آموزش الگوریتم‌های توالی‌یابی DNA - آخرین آپدیت

توالی‌یابی DNA، رشته‌ها و تطبیق DNA sequencing, strings and matching

• معرفی ماژول ۱ Module 1 Introduction

• درس: چرا این موضوع را مطالعه کنیم؟ Lecture: Why study this?

• درس: توالی‌یابی DNA در گذشته و حال Lecture: DNA sequencing past and present

• درس: ژنوم‌ها به عنوان رشته و خوانش‌ها به عنوان زیررشته Lecture: Genomes as strings, reads as substrings

• درس: تعاریف رشته‌ها و مثال‌های پایتون Lecture: String definitions and Python examples

• کارگاه: مبانی رشته‌ها Practical: String basics

• کارگاه: مدیریت رشته‌های DNA Practical: Manipulating DNA strings

• کارگاه: دانلود و تجزیه یک ژنوم Practical: Downloading and parsing a genome

• درس: DNA چگونه کپی می‌شود Lecture: How DNA gets copied

• درس اختیاری: نحوه عملکرد توالی‌یاب‌های نسل دوم Optional lecture: How second-generation sequencers work

• درس اختیاری: خطاهای توالی‌یابی و کیفیت بازها Optional lecture: Sequencing errors and base qualities

• درس: خوانش‌های توالی‌یابی در فرمت FASTQ Lecture: Sequencing reads in FASTQ format

• کارگاه: کار با خوانش‌های توالی‌یابی Practical: Working with sequencing reads

• کارگاه: تحلیل خوانش‌ها بر اساس موقعیت Practical: Analyzing reads by position

• درس: توالی‌یاب‌ها قطعات پازل ژنومیک را ارائه می‌دهند Lecture: Sequencers give pieces to genomic puzzles

• درس: تراز کردن خوانش‌ها و دلایل دشواری آن Lecture: Read alignment and why it's hard

• درس: تطبیق دقیق ساده (Naive) Lecture: Naive exact matching

• کارگاه: تطبیق خوانش‌های مصنوعی Practical: Matching artificial reads

• کارگاه: تطبیق خوانش‌های واقعی Practical: Matching real reads

پیش‌پردازش، ایندکس‌گذاری و تطبیق تقریبی Preprocessing, indexing and approximate matching

• معرفی هفته دوم Week 2 Introduction

• درس: مبانی الگوریتم بویر-مور Lecture: Boyer-Moore basics

• درس: بویر-مور: جمع‌بندی نهایی Lecture: Boyer-Moore: putting it all together

• درس: انحراف: عناصر تکراری Lecture: Diversion: Repetitive elements

• کارگاه: پیاده‌سازی الگوریتم بویر-مور Practical: Implementing Boyer-Moore

• درس: پیش‌پردازش Lecture: Preprocessing

• درس: ایندکس‌گذاری و ایندکس k-mer Lecture: Indexing and the k-mer index

• درس: ساختارهای مرتب برای ایندکس‌گذاری Lecture: Ordered structures for indexing

• درس: جداول هش برای ایندکس‌گذاری Lecture: Hash tables for indexing

• کارگاه: پیاده‌سازی یک ایندکس k-mer Practical: Implementing a k-mer index

• درس: تغییرات در ایندکس‌های k-mer Lecture: Variations on k-mer indexes

• درس: ایندکس‌های ژنومی مورد استفاده در تحقیقات Lecture: Genome indexes used in research

• درس: تطبیق تقریبی، فاصله همینگ و فاصله ویرایشی Lecture: Approximate matching, Hamming and edit distance

• درس: اصل لانه کبوتر Lecture: Pigeonhole principle

• کارگاه: پیاده‌سازی اصل لانه کبوتر Practical: Implementing the pigeonhole principle

فاصله ویرایشی، اسمبل کردن و هم‌پوشانی‌ها Edit distance, assembly, overlaps

• معرفی ماژول ۳ Module 3 Introduction

• درس: حل مسئله فاصله ویرایشی Lecture: Solving the edit distance problem

• درس: استفاده از برنامه‌نویسی پویا برای فاصله ویرایشی Lecture: Using dynamic programming for edit distance

• کارگاه: پیاده‌سازی برنامه‌نویسی پویا برای فاصله ویرایشی Practical: Implementing dynamic programming for edit distance

• درس: راهکاری جدید برای تطبیق تقریبی Lecture: A new solution to approximate matching

• درس: آشنایی با ترازسازی جهانی و محلی Lecture: Meet the family: global and local alignment

• کارگاه: پیاده‌سازی ترازسازی جهانی (Global Alignment) Practical: Implementing global alignment

• درس: تراز کردن خوانش‌ها در محیط عملیاتی Lecture: Read alignment in the field

• درس: اسمبل کردن: شروع از صفر Lecture: Assembly: working from scratch

• درس: قوانین اول و دوم اسمبل کردن Lecture: First and second laws of assembly

• درس: گراف‌های هم‌پوشانی Lecture: Overlap graphs

• کارگاه: هم‌پوشانی بین جفت‌خوانش‌ها Practical: Overlaps between pairs of reads

• کارگاه: یافتن و نمایش تمام هم‌پوشانی‌ها Practical: Finding and representing all overlaps

الگوریتم‌های اسمبل کردن (Assembly) Algorithms for assembly

• معرفی ماژول ۴ Module 4 introduction

• درس: مسئله کوتاه‌ترین رشته مشترک برتر Lecture: The shortest common superstring problem

• کارگاه: پیاده‌سازی کوتاه‌ترین رشته مشترک برتر Practical: Implementing shortest common superstring

• درس: الگوریتم حریصانه برای کوتاه‌ترین رشته مشترک برتر Lecture: Greedy shortest common superstring

• کارگاه: پیاده‌سازی روش حریصانه برای کوتاه‌ترین رشته مشترک برتر Practical: Implementing greedy shortest common superstring

• درس: قانون سوم اسمبل کردن: تکرارها مضر هستند Lecture: Third law of assembly: repeats are bad

• درس: گراف‌های دو بروین و گشت‌های اویلری Lecture: De Bruijn graphs and Eulerian walks

• کارگاه: ساخت یک گراف دو بروین Practical: Building a De Bruijn graph

• درس: زمانی که گشت‌های اویلری با خطا مواجه می‌شوند Lecture: When Eulerian walks go wrong

• درس: اسمبلرها در عمل Lecture: Assemblers in practice

• درس: آیا آینده در توالی‌های بلند است؟ Lecture: The future is long?

• درس: علوم کامپیوتر و علوم زیستی Lecture: Computer science and life science

• درس: تشکر و جمع‌بندی Lecture: Thank yous