه ایجاد ماشین مجازی شما Ubuntu Installation and How to Create Your Virtual Machine

مبانی Fundamentals

• ترمینال چیست و چرا از آن استفاده می‌کنیم؟ اولین دستور ما اینجاست! What is terminal and why we use it? Here is our first command!

• mkdir، cat mkdir, cat

• pwd، cd pwd, cd

• جابجایی بین دایرکتوری‌ها Moving between directories

• آزمون 1 Quiz 1

• دستور ls و مفهوم wildcard ls Command and The Concept of Wildcard

• مجوزهای فایل (chmod) Files Permissions (chmod)

• مجوزهای فایل با استفاده از حالت عددی Files Permissions using Numeric Mode

• دستور rm rm Command

• دستور mv mv Command

• دستور cp cp Command

• تمرین خط فرمان لینوکس – 1 Linux Command Practice Assignment-1

اولین آموزش واقعی ما Our First Real Tutorial

• grep grep

• sed sed

• sort sort

• uniq uniq

• آموزش عملی هیجان‌انگیز ما! Our Exciting Practical Tutorial!

• توضیح در مورد تکلیف آینده - فایل FASTQ Explanation Regarding the Upcoming Assignment - FASTQ File

• تکلیف: 2 Assignment: 2

شروع اسکریپت‌نویسی Bash را آغاز کنیم! Let's Start our Bash Scripting!

• شل (Shell) و باش (Bash) چیست؟ What is Shell and Bash?

• اولین اسکریپت ما با استفاده از حلقه 'for'! Our First Script Using 'for' Loop!

• متغیر (Variable) چیست؟ What is The Variable?

• ویرایشگر متن Vim Vim Text Editor

• مورد 1 Case-1

• مورد 2 Case-2

• ویرایشگر متن Nano Nano Text Editor

• مورد 3 - عبارت شرطی if بخش 1 Case-3 - if Statement Part-1

• مورد 4 - عبارت شرطی if بخش 2 Case-4 - if Statement Part-2

• مورد 5 - عبارت شرطی if در بیوانفورماتیک Case-5 - if Statement in Bioinformatics

• حلقه 'for' چیست؟ مثال: 1 What is 'for' Loop? Example: 1

• حلقه 'for' در بیوانفورماتیک - مثال: 2 'for' Loop in Bioinformatics - Example: 2

• حلقه 'while' چیست؟ مثال: 1 What is 'while' Loop? Example: 1

• حلقه 'while' در بیوانفورماتیک - مثال: 2 'while' Loop in Bioinformatics - Example: 2

• محاسبه محتوای GC توالی‌های DNA با استفاده از اسکریپت Bash Calculating GC Content of DNA Sequences Using a Bash Script

• حلقه 'while' در بیوانفورماتیک - مثال: 3 'while' Loop in Bioinformatics - Example: 3

• پیامی به دانشجویان پرتلاش من! A Message to my Dedicated Students!

• تکلیف: 3 Assignment: 3

• تکلیف: 4 Assignment: 4

• تکلیف: 5 Assignment: 5

هم‌ترازی توالی با استفاده از GUI و CLI Sequence Alignment Using GUI & CLI

• در این بخش چه چیزی یاد خواهید گرفت؟ What You will Learn in This Section?

• هم‌ترازی توالی Sequence Alignment

• هم‌ترازی چندتایی توالی با MUSCLE - مبتنی بر GUI Multiple Sequence Alignment by MUSCLE - GUI Based

• هم‌ترازی چندتایی توالی با MUSCLE - مبتنی بر CLI Multiple Sequence Alignment by MUSCLE - CLI Based

• پایان The End